目前游戏中的两种战争根据所选目标的不同在流程上有细微的变化，但其主体都为4个阶段：备战、交战、休战和决战阶段。其中，备战和交战阶段称为战争的上半场，休战和决战阶段称为战争的下半场：进攻方需要连续在上、下半场中获胜才能赢得战争，而防守方只需胜出其中一场即可取胜。
战争时刻
战争时刻指的是战争的上、下半场的实际开打时间，其中：上半场的时刻由进攻方决定，进攻方可以随时宣战自己想攻击的目标，上半场会在宣战的3小时后开始。
下半场的时刻由防守方决定，防守方可以在军团设置里修改战争进入下半场的时间区域，但这个改动必须在被宣战前做出才有效：
人去秋千闲挂月，马停杨柳倦嘶风。
宣战阶段
宣战的入口位于军团星图中：从军团星图中找到想要宣战的恒星系并进入星系星图，界面左侧的战争按钮对应进攻主权的战争，而右侧具体设施下的按钮则对应攻击设施的战争：
在宣战主权时，系统会弹出详情面板向玩家确认战争的阶段教学及战争胜利后这个星系能为军团带来多少奖励点收益：
这里需要注意的是：军团拥有的主权数量并非多多益善，这是因为主权数量的增加会为军团带来一笔名为“维护费”的开支，这笔开支虽然不会克扣军团账户，但却会影响精炼厂的产量和主权每日产出的奖励点数。在军团界面的首页可以确认军团目前已占领的星系数量和维护费级别：
当一切确认完毕后，“宣战”按钮并支付相应的费用即可发起战争。
备战阶段
备战阶段的本质是一个时长为3小时的倒计时，其会在宣战确认的一刹那开始计时。因为战争上半场的时刻是由进攻方决定的，所以这3个小时实际上就是留给防守方的反应和准备时间。
当进入备战阶段后，被宣战目标的附近就会出现正在锚定的进攻方建筑，这个锚定过程是自动进行的，且正在锚定的建筑在正式开战前是无敌的。
交战阶段
交战阶段是攻、守双方在战争中的第一次交锋，其规则根据战争目标的不同有些微区别：
目标为星系主权的战争会围绕星系中的3座护盾稳定塔生成3个战场：在这3个战场里会各有1座进攻方的干扰塔锚定在守方建筑的150KM外，此时进攻方的目标是将防守方3座稳定塔中2座的护盾削减到零，而防守方的目标则是摧毁进攻方3座干扰塔中的2座。
目标为星系设施的战争则是主权战争的简化版：星系中只会出现1座进攻方的干扰塔锚定在守方建筑的150KM外，这单个战场的胜负就是战争上半场的胜负。
当交战阶段结束时，若胜利的是防守方则战争直接结束，若胜利的是进攻方，战争就会进入休战阶段。
休战阶段
休战阶段的本质是一个时长大于24小时且小于48小时的倒计时：当战争进入休战阶段时，服务器会以防守方设定的决战时刻为中线向前或后随机出一个偏移时间作为决战阶段的开始时刻，接着系统会判断“最近的这个时刻”距离当前时间“是否小于24小时”，若是，则下半场的开始时间会向后顺延1天。
在休战阶段，稳定塔和干扰塔都将进入无敌状态而无法被玩家攻击，但除此之外的PVP行为并没有受到任何限制，且在这个阶段内的所有战损也都会被记入战争报告。
决战阶段
决战阶段是攻、守双方在战争中的第二次交锋，其规则和上半场的交战阶段一样，但在决战阶段里双方必须决出胜负：
若最终的胜利者是防守方则战争直接结束，同时决战阶段也是星系设施战争的最后一个阶段，防守方获胜后其建筑会直接被修复；而如果在决战阶段胜利的是进攻方，且战争是星系主权战争的话，那么战争就会进入宣告阶段。
宣告阶段
宣告阶段是个相对混沌的阶段，因为在这个阶段里星系中的控制中枢会进入可交互状态，且除了防守方以外的任意军团都可以与其交互来夺取星系的主权。
与星系控制中枢的交互将持续3分钟，且在这3分钟内交互者一旦隐形、跃迁离开或被攻击都会使交互进程被中断。宣告阶段的时限为30分钟，在这30分钟内如果没有人交互成功，则星系主权会自动归属进攻方。
当星系主权易手后，星系的开发等级会降低1级，同时进入为期24小时的免战保护阶段。
战争报告
战争报告是对正在发生和已经结束的战争进行追踪和数据汇总的功能，在战争报告中玩家可以查看包括战争所在的星系、开始时间、结束时间、对阵军团列表、对阵双方投入、击杀、损失等明细数据，及所有在战争中活跃玩家的排行榜：
战争报告会在战争进入备战阶段时自动生成，随着战争的进程实时统计更新，并在完结后永久地保留在列表中，供玩家随时查阅，或是分享到游戏内的聊天频道。