写在之前：本文内容都是根据游戏中剧情、文物、音频和文字档案整理，由于很多重要的资料都没有记录时间在此只能通过个人的推测把它们串起来。本人是激活成功教程版玩家，集齐了所有单人模式收集品。无奈联机任务收集品无法入手，导致本文在内容方面或许会有不完整甚至和游戏资料有抵触的状况。目前正打算入手正版中，250+大洋啊……
DS3中新出现的霸主殖民地势力（以下简称SC）完全颠覆了地球政府在DS系列的历史中独霸“官方组织”的地位。虽然游戏中没有明确提及，不过从SC的官方文本中屡次提到的“分裂份子”以及双方有不同的旗帜和臂章推测，地球政府最终推翻了SC而后统治了200年直到本作被脑残教（统一教）推翻为止。以下提及的人物以及地名均以轩辕汉化为基础。
时光倒流，在本作开始前200年，一支霸主殖民地武装（以下简称SCAF）特遣舰队从内战中抽身悄然来到了人类所能到达的最远行星T—沃兰提斯。这其实也是出于SC的无奈选择，SC在内战中已经渐渐露出败势迫切想找出无限能源来挽回败局，于是用以前复制的三个红色信标定位发现了这里。然后重用以塞拉诺为首的一群以造福人类为出发点的科学家们开始了对这个所谓的“神印家园”的科考。
在正文开始前让我们先认识一下SCAF特遣舰队中的主要人物，他们的存在都或多或少地影响了舰队的命运甚至在200年后仍干预了我们英勇神武的宇宙第一工程师艾萨克。
塞拉诺教授：只要是跨越时代的电影、小说或者是游戏，几乎都有一个强到爆炸但却没有主角光环保护的悲剧角色来跨越时光给真正的主角指路，而塞拉诺博士正是其中之一。他从一开始就怀着造福全人类的热忱投入了研究。他抵抗着神印和“卫星”的双重影响通过多方面的调查研究一步步走向真相，从通过“纽带”的神经脉冲找到“远古机器”的所在，再到通过唯一一只存活的正常罗塞塔发现“远古机器”的真实用途以及“卫星”的真面目。然而在临门一脚时却被同属SCAF势力的保守派马哈德少将干扰郁郁而终，但他留下的大量线索给了艾萨克宝贵的指引，最终让后者超越自己达成了自己200年前的愿望。
马哈德少将：特遣舰队二把手，典型的职业军人，重视效率和忠诚胜于一切。于是就有了把完全不被人接受的163死神部队带在身边的奇怪行为，在自己的上司舰队司令官格拉弗斯发疯后掌握了舰队的实权。由于对此次行动一开始就抱不满态度外加和塞拉诺性格不合，他一直在给后者找麻烦。后来还背着对方向殖民地议会提议通过第5号预案用于抹煞一切，最终让教授的计划破产。但他并不是胆小鬼，最后通过了结自己的生命来完成了第5号预案。但他所做的只是把末日推迟了200年，将这个烂摊子留给了艾萨克，并且间接导致了SC退出人类历史舞台。
司令官格拉弗斯：特遣舰队的一把手，塞拉诺的支持者。可惜她在抵达T—沃兰提斯后不久就在神印和“卫星”的影响下发疯，其后继者马哈德少将最终破坏了塞拉诺的计划。而她的疯言疯语也误导了艾萨克，让他在很长一段时间内都想着TURN IT OFF，去关掉所谓的麻烦源头——“远古机器”。
拉姆利军士长：舰队地面部队补给站站长。咋一看，他只是个在文档和语音中被提到的小人物，然而却因为掌握着所有地面部队的给养和留下了唯一的时间记录而成了在历史上留名的重要人物。他在跟坠落的富兰克林号穿梭机上的那些被神印和“卫星”影响的士兵接触后最终发疯，毁掉所有补给后成了以尸变体为食的活尸（2代娃娃怪的瘦小版），是行星上出现活尸的罪魁祸首，最后多半死在探索补给站的艾萨克的枪口下。
提姆*考夫曼：列兵，路人甲。据在军械库支线的资料来看，他应该是其中的一名守卫。在接到塞拉诺教授绝望的请求后作为为数不多的几个正常人毅然帮忙寻找密匙，在昙花一现的上佳表现后最终被为完成第5号预案的马哈德少将所杀，让教授郁郁而终。
山姆*阿克曼：列兵，路人乙。据资料显示，他是行星上的中继站中唯一一个拒绝食用尸变体而幸存下来的正常人，而他躲开身边众多前战友的技能也给了艾萨克宝贵的提示。在接到塞拉诺的请求后他毅然和提姆并肩作战，最终双双身亡，把担子留给了200年后的艾萨克。（此人很悲惨，不能联机又不看序章简介的玩家多半会忽视他的存在，只把他当做语音文档里的一个路人。）
SCAF：本作新出现的已灭亡势力的武装部队。通过资料推测，霸主殖民地并不是行星上的那个废弃基地（5号预案的目的就是保护霸主殖民地和人类），而是在其他地方的一个以一只白色雄鹰为象征，势力强大到可以越俎代庖取代地球作为人类统治者的大型殖民地势力。不过在200年前，内忧外患之下面对分裂份子（后来的地球政府）的内战和此次远征失败的双重打击最终退出了历史舞台。
特遣舰队作为当事人虽然只是在序章中昙花一现，但根据军士长拉姆利的记录和序章一开始显示的时间却可以发现SCAF已经在T—沃兰提斯呆了近3年。拉姆利在2311年8月29日的记录中提到初始降落区已经建好了，富兰克林号（已坠毁导致补给站灭亡）和克罗吉亚号（艾克萨一行用来抢滩）带着挖掘队跟科研人员登陆行星，说明第一批人员到来的时间还要靠前。而序章中提姆和山姆出场的时间是2314年6月18日，特遣舰队就在没有外援又自身麻烦不断情况下苦撑了3年。
根据搜集到的各种资料，这3年特遣舰队的状况可以分成3个阶段：到来，爆发，灭亡。
1、到来。这是在2311年8月29日之前的事，此时舰队刚刚抵达T—沃兰提斯行星，人员状况良好。舰队有四艘主要舰艇：旗舰诺亚诺克号，补给舰新星号，科研船格利列号和战舰布鲁西洛夫号。虽然这艘船的合作任务无法完成，但在第4章找到的SCAF文物上有新星号舰长向诺亚诺克号舰长的吐糟，说舰队里有一艘带着几十万地雷的战舰出现很奇怪。而拉姆利的记录里也有把富兰克林号上的“幸存者”带到格利列号去研究的说法，于是这艘战舰多半就是布鲁西洛夫号了。
虽然塞拉诺后来的记录提到舰队刚到达目的地就受到了影响，但此时“卫星”受制于“远古机器”，似乎一时也不想对先遣队做什么负面的事，或许更想让他们找到“远古机器”来解放自己。于是挖掘队员的记录里只是顶多提到了要TURN IT OFF，大家都不由自主地干劲十足想找到什么。所以拉姆利的记录直到2311年10月11日之前都没什么特别的事情，大家只是表面上按部就班地做着“自己在做”的事。此时唯一的一条奇怪记录就是克罗吉亚号飞行员在发现信标后出现头痛的症状。（第五章的SCAF文物记录）
2、爆发。如果说在2311年10月11日前人们受到的仅仅是心理暗示的话，这一天发生的多半是件大事。虽然从挖掘组的记录中可以看到很多怪事，但这些都可以被人为掩盖。连拉姆利这样的非科研人员都知道的事多半是大事。那时可能发生的事200年后艾克萨一行人在重做SCAF的实验时也遇到过——大蜈蚣被弄醒了。
不过这应该还没完，塞拉诺的记录里提到他们发现了一只还活着的罗塞塔。这对“卫星”来说可是个大威胁，因为从研究员们的记录来看他们的发现已经渐渐地连贯了起来，如果让他们知道了“远古机器”的真正用途那就不妙了。于是深层挖掘队很可能在此时受到了恶意的攻击，不只是精神上的（很多幸存的人都变成了后来的再生怪），从记录上看他们还被那些远古的罗塞塔尸变体攻击。
而舰队的末日也差不多是从这个时候开始的吧，船员记录提到地面基地不断把尸体运到船上。司令官格拉弗斯明显对这种事情准备不足，让船员们把尸体草草放到货仓里了事。新星号上多半也接收了深层挖掘组的尸体，因为艾克萨只在这条船和地下遗迹遇到过再生怪。
差不多在这个时间段地面基地也出现感染事件，富兰克林号的驾驶员记录（第六章SCAF文物记录）也显示整个机组的人都不对劲，紧接着拉姆利的记录在13日就提到这艘船坠毁了。然后15日补给站就发现了那些本该死掉的机组人员，虽然把“他们”抓到格利列号上去研究了，但紧接着的16日补给站就出了问题——拉姆利这条宝贵的线索就这么在疯癫的文字下断掉了。到24日，拉姆利已经成了一个食人狂。也不知道过了多久，虽然疯狂的补给站人员毁掉了食物，不少士兵也开始吃死尸和尸变体的肉，塞拉诺一行人的记录却显示他们又有进一步的进展。但此时的局面却相当棘手，第9章一个普通列兵的记录显示他们一直在和包围自己据点的前战友没完没了的作战。
一句话，SCAF在补给不足的情况下打一场必败的消耗战，灭日的到来只是时间问题。
3、灭亡。在地面基地苦撑的同时舰队也好不到什么地方去，司令官格拉弗斯也发疯了，马哈德少将接替了她的位置。在他和塞拉诺的语音记录里可以发现两人相处并不融洽，这也为后来的结局埋下了伏笔。一直抵抗着精神攻击的塞拉诺此时似乎也感到了失去司令官这个靠山后的不利处境和失败的阴影，暗地里到处留下语音记录为后来者指路。
此时塞拉诺最重要的记录就是发现了那个活着的罗塞塔是操作“远古机器”的钥匙，并激活成功教程了它们的语言，发现它们为了消印的威胁而选择自我牺牲以达到同归于尽的目的。他决定继续走那些外星人的老路启动“远古机器”牺牲自己拯救人类（19章外星人文物）。
而几乎同时马哈德少将也发现事态失控，于是实行了自己的拯救人类方式——执行5号预案，毁灭所有知道神印计划的人和全部资料。在格利列支线中塞拉诺的同事得知军方的计划后用生命的代价通知了他，他只好把罗塞塔做成切片标本分散藏了起来。
两个无私的人都行动了起来，塞拉诺教授孤注一掷地来到地下遗迹，却发现负责运输密匙的运输机在尸变体的攻击下失事了（序章SCAF文物）。万般无奈之下他联系到了幸存的提姆和山姆，两人英勇地夺回了密匙但却撞见了马哈德少将。少将在完成T—沃兰提斯的5号预案后删除了密匙中的信息，塞拉诺在“远古机器”附近怀着两人一定会来的希望郁郁而终。
T—沃兰提斯行星上所有人都死了，一切都回归平静。SCAF特遣舰队也退出了历史舞台。