军团战争是游戏中最重要的玩法，同时还是玩家争夺星系主权的唯一途径。相对于游戏中的其他玩法，军团战争的规则和阶段相对复杂，且出于在这个玩法中玩家可能投入的人力、物力及可能面临的巨大风险，战争功能将特别拆分为两篇主题攻略来分别讲解“战争准备”和“战争流程”。
战争目标
选取战争目标是开启一场战争之前最重要的一环，从规则上讲，目前游戏中可进行宣战的目标为两种：星系主权和星系设施，对星系主权进行宣战的意思是“我要抢下这个星系”，而对星系设施进行宣战的意思则是“我要拆掉这栋建筑”。
一般来说，对星系内建筑进行宣战的目的是降低防守方在战争中的优势：如通过摧毁对方的警戒塔使其失去对星系内的扫描能力，摧毁对方的跳跃通道生成器来切断对方的补给线，或是通过摧毁对方的跳跃通道阻断器来使我方旗舰可以精准进入恒星系的特定位置。
而对星系主权进行宣战的目的则可能出于这个星系重要的战略位置，或是因为这个星系会产出非常高价值的军团矿物。目前游戏中并没有直接公开所有可争夺星系对应产出的矿产，但实际上星系的军团矿种类和星系的富饶等级是有直接联系的：
富饶度49级的星系，会产出4种RANK 5的军团矿物中的2种；
富饶度47级的星系，会产出4种RANK 4的军团矿物中的2种；
富饶度44级的星系，会产出3种RANK 3的军团矿物中的2种；
富饶度41级的星系，会产出3种RANK2的军团矿物中的2种；
富饶度低于等于38级的星系，会产出1种RANK 1的军团矿物。
拥有更高级矿物的开采权，实际上就等于在坐拥金山的同时还获得了政治筹码，这是因为：在军团贸易玩法中，是否对某个军团输送矿物是由拥有矿物的一方决定的。也正因为如此，为了不让游戏中的所有星系在一夜之间被玩家瓜分完毕导致对后进游戏的玩家不公平，游戏还为所有可争夺的主权星系设置了名为“原住民战争”的入门考试。
原住民战争
游戏中可争夺的星系在初始状态都是被“原住民”控制的，玩家军团需要击败这些原始势力才能将星系收入囊中。同时，根据不同的星系富饶度，游戏中预设的原住民战争的难度也不一样，官方推荐的挑战不同等级的原住民的建议是：
富饶度26级的原住民战争，建议装备等级T1R2，单个战场参战建议不少于15人；
富饶度31级的原住民战争，建议装备等级T1R3，单个战场参战建议不少于20人；
富饶度35级的原住民战争，建议装备等级T1R4，单个战场参战建议不少于25人；
富饶度38级的原住民战争，建议装备等级T1R4，单个战场参战建议不少于30人；
富饶度41级的原住民战争，建议装备等级T2R1，单个战场参战建议不少于40人；
富饶度44级的原住民战争，建议装备等级T2R2，单个战场参战建议不少于40人；
富饶度47级的原住民战争，建议装备等级T2R4，单个战场参战建议不少于40人；
富饶度49级的原住民战争，建议装备等级T3R1，单个战场参战建议不少于40人；
原住民主权战可以说是游戏为星系主权上的一把锁，同时也可以看作是游戏对主权战争规则的一次教学，这是因为玩家将在原住民主权战里经历的战争流程和与玩家之间的战争流程是完全一样的，相关内容将在战争流程的主题攻略中做详细介绍。
战争集结
战前集结地的选择应该是和战争目标一起考虑的重大问题，游戏中针对战前集结最需要关注的一条规则就是：游戏中所有可争夺星系的空间站都是排外的，只有关系与主权所有者为友好的势力才能向这个空间站执行基地搬迁操作。
为了让战争发起方不至于在选好战争目标后找不到集结点，游戏在所有玩家可争夺的区域之中都安插了主权归属于5大国的中立星系，这些星系通常是国家声望委托人的驻扎地。通过在星域星图中将着色器调整为“战争状态”就很容易找到这些中立星系：
漫向我耳边，作万般幽怨。
总结：
目前游戏中可发起的战争分为“星系主权战争”和“星系设施战争”两种：针对星系设施的战争往往是为了削弱防御方在战争中的优势，而针对主权的战争则是为了争夺星系的控制权和星系可以产出的矿产资源。
根据星系的富饶度，等级49级的星系会产出橙色军团矿，等级47级的星系会产出紫色军团矿，等级44级的星系会产出蓝色军团矿，等级41级的星系会产出绿色军团矿，而等级38级以下的星系会产出白色军团矿。
出于富饶等级越高的星系往往离源点星域越远的关系，游戏在玩家可争夺的星域内都布置了主权归属5大国的中立星系，来方便玩家战前向前线执行基地搬迁操作。