在遥远的未来，地球人发现外太空有一个非常适合移民的星球，于是就派了殖民飞船兴高采烈的去了。结果一个星期后，在星球上登陆的考察队员和飞船上的殖民者遭到外星种族Kerak(有点像四条腿的昆虫)的攻击，５万人在此次袭击中丧生。随后，Kerak攻击了每一个地球人的定居点和殖民飞船，并势如破竹的向地球袭来。最后，Kerak对地球发起总攻并摧毁了地球。
在此之前的两个月，地球联邦就开始了逃亡计划。针对逃亡途中可能遇到的困难，地球联邦制订了非常严酷的规定，其中包括登船的人类将不享有任何的人权，以及在可能的食物短缺时，享有优先配给权的顺序。另外还有很多各种各样的建议，诸如在飞船上配备大量的军队和武器等由于各种原因没有被采纳。同时，地球联邦想尽一切办法，用尽一切手段安抚民众，并隐瞒了Kerak即将攻击地球的消息。但总有各种消息灵通人士想尽办法挤进逃亡飞船。
在总攻开始之前，成千上万的逃亡飞船被Kerak的飞船拦截并摧毁。最终，阿姆斯特朗号成为这次总攻惟一的幸存者开始逃亡。不幸的是，在逃亡之前，一艘Kerak的登陆舰避开了阿姆斯特朗号的火力攻击，并成功在阿姆斯特朗号后侧登陆。另外还有一艘Kerak战舰紧随其后。
逃亡飞船上的士兵做了顽强的抵抗，暂时压制住Kerak的进攻，并修复了飞船操作系统故障。作为飞船导航员(POLIT)的智能计算机，决定让所有人类进入冬眠状态，然后在飞船上释放毒气，希望能毒死所有的Kerak。
但是释放毒气的计划没有成功，面对Kerak凶猛的进攻，不受人权约束的POLIT做出了一个它认为惟一能够延续人类种族的决定：将平民和机器结合，制造一种比Kerak更强悍的战士。和一般的改造方案不同，这种结合方式主控方是计算机，而被改造的人类将脑死亡。
最初，POLIT通过电子网络将已经植入机械义肢的平民从冬眠中唤醒，并在他们还没有恢复意识的时候进行了改造。这些改造人投入对Kerak的战争之后，一开始并没有很快的扭转局势，于是更多的人类被改造。最后，POLIT将改造的目标转向了还没有植入义肢的人类。另一方面，POLIT对改造人的升级在不断继续，改造人变得更强大，同时也更不像人。
这时，不甘就范的人类面对两个敌人——Kerak和POLIT手下的改造人。遇到任何一方都是死，而貌似遇到改造人的结果更令人毛骨悚然。许多苏醒的人类用各种障碍和武器保护自己，开始了东躲西藏的地狱般的日子。
两周后，主角Walker从冬眠中苏醒，发现周围一片狼藉，和POLIT的通讯也处于时断时续。可怜的Walker和很多人类一样，不知道POLIT已经为人类准备了一个可怕的未来。在糟糕的通讯条件下，Walker意外地和指挥官Verga联系上，并得知他正全力搜救幸存者，并命令Walker也立即投入战斗。
Walker联系上一个女飞船驾驶员Gina，于是在Kerak的阻击中杀开一条血路，向Gina的藏身之处接近。遇到Gina的同时，他也第一次遇到了改造人。显然Gina也不清楚这些改造人的来历，但是改造人和Kerak相似的武器，让他们误以为Kerak残忍的制造了改造人。
在Gina的带领下，Walker突破两方敌人的重重防线，来到了飞船的医疗中心(MDC)。Gina娴熟的利用网络，将MDC和外界隔绝开来，并和POLIT取得了稳定的联系。POLIT决定和Walker合作消灭飞船上的Kerak，但它隐瞒了改造人的真相。Walker在MDC搜寻到一个HR-V机器人的部件，并成功将其拼装起来。至此，Walker终于有了自己的宠物。