嗯，这里有一个想法，当然我想更多只是我一厢情愿的猜测。尽管我无比希望这个猜测很正确以至于发出来看看
可能大家还记得，结局的时候玛雅被亚历克斯抓走了而黑仔去救她。这里就是问题一。为什么最后玛雅会和亚历克斯姐姐再一起？
我给出的解释就是亚历克斯最后记忆里和他姐姐的交谈。亚历克斯带着玛雅去看姐姐，顺便安置他们进防空洞。再然后就是与黑仔的决一死战。
他为什么大费周折最后就为了保护好这两个人？他说只有他和黑仔是特殊的，为什么特殊？
第二个问题，为什么黑仔能不受亚历克斯操纵？就因为什么狗屁弹性DNA？想想亚历克斯是死后感染病毒然后才超级NB的，如果开场那个爆炸黑仔就已经死了然后感染病毒复活。这一作的剧情就变成什么样的呢？
第三个问题，如果亚历克斯和那些变种人是母体和孩子的关系，可以通过控制对方身上的病毒来控制对方的想法和行为，为什么控制不了黑仔？是不是黑仔和他是一个阶级，而其他人都比他们低级？可见的是所有的变种人都只有一种手臂，这个说法还算靠谱。问题的解法就是，黑仔并不是亚历克斯感染的。话说序章里黑仔杀死那个格斗者的过程确实有问题，一个正常的人类一起车祸（他坐在靠前的位置）几乎毫发无伤而且力量能够硬捍一个格斗者。
然后是第二个猜想。虐杀原型1里有一段是让我们玩家有些难以接受的，就是关于亚历克斯人已经死了，这里活着的只是一个具有他的记忆的病毒聚合体。但是整个第二部没有任何一个人表示出对自己身份的怀疑。从这里有一个猜想就是。只有黑仔和亚历克斯是真正的病毒聚合体。这就是亚历克斯最后说他们超越了生死的原因。超越生死。换句话说就是没有正常的“生”“死”。不觉得和没有完整细胞结构的病毒有着某种程度的相似么?
接受了这种假设，那么再想想一代的结局。亚历克斯带着核弹飞往海外，为的不可能是所谓的一个城市的活人吧（最后全城因该是没什么活人的）为的一是自己的姐姐，二就是有了轻生的年头。如果这作的亚历克斯是一个野心和人性矛盾的综合体，有着极强的轻生念头呢？
接下来就是我的疯狂猜想。
亚历克斯已经疯了，在他发现他可以轻松掌控人类，轻松拥有毁灭世界的力量而他自己又已经不再是能接受的人类。他自己只是一个病毒聚合体的时候。他就已经崩溃了。然后核弹都炸不死他。可以预见的，不可能再有什么东西能够消灭他。
当一个不和谐，高手寂寞无敌全球的时候，除了统治世界他还能计划什么呢？
结果又有一个人在死后感染病毒站了起来，美妙的是除了亚历克斯自己谁都不知道他已经是病毒的聚合体。他强大，世上只有一个亲人。很像亚历克斯自己。还没大脑，以至于到了结局都没发现亚历克斯为什么亚历克斯无法操纵他。他可以在埋葬一切后开心的活下去，而不是像亚历克斯一样疯掉。他还有所谓的人性。他有着亚历克斯所有希望有的东西。
接下来一切都顺理成章。培养他，让他变强。等他和自己一样强的时候处理好一切后事。和他决一死战来决定这个世界的未来。无论谁活下去。两人的亲人都会受到很好的照顾。（所谓新世界的圣母。。。姑且也这样说吧）无论谁活下去，吸收了对方的力量。作为世界上仅存的变异人都会具有轻易摧毁黑色守望复仇的能力。我毫不怀疑两人都会这样做。
亚历克斯死掉以后，黑仔再也没有机会知道自己其实已经不是一个人。他可以过很天真的幸福生活。他简单的大脑无法发现任何埋葬在表象下的事实。即使他站在了食物链的顶端，他也很难再不和谐下去。
至于为什么黑仔吃了亚历克斯却没有发现这一切。我只能理解记忆的汲取有一定的指向性。只能通过检索的方式来获得记忆。不然2代自相矛盾的剧情就有点多了。