虫洞探索是探索玩法最重要的组成部分，且虫洞同时也是游戏内产出价值最高的玩法之一。虫洞的主产出是舰船、武器、装置和组件的蓝图破译箱，同时可能连带产出违禁品储藏箱、信用点券和个人矿物，具体玩家会获得何种类型的副产出，将由玩家实际进入的虫洞关卡决定。
虫洞概述
虫洞相当于是一个与第二银河主宇宙相连的小宇宙，其根据难度由易到难可依次分为：平静的虫洞、波动的虫洞、异常的虫洞、危险的虫洞和凶险的虫洞。虫洞的难度会影响洞中关卡的难度，虫洞的准入等级，及虫洞入口可能的刷新位置。
在进行虫洞探索之前玩家首先要找到虫洞入口。寻找虫洞入口的方法是在星域星图中将星图着色方案切换成虫洞分布：
君自故乡来，应知故乡事。
不同等级的虫洞在主宇宙的入口位置是随机的，但虽然同一个虫洞在主宇宙中会对应许多个入口，但实际上游戏中的虫洞并不是相互隔离的副本镜像，而是真实存在于宇宙中的实体星座，所以在同级的虫洞中玩家一定能够相互找到对方，前提是双方所驾驶的船型一致。
进入虫洞
玩家可以驾驶任意型号的舰船进入虫洞，虫洞入口仅会判断玩家的等级是否达到准入标准，而不会对玩家所使用的船型及装备进行约束。
但因为虫洞是一个相对重视PVP的玩法，所以出于公平对战方面的考量，当玩家在进入某一难度的虫洞时，虫洞入口会根据其驾驶的船型将其分配到对应的虫洞星座。所以玩家在虫洞中遭遇的其他玩家所驾驶的船型一定是和自己一样的。换句话说，若玩家希望组队进行虫洞探索的话，则必须保证队内所有成员都驾驶同一个吨位的舰船：护卫舰、驱逐舰、巡洋舰、战巡舰或战列舰。
在进入虫洞后，玩家就会立刻受到来自虫洞的天象干扰。目前游戏中只存在一种虫洞天象，称为“扭曲效应”，其会影响舰船的能量系统，使舰船的回能效率越来越低，并最终陷入所有武器和装置完全停摆的状态：
扭曲效应从1级逐渐堆叠到10级大约需要20分钟，在这20分钟内玩家可以在虫洞内自由探索，通过完成虫洞内随机出现的关卡来获得奖励。
虫洞结构
在虫洞中，玩家的第三页总览主要会出现4类目标，这4类目标共同构成了虫洞的基本结构：
虫洞内的关卡是虫洞结构的主体，通过完成这些虫洞关卡玩家就能获得奖励。在一个虫洞中可能会有上百个关卡，但玩家同一时间只能看到离自己最近的5个。
玩家可以随时通过虫洞内设立的跳跃门前往其他虫洞，在这里需要注意的是：虫洞内部的区域实际上分为维序区和暗区两层，其中的维序区是受银河大议会管辖的安全区，而暗区则是可以自由进行PVP的危险区：
当玩家从主宇宙进入虫洞时抵达的是虫洞的外圈，也就是维序区。在每个维序区都必然有一个通往另一个维序区的入口和一个通往暗区的入口。选择继续留在维序区可以保证玩家自身的安全，但若玩家希望单次虫洞之旅能够持续更久同时收获更大的话，那么进入暗区就成了不二之选。
作为虫洞中心的危险地带，暗区关卡的产出会比维序区高出一个等级，同时当进入暗区时，玩家舰船上所受的扭曲效应会被重置回1级，也就是说：玩家可以通过进入暗区来使自己获得额外20分钟的探索时间：
最后，因为玩家是无法从暗区回到维序区的，所以当玩家希望提前结束虫洞探索时，可以随时跃迁至虫洞出口离开虫洞。
总结：
虫洞的主产出是舰船、武器、装备的蓝图，是目前游戏中产出价值最高的玩法之一。但高回报的反面同时也是高难度和高风险，若想安全地进行虫洞探索，玩家需要从星域星图中寻找一个自己当前等级能够进入的虫洞入口，并在进入虫洞后停留在虫洞外圈的维序区内。
若玩家希望挑战高难度和高回报，也可以通过维序区中的跳跃门进入虫洞暗区。虫洞暗区会产出比维序区高一个等级的奖励，进入虫洞暗区会使玩家舰船所受的扭曲效应被重置，但同时在虫洞暗区内也会时刻受到来自其他玩家的威胁。
若玩家希望提前结束虫洞探索，可以随时跃迁至虫洞出口离开虫洞。同时由于扭曲效应的存在，即使不提前退出玩家实际在虫洞内的探索时间也只有20分钟。当扭曲效应叠至10层时，系统会自动引导玩家离开虫洞。