玩家在梦幻宠物联盟中加入了一个联盟之后就可以着手管理自己的联盟了，在联盟管理界面中玩家可以看到每一位联盟成员的资料以及联盟的日志，在联盟管理页面中玩家可以退出自己在梦幻宠物联盟中的联盟，而且玩家在联盟日志中可以看到自己联盟内的动态。
在联盟管理页面中玩家可以修改自己本盟内的信息以及申请列表等等，在联盟系统中还有一个专门的联盟挑战副本，在联盟挑战副本中总共有七个不同难度的关卡，在梦幻宠物联盟中联盟挑战副本的第一个关卡是自动解锁的，联盟挑战副本后期的关卡是需要玩家自己慢慢挑战解锁的，每一位联盟成员在联盟系统中有两次免费挑战联盟副本的机会，但是正盟主还有副盟主的话就可以在梦幻宠物联盟中增加联盟成员的挑战机会。
不过在梦幻宠物联盟中两位盟主只有消耗联盟内专属的活跃值才可以增加联盟成员的联盟副本挑战机会，不过在联盟挑战副本中每一位联盟成员最多只能拥有三次的联盟副本挑战机会，而且在联盟挑战副本的每一个关卡中总共有三个不同阶段的资源奖励产出。
当玩家在梦幻宠物联盟中攻打联盟首领的时候将联盟首领的生命值减少至百分之三十，六十以及九十的时候就可以得到这三类资源奖励，这三份资源奖励在梦幻宠物联盟中可以让各位联盟成员一起领取，在联盟系统中每个星期一都会刷新联盟挑战副本的进度。