所谓“养兵千日，用兵一时”，玩家在游戏中花费资源招募舰长、培养舰长，组建属于自己的舰长团队的目的，就是通过派遣功能将他们送往各个领域为自己工作。
目前游戏中已有的舰长派遣共有3种：援护派遣、挂机派遣和后勤派遣，其中的援护派遣指呼叫舰长协助自己作战，挂机派遣指派出舰队完成悬赏或采矿任务，后勤派遣指委派舰长辅助科研和生产线，接下来将分别对这3种派遣形式进行详细的介绍。
援护派遣
玩家可以在战斗中呼叫舰长出现在自己身边协助自己作战，要实现这一点，就需要在舰长系统中进行援护设定。玩家最多可以设定3名舰长进入援护队列，这里的援护队列指的是所选舰长实际在战斗中的援护顺位：
小桃无主自开花，烟草茫茫带晚鸦。
在战斗中，被设为1号援护的舰长会首发出击，接着若1号舰长被击坠，则2号舰长会立刻抵达战场继续进行援护，3号舰长则会在2号舰长也被击坠后跟着顶上。
但上述的顺位关系并不是绝对的，这是因为游戏中的部分场景限定了准入船型，所以当援护舰长可以驾驶的舰船和场景准入船型都不匹配时，这名舰长就无法实际进入援护列表。当然在这种情况下后续顺位的舰长会尝试顶上，前提是他们拥有能够进入该场景的舰船的话。
玩家可以任务的出击界面确认任务的船型准入，并能在同一个界面快速调整舰长的援护顺序，或是跳转回舰长系统以更换舰长：
所以在派遣舰长进行战斗援护时最常用的策略是：保证被设为援护的3名舰长所能出击的船型完整覆盖护卫、驱逐、巡洋、战巡和战列这5种船型；而当面对一个高难度的任务时则推荐：保证已被设为援护的3名舰长都拥有这个任务准入的舰船。
挂机派遣
挂机派遣是游戏中的一种离线玩法：由玩家向太阳系中出现的任务点派出由多名舰长组成的舰队，被派出的舰队会在任务所需的倒计时结束后自动归队，并带回任务的奖励。
启动挂机派遣的入口位于星系星图中，在介绍星系星图的功能时，曾对挂机玩法的派遣探针做过简要的介绍：
目前游戏中的挂机派遣任务分为2种：主要产出信用点的星系悬赏任务，和主要产出个人矿物的矿物开采任务。这两类任务除了产出不同外，要完成它们玩家也需要准备两类倾向的舰长：
针对星系悬赏任务玩家需要准备战斗能力强的舰长，这里首选的舰长职业是军人、工程师和科学家，且舰长能够驾驶的舰船尺寸越大，他们完成任务的速度也会越快；
针对矿物开采任务玩家需要准备能够开工业舰的舰长，所以这里首选的舰长职业是探险家，且舰长所驾驶工业舰的货仓越大，他们完成任务的速度也就越快。
在向任务派遣舰长时，玩家需要在专门的界面中对出击舰长进行编成。在挑选出击舰长时，界面左下角会直接显示所选舰长完成任务所需花费的时间和预期收益。单个任务能够出击的舰长会被玩家科研限制，且若玩家所选的舰长因为专业不对口造成完成效率过低的话，舰队将无法出击：
最后，玩家可以通过升级指挥分类下的科研项目来提升舰长完成派遣任务的能力，包括：增加同时可派遣的舰队数量、舰长数量，降低任务的所需时间，提升任务的奖励等：
后勤派遣
后勤派遣指将舰长委派到生产系统和科研系统，使他们辅助的生产和科研项目能够更快地完成，同时消耗更少的后勤物资：
在进行派遣时，职业为工程师的舰长对应的是生产系统，职业为科学家的舰长对应的是科研系统。当然以上的对应关系也非绝对，因为在游戏中还有一大批特长芯片来提升舰长对这两个后勤系统的辅助加成。
最后，对后勤系统进行辅助的舰长必须在项目启动时就派出，而无法在项目运作中途加入或更换。另，当前正在工作中的舰长将暂时无法在舰长系统中进行养成，这里所指的“工作中”既包含后勤派遣，也包含挂机派遣。
总结：
目前游戏中共有援护派遣、挂机派遣和后勤派遣共3种舰长派遣功能，通过援护派遣玩家可以指定3名舰长以一定的顺序出现帮助自己战斗，通过挂机派遣玩家可以挑选舰长组成舰队让他们为自己带回信用点和矿物，而通过后勤派遣玩家可以委派舰长对生产和科研系统进行加速和降耗。
以上3种舰长派遣功能都可以通过相应的养成系统进行升级：提升指挥分类的科研项目可以提高舰长的战斗能力和执行派遣任务的能力，而挑选职业对口的舰长或是让舰长学习生产、科研相关的特长则能提高舰长对后勤系统的辅助能力。