本次《火影忍者疾风传：究极忍者风暴3》所收录的剧情从六道培因一战结束之后的五影会议开始，一直到第四次忍界大战结束，玩家将能够完整体验原作中各种如鸣人vs 尾兽与面具男、五影vs 宇智波斑等等的名场面，此外也有根据玩家的选择而触发如鸣人vs 佐助等原创剧情。游戏中共有三种模式可让玩家选择，包括了游玩主线剧情的Ultimate Adventure终极冒险模式、选择喜爱的角色与电脑或亲朋好友进行对战的Free Battle自由对战模式，以及能够使用在剧情模式中培养的角色与网络上的同好进行对战的Online Battle网路对战模式。
各种原作的名场面皆有游戏动画完美呈现
沙带秋月明，水摇寒山碧。
共有三种游戏模式供玩家自由选择
在剧情模式中，玩家必须要操控主角漩涡鸣人在广大的忍者世界中四处冒险，例如在原作中无法一窥其全貌的木叶忍者村，在游戏中就能够尽情探索。而随着剧情的发展，玩家将会在关键时刻面临不同的抉择，这就是《火影忍者疾风传：究极忍者风暴3》中新增的分支系统，玩家可以在选项出现时，自由选择要成为「传说」或是「英雄」，选择英雄的剧情通常会走向大家熟悉的原作发展，而选择传说则能够体验游戏原创的特殊剧情，但相对地难度往往也较高。
可以自由地探索正在重建中的木叶忍者村
关键时刻，要成为传说还是英雄就有赖玩家的选择
选择传说的剧情可能会有与原作不同的走向