军团设施是军团可以部署在太空中的建筑，目前已经可以通过军团生产获得设施包括：军团枢纽、精炼厂、基础装配中心、警戒塔、旗舰船坞、军团贸易港、跳跃通道生成器和跳跃通道阻断器共9种。这9种军团设施虽然功能、效果和使用方法各不相同，但却共享一套部署、升级和回收逻辑。
军团星图
当军团通过战争拿下星系主权之后，就可以通过军团星图对该星系进行设施相关的操作，军团星图的入口位于空间站内军团功能的主页：
莫辞盏酒十分劝，只恐风花一片飞。
在进入军团星图后，系统会默认选中军团最先占领的恒星系，此时若想访问军团已占领的其他恒星系，可以通过星图左上角的按钮方便地进行切换：
星系开发等级
因为玩家实际能在星系中部署的设施等级会被星系的开发等级所限制，所以在真正开始介绍设施部署之前，得先介绍一下星系的开发等级。
开发等级也被称为星系开发度，目前游戏中的每个星系的开发度都分为5级，默认为1级。开发等级会影响的星系主权设施的护盾量和装甲量，换句话说就是：星系的开发等级越高，攻击这个星系主权的难度也越高：
同时，星系的开发等级和玩家实际能在星系中部署的设施的等级是一一对应的，所以如果想要提升军团设施的等级，那就必须先将星系的开发等级提升到对应的级数
提升开发等级的方法是在星系内开启并完成军团活动，此部分内容在军团玩法的主题攻略中已有提及。另外开发等级还会随着主权易手降低：星系主权每易手1次就会使星系的开发等级降低1级，且最多降到1级。
设施部署
在设施部署的环节中首先需要注意的是：游戏中已有的9种军团设施之间是有依赖关系的，但目前的依赖关系比较简单：只有军团枢纽是所有其他所有军团设施的前置条件。换句话说就是：在部署其他军团设施前必须首先部署军团枢纽，同时在升级其他军团设施前也必须首先将军团枢纽提升到相同的等级。
所以当玩家面对一个崭新的恒星系时只能看到军团枢纽的部署位置，而对应其他军团设施的部署槽位则必须在军团枢纽部署完成后才会显现：
设施部署需要经过一段时间才会完成，玩家可以随时在军团星图中查看部署流程的剩余时间，但部署流程一旦开始就不可暂停或中止：
最后，设施在部署时是无敌的，其在部署完成前都无法被其他军团宣战。
设施升级
当星系的开发等级高于星系中设施的等级时即可对设施进行升级。更高等级的设施会拥有更高的护盾量和装甲量，同时其作为功能建筑本身的能力也会增长：
升级军团枢纽可以提高对星系任务和派遣任务的收益加成；
升级精炼厂可以提高每小时的矿物产量；
升级基础装配中心可以提高生产线的生产速度；
升级警戒塔可以提高追踪精度并提升最大追踪数量；
升级旗舰船坞可以提供更多的旗舰泊位；
升级军团贸易港可以提升贸易货舰的护盾量和运载量；
升级跳跃通道生成器可以扩大其覆盖的跳跃半径；
升级跳跃通道阻断器可以增加一次启动可持续的生效时间。
升级设施的前提与部署设施一致，依旧是军团枢纽先行：必须先将军团枢纽的等级提升至和想要升级的设施等级一致。同时，升级设施的操作和部署设施也基本一致，其基本原理实际上就是在原先的设施上再加盖新的设施：
最后，设施升级也需要经过一段时间才会完成，且设施在升级过程中也是无敌的。
设施回收
当军团需要和其他军团交换主权，或是需要战略撤退时还可以对已部署的设施进行回收操作。设施回收会一次性收回在此处部署过的所有等级的设施核心，但回收设施所需的时间非常长，且只要设施在此过程中被攻击，回收流程就会被打断。
另外，部分设施在回收之前还需满足一些特殊条件，比如：在回收旗舰船坞前必须将未离港的旗舰全部装箱，正在执行生产任务的基础装配中心将无法进行回收，而跳跃通道阻断器则必须在启动结束后才能进行回收操作。
通过军团生产获得的设施必须实际部署在太空中才能产生效果，在部署设施之前玩家首先需要夺得星系的主权，并先在星系中部署一座军团枢纽。
通过在星系中完成军团活动可以快速提升星系的开发等级，通过提升开发等级可以使星系更难被攻陷，同时还能提升可在星系内部署设施的等级上限。升级设施的前提条件和操作流程都跟部署设施一样。
当军团准备撤出星系时还可以对已部署的星系执行回收操作，回收星系设施需要非常长的时间且设施在回收过程中并不是无敌的，其一旦被攻击回收流程就会被打断。