《尼尔机械纪元》一周目并不能玩出所有的结局，为了真正了解全部剧情，刷二周目、三周目就十分有必要了，下面为大家带来《尼尔机械纪元》二、三周目剧情流程全收集图文攻略，一起来加入多周目通关的行列吧。
导读：①因为二周目（9S线）、三周目（A2线）部分主、支线内容与一周（2B线）目重复，重复的部分会在本篇攻略中简单提及，若要查看一周目的详细内容，请阅读《尼尔机械纪元》一周目主、支线的攻略：。
本篇攻略主要记录二周目、三周目新的内容。
②进行一周目的时候，有部分支线任务，如“道场缎带”是只能完成一半的内容，而另一半需要在二周目之后才能够进行。
如果玩家在一周目有部分支线任务未完成，可以在二周目之后重新进行，已完成的支线任务不再出现。
全支线任务图文攻略：
9S线-序幕-荣耀归于人类（工厂）宝箱：共1个
step1.开场9S会目睹一对机械人兄弟，哥哥就已经死亡，可是弟弟还是积极给哥哥抢救。
此时玩家控制机械人弟弟去到左侧拿取水桶，然后在漏油的管道盛满机油后，将油拿给哥哥。
在机械人弟弟托举油桶时，不要走有铁管的地方，一旦踩踏就会绊倒，此时就得重新去装油了。
何斯违斯，莫或遑处？振振君子，归哉归哉！。
step2.9S耻笑无论怎么补机油，机械人也不会有家人。9S要去协助YoRHa空战部队解除地方的防卫系统。
这时候去到铁架尽头可以找到一个宝箱（1/1）。
拐向左侧操作吊塔走到尽头可以触发AG结局——9S独自去对机械生命体进行研究。
而跳到右侧的机甲上就可以开始行动。
step3.首先要进行一轮打飞机游戏，要注意中后期会被敌机包围，最好使用挥砍来摆脱。
step4.进入到防卫系统内部，需要去到四个点骇入终端机。
每台终端机所在的走廊都有激光炮，当被击中会受到连续的伤害，而且会被推开，可以在激光发射时去到左右两侧躲避。
靠近终端机按“\”就可以进行骇入，以骇入的方式瘫痪4台终端机。
step5.接着杀出管道触发剧情，9S会帮忙击倒锯齿臂然后与2B汇合。
接着9S会去寻找目标，进入管道后又是进行打飞机游戏。
要注意敌人会在后方刷新，接着会在前后方都有敌机出现，因此要频繁调转枪头作战。
step6.外出到户外就要面对锯齿臂巨人，开场之时躲避锯齿臂巨人的拍打攻击，待Pod分析结束后，9S就可以对锯齿臂巨人的双臂、头部、飞弹发射炮进行4处骇入。
最终9S可以控制飞弹将飞弹打回到锯齿臂巨人身上。
锯齿臂巨人还有一息尚存，并袭向2B，9S分身救援却被打断了一只手臂和一条腿。
step7.目前9S处于停机状态，游戏进入到骇入画面。
在3分钟内，前往上层激活三块石板开启视觉系统，前往第三层激活三块失败开启神影系统。
最终前往最顶部，就可以听到2B的呼喊，9S彻底苏醒过来。
step8.这时候有机械兵上到巨人的头顶，玩家只需要按住Q键锁定敌人，然后按开枪键即可。
接下来要控制泼朝向巨人的双臂以及发射口，再次骇入这三个部位。最终令到巨人瘫痪，而且2B成功夺取敌方的装置。
然后再操控Pod进行射击防卫。
（接下来所发生的剧情便是9S、2B经得指挥官同意进行自毁以消灭另外三台锯齿臂巨人）
