后勤系统指能在战场外从物资上对战斗进行支持的系统，目前游戏中的后勤系统主要包括：开发系统、破译系统和生产系统，其中开发系统和破译系统主管蓝图产出，而生产系统则负责将蓝图最终生产成可使用的成品。
后勤资源
后勤资源是整个后勤系统得以运转的基础，充足的后勤资源能够提高玩家的战斗力，加速指挥官养成进程，以及为玩家带来更多的财富，所以获取后勤资源也可以说是在游戏中进行战斗的主要目的之一。
目前游戏中主要的后勤资源包括：用于舰长养成的记忆芯片、特长芯片和舰船改装件、对应各类成品的蓝图、用于蓝图开发的各类单元、及最终用于蓝图生产的5种个人矿物。在个人基地的仓库中可以浏览到已积累的个人物资：
萧萧哀风逝，淡淡寒波生。
因为后勤系统的结构比较庞大且相对独立，所以开发和破译系统将单独在专门的主题攻略中进行展开，本文以下的内容将首先着重介绍生产系统。
生产系统
在游戏中，所有高于T1R2的装备都只能通过生产系统由玩家亲手制作出来，要解锁生产功能玩家首先需要将游戏的主线剧情推进到第6章，完成之前的主线剧情大约需要花费2小时左右的时间，在这过程中玩家会逐步收集到启动生产线所需的各类资源。
当生产功能解锁后，玩家即可从个人基地的空间站面板进入生产功能：
在生产前，玩家需要事先准备好生产所需的蓝图和矿物，其中的蓝图会决定生产完成时玩家能获得的成品，而矿物则是生产这张蓝图所需的资源，其必须在生产启动时便投入系统，并会在生产完成时被消耗掉：
在生产时，玩家有两种手段来减少生产所需消耗的时间及资材。首先是提升生产相关的科研：在科研系统中，围绕舰船、武器、弹药和装备生产各有3个科研项来缩短对应蓝图生产所需的时间、矿物和信用点，且其中的“生产效率科研”是生产高等级蓝图的前置需求，必须将其提升至足够的等级才能投产对其有要求的高级蓝图：
接着就是通过在生产线上部署雇佣舰长进行辅助来加速生产进程：当玩家在招募雇佣舰长时可能会招募到天生对生产有特长的舰长，或是通过特长学习的方式在麾下专门培养能对生产进行加成的舰长，来提高生产线的运行效率：
最后，玩家可以通过提升指挥官等级来解锁更多的生产线，当生产线不够用时可以对已投产的生产线进行中止操作，但该操作仅会返还投入的一半矿物，并会损失掉已投产的蓝图。
总结：
后勤系统指能在战场外从物资上对战斗进行支持的系统，积累充足的后勤资源可以提高玩家的战斗力，加速指挥官养成，以及带来更多的财富。玩家随时可以在个人基地空间站的仓库功能中查看自己的个人物资。
目前游戏中的后勤系统主要包括生产系统、开发系统和破译系统，其中的生产系统是游戏中绝大部分舰船和装备成品的来源，而开发和破译系统是游戏中蓝图的主要来源。
要在游戏中进行生产，玩家首先必须将主线剧情推进到第6章以开启生产功能，并在生产前准备好所需的蓝图、矿物并将投产所需的生产效率科研提升到足够的等级。玩家还可以通过提升生产相关的科研或是向生产线部署舰长来减少生产所需的时间及资材，生产流程可以中途中止，但中止操作只会返还一半的矿物并会损失蓝图。