序章
碳坑都市,一个被人们所遗忘的城市。而这一天，却有着三个不知出处的神秘机械体来到了这里……
混于帝国士兵里面的少女蒂娜是来此处寻找被封印的幻兽（PM这段玩多了）。这里的最初游戏迷宫，超级简单拉，魔装甲levelup原创对付这些杂兵简直轻松到极点，灭掉里面的BOSS后找到目标。（BOSS是蜗牛。注意BOSS身体缩到壳里后不要攻击，会被反击的！！）
幻兽的巨大力量下，帝国士兵瞬间就完成了他们做为NPC的使命，当它正要对蒂娜下手的时候，蒂娜的身体发生了奇怪的现象，幻兽消失不见的同时，蒂娜也晕了过去。
当她醒来时，发现自己在一间屋子里，这里的主任告诉她：由于她的强大力量，被帝国的军师杰卡特看中，由于说得失败而使用了帝国的新科技把她控制住。话说到一半时，门口反帝国组织的人来搜查了，老人相信蒂娜并不是坏人，便把她放了。现在开始跑吧，追兵方面其实基本没威胁的。向左跑到矿洞发生剧情，蒂娜被逼到角落，掉进坑里再次晕过去，也想起了自己被控制的事。
一方面，侠盗罗克来到了刚才救蒂娜的哪个老人处，他们好象认识很久的样子，寒暄过后，老人告诉了罗克蒂娜的事，罗克答应了老人去救她，现在控制罗克，来到刚才蒂娜晕过去的地方，发现了守卫在这里正准备进行搜索，还好有莫古的帮忙，不然就算是罗克估计也栽了。消灭掉小队长后救出蒂娜，罗克建议她一起去费加罗城。
旅途
费加罗城位于南边的沙漠，这里的国王艾德是罗克的朋友，这个花心国王一见蒂娜就开始勾引她，可惜长久在帝国居住的蒂娜对这些玩意丝毫不知情，剧情结束后可以出城，多和村民对话得知写情报，之后再去和国王对话，会发生帝国军师来访的事件。
杰卡特一来就问蒂娜有没有被他们收留，艾德和罗克自然装傻，杰卡特见事情无果，威胁艾德，要是和帝国作对没有好处后便走了。想不到这家伙把艾德的城堡点起了火，现在可以使用陆行鸟了。帝国会派出魔装甲追击，要小心哦。路上的杂兵使用魔法对付比较好，硬来吃亏的是我们。
这里要通过南方洞口来到费加罗城的南部进城，这里会遇到另一个同伴黑忍，但此时他还没加入的想法，这里有个道具“タッシヱ-ス”效果相当于以前作品的加速行走，买不买就看个人喜好了。（上方的一个豪宅里，可以得到很多金钱，对初期还是有帮助的）和村民对话，得知了艾德的弟弟马修去葛斯山中进行修行，艾德也想去看看弟弟，于是一行人决定去葛斯山。记得多买些解毒药“どくけし”哦，里面很容易中毒的。
东北的葛斯山正是我们此行的目的地，到达山谷中间的时候，马修的师兄风出现了，幸好马修出现帮助我方战斗。战斗后知道，原来风是杀死他们师傅的人，而现在又准备来杀死马修，之后马修加入队伍，进入山洞后就可以加入反帝国组织了，这时候罗克会脱离队伍一阵，不要担心，反抗军首领会来补充位置的。现在蒂娜的任务是要去寻找冰之魔兽，回到碳坑都市，这里会发生马修脱队的事件。
现在开始才是本作的一个亮点——分支进行剧情，罗克方面很简单，只要偷到南费加罗城里一个帝国商人的衣服后就能去打听情报（偷盗指令为“めすむ”），这里需要击败酒吧地下室的帝国商人，并把得到的酒送给下方房子里的老头，和一个小孩对话选第二项即可。通过密道后就能发生救出萨莉斯的剧情。到达一座大房子levelup原创，在2楼的左方书柜后发现了通道——救出女将军萨莉斯。把调查士兵得到的螺丝安装在右边房间里的挂钟上就能回到城里，往北走就能跑出城了，之后就要去碳坑都市汇合。
而另一边的马修上岸后才发现自己被冲到很远的地方，和村民打探消息后黑忍加入，这里就比较麻烦了，需要经过拉马王国才能回到碳坑都市，这里帝国基地不要和任何人对话或企图动宝箱，不然后果自负了。突然马修发现杰卡特正在下毒，企图利用毒来击败拉马军队，战斗后杰卡特逃走，但毒却已经发生了作用，这里的迷宫要抢到三个魔法甲强攻出基地，通过拉马城和迷幻森林后发生追赶火车的剧情，这里只要把最尽头的BOSS消灭掉即可levelup原创，中间的BOSS很垃圾，几回合就能消灭掉，而后面马上就要进行的BOSS战才是真格的，来到瀑布后黑忍会离队，这里两人通过迷宫比较吃力，前面要是有多买药的话会简单些，通过后就能来到尼吉亚港口做船回到碳坑都市了。
三方面最简单，由于道路被阻，从左边的光之洞穴出来后回到开始的老人家里就能完成任务。（记得和光走一样的路）。
汇合和去上方找长老劝说加入反抗军，而帝国军方面，杰卡特为了得到魔兽也来到了此地，这里又要组队SLG战斗，个人建议把把最强的分在第一组里，其他的平均分配，第一组如果实力够强就直接干BOSS。击败杰卡特后长老带一行人来到了魔兽处，蒂娜与魔兽又一次产生了共鸣，并且变身为魔兽消失在天空中。回到费加罗城后住宿，第二天可以前往科利顿，这里用3000大洋能把黑忍收买来，要不要看各位的喜好了。
在南方的夏多鲁村，可以打听到北方的沙而村有看到蒂娜，建议在这里租陆行鸟使用，这里所有人说的都是假话，往反意思看就对了，进入左下的塔内到达顶层就能找到蒂娜，魔兽把蒂娜交给罗克后就离开了，而留下的四大宝石是揭开迷题的关键，蒂娜决定去帝国魔导研究所看看。
先回到夏多鲁，这里可以得到飞空艇哦，一进入就发生一个团长，原来他正被西捷亚要挟，这里要让萨莉斯假扮女主角演戏，想不到罗克发现了之前袭击马修的水怪要来捣乱演出，这里要来到舞台最上方消灭掉水怪，所谓一波未平一波又起，西捷亚突然出现并抓走了萨莉斯，众人急忙帮罗克治疗了下便跟踪上了飞空艇。这里西捷亚由于和萨莉斯赌博输了，便成为了我们的同伴。
有了飞空艇，就可以来到帝国了，这里可以买到高级武器的，有钱赶快去吧！会使难度下降不是一个等级。进入帝国首都，先来到城堡右边，遇到一个反抗军的同志，他会帮助我们去吸引帝国士兵的注意，而我们就能潜入魔导研究所了。
这里要控制罗克潜入，来到研究所后，会发现杰卡特正在研究魔兽，等他离开后调查传送装置来到地牢，这里都是魔兽的尸骸，这里要和火和雪的魔兽，用相克的属性攻击的行了，胜利后两个魔兽成为魔石帮助罗克。之后可以从右边出去，但会进入和魔法机械的战斗，对方有魔法无效的能力，硬砍吧。出去后就能进入魔导研究所中心，这里可以取得四颗新的魔石，由于杰卡特的阻止，被迫无奈的萨莉斯使用了空间魔法，经博士指点后能利用滑车脱出，但之后的机械兵BOSS比较难，各位多小心应付。
之后和西捷亚汇合，这里要和剩下的机械手战斗，回到沙而村，由于魔石的关系，蒂娜想起了自己的身世，原来自己的母亲由于厌恶现实世界，来到了魔兽界，并和一个魔兽结婚生下了她，但不久后魔兽界遭到了帝国的入侵，而蒂娜也因此被抢走。
崩溃的世界
继续回到碳坑都市，这里的人现在已经全是反抗军的了，而蒂娜也要去说服自己的同胞加入，这里的武器店更新了，好武器一大堆，买吧。先去山洞里，救出莫古的首领后会让他加入队伍，之后就可以前往帝国首都了。
东面的守卫全部都消失了，从左边可以进入一个洞，里面能取得最强武器，通过洞穴后会发生杰卡特阻止蒂娜开启封印的事件，可是levelup原创已经晚了，大量的魔兽出现了，回到飞空艇，却发生被魔兽袭击的事件。
回到首都，面见皇帝后，皇帝认识到了自己的错误，想要结束战争，之后皇帝会提供军舰帮助主角们去北方的三角岛，那里是魔兽的聚集地，罗克和蒂娜两人决定前去看看，其他人留守首都。
第二天去港口城市奥布格能看到萨莉斯和黑忍。到了岛上后。帝国将军和萨莉斯一组，罗克与蒂娜和黑忍一组分开行动。
在村庄里，和一个老头对话能发生剧情，晚上火灾中罗克救出了老头的孙女，老头因为感谢主角的帮助，答应帮助寻找魔兽，而这里黑忍会离开队伍。
出村后进去左上的三角洞穴，在里面能发现三斗神像，之后会和那个水怪再次战斗，来到最深处，这里能看到魔兽的首领尤拉，尤拉同意和帝国和解。这时候，杰卡特说服了帝国皇帝而破坏了同盟协议，并把同行的帝国将军杀死，而此时西捷亚驾驶飞空艇来到此处汇合，去首都。
这里会和那个水怪再次战斗，胜利后还要和帝国的军舰作战。随后魔大陆出现了，这里要记住，回到飞空艇后有选择，如果选择等待片刻，黑忍还是会回到队伍的，这里三斗之神复活了，那巨大的力量使世界毁灭……
最终决战
已经是一年后了，这里要控制萨莉斯去抓鱼给博士吃，会影响之后的结局。记得要抓游的快的鱼。博士康复（或者死亡后）从左边大橱的密道进去就可以找到木筏。
利用左边的木筏可以到达奥布格镇，在这里打听到北方的祖拉镇有一个厉害的格斗家在和制裁之光进行对抗，来到祖拉镇，了解到由于杰卡特的关系古代被封印的魔物也复活了。
这里要帮助马修把房子里的小孩救出，时间6分钟有点紧宝箱内还有魔物，等级低的就放弃吧。
之后从右边的密道向东边来到一个村庄，可以遇到蒂娜，但她厌倦了战斗，拒绝加入队伍，无奈下只好继续前进。来到港口城市能遇到艾德，跟他一同前往坐船到费加罗城中。这里消灭掉影响城堡运作的怪物就能到科利顿沙漠找到西捷亚，但飞空艇已经毁坏了，现在需要去寻找另一架飞空艇，往西南走就能来到西捷亚女朋友的墓地，击败了守护这里的魔车就能进入里面取得最后架飞空艇，追一只鸽子来到了到马拉塔后，这里可levelup原创以知道很多已往同伴的消息。先来到夏多鲁村，调查一个画家房子里的左下角的画回出现道路。进入到最深处就能遇到当初在三角岛老人的孙女，出现魔画，击败后能从右边的大橱中得到魔石。现在去那个都是说谎人的村子后面进入山谷能找到反抗军的枷原，不过再此之前要先买个驱除铁锈的药剂价值1000。要先为马拉塔的一位少女送信，和鸽子对话就可以送出信件。之后就可以买得驱除铁锈的药剂了，此处还可以击败地魔龙。踩上机关宝箱就可以打开，迎战地魔龙吧。
回到蒂娜的村子后击败BOSS，便能让蒂娜重新加入。（这个BOSS会随即吹飞2个在攻击状态的人）
而南方的洞穴里可以找到黑忍，把他带到三角盗的村庄里治疗即可，之后去科利顿村北方的竞技场里使用“いちげきのやいば”就能让他重新加入。碳坑都市里，此处要击败冰魔龙。莫古也会再次加入。到前面的悬崖打败冰魔兽就可以获得魔石，从悬崖跳下来到一洞穴，深处会遇到大雪怪，击败后队伍中有莫古则会加入。而最后的同伴罗克需要来到地图中央的凤凰山谷里，这里会和火魔龙战斗，胜利后罗克归来。另外的八魔龙在三角岛，萨莉斯养伤的小岛，费加罗城全部收拾掉后魔导之塔的封印也解开了，进入前记得要购买“リフレクトリンク”，效果为反射魔法，有了这个，无论是打最终BOSS还是打魔导之塔都会轻松许多。具体的8龙位置。如下：
把8龙扫清，接着就可以进入魔塔挑战最终BOSS。进入前尽量多准备些补充HP和MP的药。要进入此塔一定要乘飞空艇直接从塔顶登陆。在这里会分成3组，建议每个队伍中都要有能加HP的伙伴。进入塔后选SELECT可以切换组。先从第一组开始，会在一个地方卡住过不去，需要切换到第二组来开动机关才可以过去。后面的也大致如此。遇到过不去的时候切换其他组来打开机关。
第二组在打开机关之前会遇上一条黄色的龙，解决他后会出现记录点。打开机关后还会遇到机械兵BOSS。（所以建议要精英）。
第三组需要解决一条机械龙和尸龙解决后会来到一个大房间中。
处的机关需要三组共同努力才可以解开。第三组和第二组先踩上机关，为第一组把中央的门打开，第一组进门后随机选左右，levelup原创左面是打三斗神中的魔神，右边是女神。选择完后把4T的石头推下去压住机关让第二组上来。重复上述步骤第三组也上来了。
现在就是打三斗神了，前面说了左边是魔神，会使某些系的魔法无效，中间的是战神对他使用魔法他会回复HP，女神是三斗神里最弱的。
三组把三斗神解决掉后，就可以打最终BOSS杰卡特，他有4重形态。打之前可以选择战斗顺序，有异常状态和死亡的角色都将被替换。（不过是在杰卡特变换形态的时候！！）第二形态小心他的石化，第三形态则小心他的死亡召唤，第四形态也就是终极形态要特别小心，有招会把你4名伙伴的HP都变成1，注意加血！！被他随便打下就挂了。最终正义战胜了邪恶，主角们逃出了魔塔乘飞空艇环游世界了。