控制键：
考虑到本游戏原来是TV GAME，当然使用手柄进行操作最为方便。不过如果使用键盘操控，也没问题，键位对应如下：
SELECT（键盘Back）：打开/关闭无线电通讯界面。在通讯界面内按向下键则可列出所有已知的通讯频道
START（键盘TAB）：暂停，同时可以显示大地图
三角键（键盘S）：开火/徒手攻击/拖动敌人/空手时从背后胁持敌人
方块键（键盘V）：动作键
交叉键（键盘X）：背靠墙时敲墙/游泳/狙击模式或者照相模式下拉近镜头
圆圈键（键盘Z）：切换起身和蹲下/使用物品/狙击模式或者照相模式下拉远镜头
L1键（键盘A）：装备物品/打开物品栏，必须按住再配合上下键选择
L2键（键盘W）：在第一人称模式下按住可进行自动瞄准
R1键(键盘F）：装备武器/打开武器栏
R2键（键盘空格）：按住后切换到第一人称视角
难度：
不同的难度选择对游戏进程影响很大，通关一次后还会出现Extreme和European Extreme两种额外的难度等级。本流程按照Normal难度完成，而不同难度等级通常会影响到以下方面：
－主要任务中所限定的时间长短
－主要战斗中关键物品的数量（比如要拆除的炸弹数目）
－敌人的数量以及他们生命值数值
－敌人的攻击力
－敌人所携带的物品数量
－敌人从昏迷状态苏醒过来的时间
－敌人对于声响的警觉度
－敌人的反抗意愿大小
－警报时间的长短
尽管上次合金装备危机已经过去很久了，但是出于对权利和力量的追求，对于合金装备的研究和制造仍未停止。Snake和他的朋友Otacon为了将这种可能破坏世界和平的武器公布于世，因而决定潜入一艘属于海军陆战队的运输船，调查有关事宜。然后他们没有想到，一个更大的阴谋也因此露出端倪。
序章-TANKER-PLANT
Snake成功登上运输船，但就在他登船之后，一伙怀疑为俄国雇佣兵部队也展开了他们的行动。
结束与Otcon的交谈，记录下两个联络频道。141.12用于与Otacon联系了解情报，而140.96则用来存档。离开缆绳，沿着右边船舷前进。在经过楼梯的时候，注意上方巡逻卫兵。躲开他的视线，从楼梯下经过，在尽头机器后边找到一个绷带。回到船尾，向左走到船舱边缘，靠在墙壁上观察在左侧船舷处巡逻的卫兵行动。等他走开之后，在楼梯下拿到一个镇静剂。等这名卫兵在船舷边站住不动，从后边接近他，切换成第一人称视角之后，拿出手枪威胁这名卫兵。等他举手投降之后，向他头部开枪将其打晕。走到他身边，按住动作键拖动卫兵，把他藏到左边船舷尽头的机器后边。在船舷边还可以找到一块压缩饼干（用于补充生命）。
在第二部楼梯下方找到进入船舱的门口，连续按动作键几次打开门，之后进入船舱。先向右走，经过第二个拐角之后进入靠左手边的房间，在屋内搜索那些衣柜可以找到不少物品。出门之后，靠墙躲在拐角位置。等在走廊里巡逻的卫兵走向远端的时候，跟上去用手枪威胁他放下武器，然后将其打晕。把这名卫兵藏到刚才那个房间内的衣柜里。
穿过走廊尽头的铁门进入右侧走廊。靠在左边的墙上观察大厅里巡逻的两名卫兵，等他们走开之后，经过前方的楼梯向下走。在楼梯下方找到Stun G（昏厥手雷）。回到右侧走廊，贴在通往大厅的门口旁边观察。等在楼梯附近巡逻的卫兵走到远端，走到门口位置，拿出手枪将其打晕。然后就地等待在酒吧附近巡逻的卫兵前来，也把他打晕。把这两名卫兵拖到吧台后边藏好，然后上台阶，穿过右侧的门口进入二楼。
沿着走廊向左走，在左侧走廊里找到一个门口。经过门口之后找到一部楼梯，经过它来到三楼。三楼的走廊里有一部电子监视器，贴着它下方的墙壁走过去就能躲过它。经过走廊之后找到楼梯，在楼梯下方的衣柜里可以拿到一个Chaff G.（电子干扰手雷）。经过楼梯进入四楼，你会看到一名卫兵进入左边的屋子。沿着走廊向右走到岔口，Otacon会警告你走廊里有电子引爆系统。先向上走，进入右边的仓库，躲在货架后边。等一下刚才那名卫兵就会前来，趁他打盹的时候打晕他。回到走廊里的岔口位置，用第一人称视角射击右侧那个灭火器，把它打爆之后就可以看到用于引爆的激光射线。趴下匍匐从激光射线下方穿过，到了拐角位置之后起身靠在左侧的墙壁上观察。等走廊里的卫兵走远，进入左侧走廊，穿过右侧的楼梯进入驾驶舱。
就在此时，一伙俄罗斯雇佣兵乘坐直升机前来。等士兵离开之后，打开驾驶舱左侧的大门前去甲板，在那里最终将会和Olga进行一场激战。在战场中央和右下位置会有弹药（在你弹药耗尽后会重复出现），在左侧船舷附近还有一个压缩干粮（在经过一段时间后会自动重现）。既然物品充足，所以不必着急，耐心对付她即可。此处的战斗可以分成四个阶段：
刚开始Olga会在左右两侧的箱子后以及前方的木板后这三个位置之间跑动。先躲在右边的箱子后，等Olga开始移动的时候，向她反方向跑，然后瞄准她所在的位置。等Olga离开隐蔽位置的时候，开枪配合自动瞄准进行射击，如此反复。
过一阵，Olga会把系着帆布的绳子打断，然后她就躲在帆布后边。这样你在右边就很难看到她的位置，只有在左侧船舷边才能进行比较准确的射击。此时可以在右侧箱子后估计她的位置，使用第一人称视角进行射击，这样比较安全。也可以利用左侧的箱子进行掩护，等Olga换弹夹的时候跑到左边船舷边开枪打她。
接下来Olga会把帆布打飞并控制探照灯照射你的方向，此时使用第一人称方式很难看到她的位置。现在只有躲到右边的箱子旁，利用第一人称视角瞄准射击探照灯和木板之间的位置。尽管命中率比较低，不过总有打中的机会。一般开一到两枪之后就躲到箱子后边。在这个阶段里，Olga会经常使用手雷进行攻击。当听到她扔手雷的话语后，赶紧移动到左侧箱子后躲避。等手雷爆炸后，再回到右侧躲避攻击。这个阶段会很耗时间，需要耐心。
等Olga的生命几乎降到0的时候，战斗进入最后阶段，通常探照灯也会在这个时候被打爆。此时只需再打中Olga两三枪即可结束战斗。打晕Olga之后可以得到她的手枪。
向右走，经过楼梯走到桅杆下方。沿着扶手梯爬到桅杆顶端，在那里可以拿到一个热能探测镜。
返回驾驶舱，沿着楼梯回到四楼。向右走到拐角位置，拿出手枪转换成第一人称视角，等前方走廊里的卫兵走过来的时候，瞄准他的头部开枪将其打晕。用手枪射击左边的灭火器以便看到激光线的位置，趴下匍匐穿过激光射线。把刚才打晕的卫兵藏到右边的房间里，然后从走廊左侧的楼梯下去到三楼。躲到楼梯左侧蹲下，等卫兵走过来的时候向他开枪将其打晕。把卫兵藏到楼梯左边的衣柜里，然后穿过走廊。注意走廊里有电子监视器，必须贴着它下方的墙壁移动通过。再经过走廊左侧的楼梯走到二楼，穿过右边的门口，沿着走廊绕到右边，途中打晕一名卫兵。在右侧走廊左边找到一个门口，穿过门口回到一楼休息室。在休息室里有一名卫兵巡逻，你可以趁他向左走的时候跑下楼梯，穿过右边的门口。也可以在他向左走的时候，从背后开枪打晕他。到了一楼右侧走廊之后，沿着楼梯向下，然后穿过楼梯下方左侧的门口进入机关室。
沿着走廊前进，然后穿过左边的门口。匍匐沿着通道向下移动，到了楼梯旁起身，拿出手枪。等在下边巡逻的卫兵走过来的时候，转换成第一人称视角，瞄准他的头部开枪将其打晕。下楼梯把这名卫兵藏到右侧一处黑暗的夹缝位置，然后继续沿着通道继续向下走，到了尽头位置靠住栏杆按动作键把自己悬到外侧。松手落到下一层，向左走一点，拿出手枪转成第一人称视角射击前方的卫兵射击。由于卫兵看不到你藏身的位置，你可以安心瞄准。把这名卫兵同样藏到右侧的夹缝位置，然后沿着通道向左走。到了左侧楼梯下方，先观察左边通道里那名卫兵的位置。当他在下边巡逻的时候，上楼梯到上层通道。此处有一名卫兵，不过他并不会回头，你有充分时间打晕他。站在这名卫兵所在的位置，观察左边的走道。等在下边巡逻的卫兵走上来之后，用手枪打晕他。沿着通道走到左边向上的楼梯下方，靠在上方的墙壁处躲避。等在顶层平台上巡逻的卫兵走向远端，沿着楼梯上去，用手枪打晕他。经过顶层左侧的门口进入走廊，向上走一点，就会看到敌兵出来通讯的动画。利用他通话的时候瞄准他，然后把他打晕，把这名卫兵藏到上方房间左侧的衣柜里。此处通向上方的走廊里又有感应爆破系统，感应装置就是那种闪着绿光的仪器，在走廊左右两侧的地上各有一个，还有一个在右侧高处。先爬到右侧的机器上，然后用USP手枪射击上方的感应器（需要用第一人称视角瞄准），打中之后会听到一声提示音。进入走廊，蹲下把右侧地上的感应器打坏。然后再向前走一点，把左侧被炸弹挡住的感应器打坏。现在可以上前打开前方的舱门，进入第二甲板左舷。
沿着走廊前进，借助黑暗打晕途中遭遇的几名卫兵，最后绕到右舷走廊。再向下走不远，就会遭遇一伙精锐雇佣兵，被迫与之进行战斗。在走廊下方位置有弹药和药品补给，注意拾取。当这些雇佣兵躲在箱子或者门后的时候，与之进行对射很难命中敌人，而进行第一人称视角瞄准也过于危险。此时只能趁敌人闪身出来射击的时候，沿着走廊向前跑，边跑边开枪，然后躲到前方箱子后边，通常这样可以干掉一两名敌人。如此反复，干掉三两名敌人。之后敌人会开始扔手雷，注意躲避。对于躲在箱子后边的个别敌人，可以使用第一人称视角进行瞄准射击。最后会有数名敌人不顾死活沿着走廊强攻进来，此时起身连续射击将其干掉即可结束战斗。最后 Snake会进入演讲大厅，但是他的退路也被Ocelot封住了。
Otacon要求Snake在七分钟之内拍下四幅合金装备的照片，并它们传输回去。此时赶紧向右跑，连续经过两部向下的扶梯来到底层。此处有很多正在看直播的陆战队员，如果惊动他们就只能听Otacon呼喊Snake的声音了。到了底层向下走，匍匐从陆战队员身后爬到左边，然后沿着浅色铁板一直向上爬，穿过上方的铁门进入第二船舱。到了那里之后依旧是匍匐前进，到了右边边缘之后转向上方，最后来到屏幕下方。起身走到最右上角位置，然后贴住上方的墙壁向左移动，即可穿过铁门进入第三船舱。
合金装备就在这个船舱内。先向上走到台阶附近，拿出相机拍摄合金装备头部右侧位置（拍摄了正确位置之后Snake会说一声Good）。然后回到下方，向左匍匐前进，从第一名摄影师脚下通过。到了底部正中位置，起身拍摄合金装备的正面照片。继续匍匐向左，经过第二名摄影师脚下之后转向上，然后起身拍摄合金装备头部左侧位置。最后匍匐向上走，从左侧卫兵身后经过，最后来到左上方位置。在这里可以看到合金装备上印着的Marine字样，把它拍下来。回到进入本船舱的位置，操作那里的电脑。等进入系统之后，开始传输照片。在传输过程中需要按圆圈键更换照片。
当Snake把所有照片都传输出去，Ocelot突然出现，夺走了合金装备。而Snake也随着运输船沉入海底，下落不明。