在浩瀚的历史长河中，曾有过一个神话般的国度，她的名字叫做伊苏。在双子女神和六位神宫的统治下，伊苏民富国强，繁极一时。其根源，就在于能为人们带来各种莫大恩惠的女神之至宝——《黑珍珠》，和通过《魔法》实现无数奇迹、并将其魔力进行增幅的金属《克莱里亚》——
由于这两者的存在，伊苏国日进不衰。对于这种繁荣将会一直持续下去，人们深信不疑。
——然而，灾厄总是骤然而至。就在某一天里，无数的魔物突然毫无征兆地出现在伊苏，它们肆无忌惮地蹂躏着这片大地，最终将人们都逼退到了女神所处的居所《萨尔蒙神殿》之中。
就在大家都认为一切都结束了的时候，女神和六神宫们利用《黑珍珠》的力量，成功地将神殿浮上了蓝天。但是，随着地面上一座巨型《塔》的建成，身附翼翅的魔物们纷纷飞上高空袭向浮城，破灭的危机感再次浮上了人们的心头。
正所谓祸乱相踵。就在这个时候，远离大地的萨尔蒙神殿里发生了一件意想不到的事件——作为伊苏国的象征的双子女神居然消失了！在人们的绝望声中，六神宫做出了一个果断的决定：从骑士和魔法师当中精选出优秀人材，以搜寻失踪了的女神。
就这样，这些肩负历史重责的人们，又重新回到了被黑暗笼罩着的大地上……
——《伊苏•起源》——
遭受魔物蹂躏的大地之上，满目疮痍，火红的惨光映亮了昏暗的天空。而在那座高耸入云的巨塔旁边，一个深难见底的巨型坳洼，仍在默默地见证着那曾经惊心动魄的一刻。
两个轻盈洁白的身影悄然落于塔脚之下，呆然注视着一切。那仿佛混揉着鲜血的漫天红光，深深地刺痛着她们的心灵……
“……好过分……”
“《魔》侵蚀着大地，而在它的阴影之下，魔物更是遍目丛生啊……看来我们对克莱里亚的封印到底是太晚了吗。”
“……嗯…………”
菲娜不再忍看这幅惨景，她轻轻甩头，转向一旁的蕾雅，
“呐、蕾雅……难道是我们错了吗…………当初在大家的请求之下，不仅使用了黑珍珠、教授了大家魔法，还将克莱里亚衍化了出来……而最终，却是导致了这般的惨景……”
“…………我早已有心里准备了。就在那一天，当我们决定引领着在沉沦的大地上挣扎的人们一同开拓未来时……”
“………………………………”
“这由我们这些尚不成熟的神和人类一同致力创造出来的小小家园，……不管它将是怎样的结果，我们都必须得坚持走到最后的…………所以，我们一定要阻止「他」对《魔之根源》的利用才行。”
蕾雅和菲娜，当她们带着有翼人的至宝《黑珍珠》降临到这片名为“艾斯塔里亚”的大陆上之后，就将黑珍珠的力量无私地赋予了当地的人类，并和人们一同创造出了如今的伊苏王国。同被奉为女神的俩人，蕾雅性情稳重，菲娜则较为柔弱。平日的生活里她们互相依傍，而在重大的事件上，菲娜一般都会听从蕾雅的安排。
……在这个非常的时期，菲娜又一次感受到了蕾雅对自己的关怀和激励。她肯定地向蕾雅点了点头，
“嗯…………。………………哎………………”
“怎么了吗？”
“我好像觉得那边有什么东西…………这种感觉，难道那会是精纯的克莱里亚吗？”
“……这怎么可能……！”
俩人相望一眼，脚尖轻点，一齐飞了起来，翩然降落到了那物体的旁边，
（一惊）“这不就是他用的……”
蕾雅慢慢俯下身去，将地上一把已经破损的长剑捧在了手中。这是把用精纯的克莱里亚锻造的宝剑。作为为伊苏国奠基的神物之一，这种魔法金属本身十分牢固，而用它制造出来的武器更是坚韧无比。但现在的这把剑身上，却已经是裂罅遍体，伤痕累累了……可想见它跟随着主人经历过了一场怎样苛烈的浩难。
……蕾雅痛苦地闭上了双眼，那个满面真挚的，总是一边不自然地挠着后脑勺儿、一边微笑凝视着自己的高大身影仿佛又重新站在了自己的面前……
“………………………………。我早该料到的，从那天以来，我就再也感应不到他和邵尔团长的存在了。……但是，……但是没想到，连这把剑都居然成了这样子……呵呵，果然还是那么地拙笨呢……”
“蕾雅……”
这时，本已暗淡无色的残剑突然现出了一丝克莱里亚特有的微微银光，蕾雅惊奇地睁大了眼睛，
“这、这是……，………………………………，……他还活着～……”
“哎……！？”
“虽还不知详细，……但这把剑正在告诉我，他还活着。”
“啊…………嗯，……我也感觉到了呢～…………这股令人温暖的柔光，……呵呵，果然和憨愚的他一个样儿呢～……”
“………………………………伊苏的人民、外面世界的来访者们、还有他和我们的命运……如今都集中在了那座《塔》上了呢。”
在确信了他还活着的消息之后，蕾雅原本紧绷的脸上露出了难得一见的微笑。她紧紧握住手中的长剑站了起来，再次和菲娜朝向了面前的巨塔，
“我们走吧，菲娜。去用我们的双手解开这纠杂难分的命运，以重新迎来崭新的未来吧。”
“嗯……！”
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在巨塔的顶层之上，『暗』的忠实依从者塔雷斯慢慢收回了法杖。——就在方才，他用自己实体化后的《魔力》攻击了正往地面下降的、前来找寻女神的搜索队用以移位所制造的魔法光球，导致其分崩离析了。
“呵呵呵……看来您进行得很顺利啊。他们恐怕连做梦都没有想到自己的移位魔法会受到如此的干扰吧～。”
塔雷斯的追随者、魔法师扎瓦似乎仍沉浸在刚才塔外所发生的那一番“美妙”的光景之中，
“嗬嗬，这对苟安于暂时的宁和之辈来说，也不失为一种适分的刺激吧。……不过，虽然他们被我的魔法打散，只怕迟早还是会聚集于此的。”
说着，塔雷斯转身面向自己身后的三人，
“那么他们就交给你们去处理了。在确保已经进入塔内的女神和黑珍珠无事的前提下，分头去办吧。”
“……明白。”
“哼哼～，都已经有好几个月没好好打上一仗了呢，这回总算是有些乐子了。”
只见站在最前的那人体型魁梧，身上的肌肉盘根虬结，一件厚实的蛮族罩甲牢牢箍住了身躯，手里提的是一把沉重的开山巨斧，那袭暗褐色的披风却是胡乱地搭在了肩上，单从外形上便可看出是一个孔武有力的壮汉。而在他右边的是一名女子，身着打扮除比男子轻巧整齐之外，都大致相同。她的武器是一根三尖叉。——在俩人应过塔雷斯的命令之后，唯独左边的一个满头白发的神秘魔人脸色阴沉，一言不发。
“………………………………”
“嗬嗬，怎么了？……看来，要背叛自己曾经无比尊敬的女神和患难与共的同伴，果然是种不小的痛苦吧？”
“哼…………毋须担心。自从接受了《魔》以来，我已经恢复了自由之身，不会再做那种徒然无谓的感伤了。……然而代之的……”
“嗬嗬，你放心就是。现在的你，和注入体内的《魔》也差不多该相互磨合了吧。……我会很期待你接下来的表现的～。”
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片刻之后，扎瓦引着托尔来到了塔的最下层。
“好了……这儿就是最下层了。”
“唔……那么我的任务，就是从这里开始往上进行搜索了吧？”
“不错。不过那些女神会使用移位之术，并不是可以简单地就能擒获的呢。你们就算翻遍这塔的每个旮旯，也要把她们给找出来才行。其他俩人在上层和中层，下层就交给你了。”
“我了解了。…………！！”
话音未停，魔人托尔突然双眼圆睁瞪向扎瓦，同时从他的左右护手里、一双尖锐的钩爪如游蛇一般窜了出来！
“你、你干什么……难、难道你就想倒戈不成……！”
“……来了。”
“哎……”
扎瓦惊惶还未定，只见她的后面突然现出三只小妖来。
“喂、喂你们……都、都给我退下！我可没有唤你们来啊！”
但小妖们似乎并没有听见，仍然是慢慢地向着扎瓦靠近。看来这些魔物长时间困守在此塔中，已经丧失理智了。扎瓦平时最心疼这些部下，一时间竟然下不了手，被逼得退了几步。
“咕……”
“呵呵……来得正好。”
托尔一扬双手的利爪，兴奋道，
“那照之前的约定，我不客气了！”
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“喂、喂！你竟然如此豪不犹豫地将它们……！”
看着部下被灭，扎瓦的心疼不言而喻。
“我帮你们办事，你们就允许我消灭塔中的魔物以吸取其魔力……这也是塔雷斯答应过的了吧？”
（无奈）“……这……。……哼，好吧，既然是塔雷斯大人答应过的事，那我也不多说什么。”
扎瓦慢慢地恢复了平静，阴阴地笑道，
“……不过，既是这样的话，那你也得拿出个像样的结果来才行的哦。不然的话，……你也该知道会是什么后果的吧～？”
“……这个自然。我会在那俩人之前将女神擒获的，你们拭目以待就是。”
“呵呵呵～，那就好。那么，这个我就交给你好了。”
得到『暗之水晶』
“这是……水晶石？”
“不错，这是塔雷斯大人仿造伊苏的魔法道具所制出来的。用它就可以将塔内一些邪神像的力量进行复苏了。”
“……邪神像……是指的那种吧。”
托尔望向了置于路旁的一座石像，上面雕刻着一个面目丑陋的魔物。
“……据言它们是在塔建造之初利用来制御大量的魔物的吧。……我听说原本都是残留在地面上的女神像。”
“呵呵，很精彩吧～？那些平日里一本正经的女神的脸蛋，也能给它糟弄成这幅模样呢，呵呵呵，这是一件多么令人快意的事情啊～。”
“………………………………”
得意中的扎瓦并没有多留意托尔的表情，只听她接着说道，
“对了、顺带一提，这个魔法道具里可还蕴藏着移位的力量哦，通过它你就可以随意移动到复苏了的邪神像的附近了，希望你能善加利用～。”
“……好。”
“呵呵呵，这个态度才对嘛。……好了，那么为了塔雷斯大人，你就多多用心尽力吧。现在的你除此之外，是没有任何立场……不，任何存在意义可言的。”
说完，扎瓦手杖一挥，阵阵亮光过后，人早已无影无踪了……
“………………………………。……立场和存在意义吗……，”
托尔缓缓将利爪收回到护手之中，自嘲般地笑道，
“…………呵呵，这种东西，对现在的我还会有什么用吗。………………好，那就先来试试这水晶的效果吧。”
「托尔将暗之水晶取出来，放到了邪神像的跟前」
「由于暗之水晶的力量，邪神像得到了活性化」
“唔，是这么回事啊。……这幅模样且不论，利用价值倒确是有的。”
在邪神像前恢复了自己的魔力后，托尔不再回头，毅然踏上了自己的冒险征途。
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《塔•最下层》————
在塔的下层驻守的都是一些级别低的小妖，托尔在沿路消灭魔物的过程中，发现了一种神秘的药水——《塞尔塞塔秘药》（增加HP上限）。
不多时，托尔来到了一个祭坛前。灭了镇守的小妖之后，祭坛的护御魔法阵消失了。
“哦……这不是被夺走的伊苏神具吗。唔，我明白了，他们是将此神具放于祭坛上吸取其力量，以供《仪式》之用吧。………………………………，哼……，现在当以搜查女神和黑珍珠为主，不好意思、这份力量我现在先归我了～。”
得到了『苍空之翼』
托尔的身体里涌出了一股力量……在苍空之翼的加护下，托尔学得了新技能「神速之技」。
继续前进，没过多久，托尔就发现了一个遍布着魔法阵的房间，魔力不断地内敛，形成了一个旋涡状。而四角的四个魔物正不停地加强着魔法阵的威力。
“怎么了……？”
托尔的一足才刚踏入魔法阵，就被强行吸入了进去。
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《苍哭之领域》————
“……这里是……，……哈、原来如此。刚才那是排斥一切魔之眷属以外的移位阵吗。……哼，扎瓦那家伙，是故意对我隐瞒的吧。………………………………，……如果将我体内的《魔》之因子唤醒的话，应该能让肉体产生变化的才对。这样的话，或许……”
对周围进行了一番观察后，托尔发现所处这间屋子里除有一个邪神像之外，还有一个台座，中间有个槽儿，似乎是用来镶嵌什么东西用的。
在接下来的探索中，托尔发现了一颗『祖母绿』宝石（可以用来强化神速技能），和一个『罗妲之果』。
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“……ㅚㅝㅠㅨㆋㅠㅦ？”
就在托尔打开一个宝箱取得『苍月之刻印』，细细端详的时候，突然一个奇怪的声音从身后传来。托尔微吃一惊，回身一看，只见一只可爱的小动物正睁着一双大大的眼睛，窃窃地躲在门侧往里偷望～。
“……没想到璐居然会出现在这里啊……。不过头上那角……唔，看来是由于吸入了塔里的瘴气而被魔化了吧。”
璐在看清了托儿的面貌之后，似乎不再害怕，只见它摇摇摆摆地走到了他的面前，“问”道～，
“ㄺㅝㅃ？ㅣㅯㅘㅱㅋㆋㅳㅦㅦㅦ…………ㆀㅦㅯㆋㆌㆅㆆㅘㅣㅷㅴ！ㅯㅋㅃㅝㅜㅖㄶㅘㆋㆌㆅㆆㅘ！！”
“说”着，璐围绕着托尔欢跳不已，一个劲儿地摇动着自己的大尾巴～。看来它不仅认出了托尔，还在拼命地向他表示着自己的身份。
“唔……不明白它究竟想说什么。不过，一只被魔化了的圣兽啊…………” 托尔伸出手来，抚摸着它的小脑袋，轻笑道，“……哈哈……看来我还是有同伴的呢～……”
「咕咕——————！」
^o^………………………………^o^
“……你肚子饿了是吧？”
（拼命点头～）“ㅋㆆㆋㅘㅝㅯㅯㅣㅂㅜㅴㆅㅅㆌ！！ㆋㅀㅠㅉㄺㄶㅀㅴㅜㅜㆋㅂㅖㅇㅎㆋㄺ！”
“好了好了，我知道了。别那么兴奋成不。（对了……刚才我不是捡到一个罗妲果子的吗。）”
「ロダの実をあげる」
（一惊）“ㅐㅩㅚㅱㆋㅷㅇㅄㅴㅷㆌㆇㆆㆄ？ㆋㅩㄺㆆㆎㅿㅪㆇㆌㅄㅚㄺㆆㅸㅦㅵㆌ♪ㅝㅯㅯㅣㅂㅜㅴㆅㅅ！！”
璐是蕾雅和菲娜所饲养的圣兽。……那是在魔物袭击伊苏之前的事情了，其时的伊苏在『黑珍珠』和「克莱里亚」的荫护下，国库充溢，人民丰衣足食，四处都呈现着一片繁荣安定的景象。每当晚夕时分，蕾雅和菲娜在和六神宫及议员们处理完一天的事务之后，总是会带着它们一同出外散步。傍晚的暖风轻轻拨动着树梢，夕阳斜照在瓦雷塞尔的湖面之上，金波荡漾。这番美景对于忙碌了一天的蕾雅和菲娜来说，无疑是一种最好的放松了。然而那时的璐们最期待的，还是散步结束、在罗妲之树下歇脚的那片刻时光～。因为那时女神们总是会摘下它们渴盼了整日的罗妲之果，放在自己的面前……
一阵光芒过后，托尔的面前出现了一块银色的矿石。
“哦……这不是克莱里亚的原石吗。”
“ㅄㅚㄺ♪”
托尔钩爪的攻击力提高了。
“原来如此……它是用克莱里亚原石强化了我的钩爪。……不过，没想到圣兽的力量在如此状况下仍然残存啊。……呵呵，看来你比起我来，是坚强多了呢。”
“ㅱㆋㅷㅇㅄㅴㅷ？”
“呵呵，没什么，一点牢骚而已～。……谢谢，你的礼物我收下了。”
“ㅪㆇㆌㅄㅚㄺㆆㅸㅦㅵㆌ♪ㅝㅯㅯㅣ♪”
和璐道别后，托尔立刻回到了最初置有台座的屋子里，将『苍月之刻印』镶入到了凹槽之中。机关启动，只见背后地面的一块石板陷下，露出了一个方洞来。
“谁……！”
才刚落地，托尔就听到前方一个熟悉的声音传来。——昔日兄弟一般的战友，格瑞昂就站在自己的面前。
“哦……”
“我没见过你，你到底是谁！？除了我们搜索女神的小队，这地上不可能再有人的才对…………（一惊）……啊……”
“许久不见了啊，格瑞昂。自从萨尔蒙神殿浮空前夜的军事会议以来我们就没见面了呢。”
“这、这怎么可能……托尔！你是托尔•法克特！你还活着的啊！”
看见自己早以为已经阵亡了的兄弟活生生地站在面前，格瑞昂心中的欣喜真是无法言喻。只见他快步走到托尔的身旁，抓住他的肩膀责问道，
“好你个家伙……到如今居然连个联络都不给我发来…………哦不、瞧我这记性，自从神殿浮空之后，和地面的通信就已经是不可能的了啊。”
格瑞昂伸手狠狠敲了敲自己的脑袋，终于露出了笑容，
“不过真没料到你没事啊……。团长……邵尔团长他也还好吗？”
“……不。团长他已经阵亡了。”
“…………是吗…………，不过你还能活着，这已经是件很值得庆贺的事情了。……哼～，你这家伙，都不和我们大家说一声就与团长俩人留下了……”
“………………………………”
“……托尔？”
托尔轻轻推开格瑞昂放在自己肩上的双手，静静地说道，
“……抱歉，格瑞昂。我并没打算在这里和你道祝我们的再会。”
“什么……！”
托尔的回答让格瑞昂惊愕无比，之前初见他时的很多疑问也渐渐浮上了脑海，格瑞昂不禁冷静下来，重新打量起了托尔，
“………………………………，……我问你，你这身装束是怎么回事，你的骑士铠甲呢？克莱里亚之剑又到哪里去了？”
“呵呵……那些东西，早在和魔物作战的时候坏得不成样子，我也就扔了……不过，即便它们到现在还完好无损，以我现在的身份来说，也到底是不适合了吧。”
“现在……你的身份？”
“……来自于伊苏之外的世界、放任魔物蹂躏这片土地的邪恶势力……他们能驱使邪恶之魔法，并以『暗』为己称。现在的我，就是他们的协助者。”
（惊讶）“………………………………，等、等等。你说袭击伊苏的魔物背后，还有其他的势力……？而且，你还为他们提供协助…………哈、哈哈哈，这怎么可能的啊。”
“……不，这全都是事实。如今的伊苏，和我已是正反两分，水火不容。而我目前执行的任务，就是将进入塔内的女神们抓获。”
（惊愕）“………………………………。……看来你不是在说笑。……为什么，你为什么要这么做，说出个理由来！”
“呵呵……我在和魔物的战斗中力竭倒下后，就被《暗》中的人抓住了。他们在我体内注入了《魔》之因子，并劝诱我帮他们做事。……你看我现在这模样，也该知道结果了吧～？而对于寻捕女神这件事，也全是出于我的本意而已，并没有受过他们的什么强制。”
“……抓住她们之后，你又打算怎样？”
听着托尔的话，格瑞昂的脸变得越来越沉，而他质问时的声音中也逐渐透出了愤怒，
“哈、关于这点我也并不清楚……不过他们曾说过，等事情办妥之后就会将女神们释放，而且也会从伊苏的土地上退去。至于之后怎么处置她们，就全凭我的喜好了～。”
（怒）“…………你！…………”
“呵呵，只要你肯接受《魔》，加入我们之中的话，到时要我让你一份也不是什么不好商量的事哦？”
“给我住口！！……真没想到啊，昔日的那个托尔•法克特竟然会坠落的如今这个田地……作为曾同仕于骑士团中的伙伴，作为你往日的一名战友……我就用这把剑、让你明白自己都做了些什么！！”
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“这、这不可能……”
“……自从体内融入了《魔》之后，我目今的身手已不是往日可相提并论的了。对现在的我发出挑战，这是你最大的失误。”
“喀！…………好，……今天就放你一马……！”
说完，格瑞昂迅速转身，一纵跳入了背后的一个石洞之中。托尔微一愣神，迅速追了上去——他明白格瑞昂决不是会临阵脱逃的人，他是要回去将自己的消息传达给其他同伴。
“你给我记好了、托尔！你所选择的这条道路我永远都无法认可！总有一天我会让你清醒过来的！”
“………………………………，呼……，还是那么地直心眼儿啊。如果是他的话，一定能够成为团长称职的接班人吧～……”
想到这儿，托尔的脸上露出了微笑，但这也就是转瞬之间的事，
“………………………………，看来由神殿来的搜索队也已经开始集结了……我动作得快了。”
从石洞跳下之后，托尔拿到了一把「青铜钥匙」和一枚『克莱里亚之戒』。戴上这枚戒指后，可以在牺牲防御的情况下，等价地提高攻击力。