花木兰的故事可谓家喻户晓，妇孺皆知。《古乐府》有木兰诗歌咏其事，千百年来这一题材不断被改编挖掘，以戏剧、歌曲、电影等各种艺术表现形式来演绎传说，给花木兰的形象赋予深刻的人文意蕴。近年来，中国歌剧舞剧院创作音乐剧版《花木兰》，华裔作家汤婷婷将花木兰的形象推向世界，美国迪斯尼公司甚至还将它改编动画，国内外形成一股花木兰热。
电脑游戏《花木兰》走的是清新幽默的路线，画面艳丽明亮，语言加入一些现代元素，周星驰式的对白随处可见。游戏有两个结局，分歧点在游戏开始就确定了，玩家在游戏中会体会到不同的剧情。游戏中还有一些隐藏事件，如马可波罗到中国寻找四大发明、终极装备套装等，给游戏内容增加了些许的趣味性。
第一章 铁骑军牌传乡里，雪剑投戎戍沙疆
唧唧复唧唧，木兰当户织。花木兰正在房内专心致志地织布，看到姐姐木莲端着酸梅汤走进来，原来这汤是朱芝华拜托送来的。木兰和芝华青梅竹马，两人心中暗生情愫，只是没有机会表白而已。来到庭院看到朱芝华正在练剑，木兰上前提出比武的要求，芝华怕误伤了师父的掌上明珠，又不忍拂意中人的心愿，左右为难之际被刁钻古怪的木兰偷袭击倒，朱芝华面带怒意，羞色难过。就在这时家仆过来请两人到大厅去，在大厅见过父亲(花弧)，得知朝廷的军牌已到，刘承仪元帅为对付西域柔然国而招募精兵。望着年迈体弱的父亲，木兰毅然地作出代父从军的决定，接下来要在村里寻找男装。
离开大厅回到闺房，在箱子里拿到10000钱，然后离家到村里逛一下。在桥头遇到猎户花子正为儿子失散而烦恼，木兰爽快地答应帮他寻找，绕到西边的河岸找到玩耍的小花子，劝他回家后再到桥头找花子告知消息，花子听了很是高兴，邀请木兰有空到他家里作客。到花家村的东南找到猎户的家，屋子里有两个宝箱，分别找到《造纸术》和男式头巾。回到家里找姐姐谈话，得知她正在为男友做一件衣裳，便谎称也要为芝华做一件男装，只是自己不擅女红，想借件衣裳依葫芦画瓢，姐姐听了很是高兴，将手上的男装交给了木兰。
目前还差一双靴子，来到院外的河边看到小弟花聪正在钓鱼，花聪得意地说在河里钓到一双靴子，要拿羊肉串才肯交换，于是木兰赶紧到道具店买了一串回来交给贪吃的弟弟，不料弟弟嫌姐姐太小气，将靴子扔下就跑开了。下面要寻找适手的武器，来到西北河岸看到弟弟正与小胖玩耍，从小胖口中得知张大爷家的羊被野狼吃掉了，然后再与弟弟说话，得知张大爷在羊圈里找到一把宝剑。在桥南找到张大爷询问详情，然后在村里搜寻漏网的野狼，回到河岸边果然看到一只狼正要袭击小胖和弟弟，木兰上前三招两式将它解决掉，回去将消息告诉张大爷，从他手上得到一把薄叶刃剑。
在村庄东南有一名江湖郎中，他在威虎山采药时遇到强盗，慌乱中将药铲丢在树上了，木兰答应帮他找回药铲。在村庄南方有一名学习造纸术的外国人，将在猎人家里找到的《造纸术》送给他可选择两种奖励——10000钱或火药合成秘方：
火硝×3+硫磺×3+木炭×4=鞭炮×8
火硝×3+硫磺×4+木炭×4=火药×6
火硝×4+硫磺×5+木炭×5+雄黄=炸药×4
火硝×3+硫磺×3+木炭×4+雄黄×3=地雷
所有道具收集完了，回到家中闺房换上男装，立即成为一名英姿飒爽的少年武士。来到花家大厅和父亲商量从军的事情，但父母都不愿女儿抛头露面征战沙场，正说话间父亲的好友铁冠真人来访，得知木兰的心愿大为赞赏并收她为徒，传授“碧落九重”。在木兰的恳求下，父亲便给木兰一次试练的机会，去野外消灭狼群。
先到道具店买几个肉串，出村前先将道具栏里的薄叶刃剑和衣鞋帽装备好，出村会遇到狼群，将它们逐只引过来杀掉，在南边的一棵树下宝箱里找到郎中的药铲，回到花家村将药铲交还郎中得到10000钱(如果没有完成药铲事件，后面的剧情会产生分歧，游戏最后达成结局二)。回到花家大厅找父亲对话，花弧见女儿志坚决也不再反对，便吩咐芝华和木兰一同参军，两人路上也好有个照应。芝华加入队伍后，先在村里的装备店和武器店给他购买衣帽和木弓，再到道具店买点合成的材料或食物。
第二章 求宿霖府阻仇客 释忿仙山觅灵丹
出村后往东南行去，途中向一位女子问路，在她的引领下两人当晚在丹灵霖府借宿。在大厅见到忧容戚戚的主母金夫人，得知她丈夫与威虎山志空道长一同修行，志空为了一本《魔羽心法》而将金先生暗杀，儿子金犁也被志空所掳，日夜受地火焚身之苦。花木兰听了义愤填膺，自告奋勇前去威虎山找志空报仇。
此时府宅已被威虎山的人马包围，这里的战斗很简单，用芝华的弓箭远程引他们过来杀掉，打完院子里的银甲尊神，出门再打头目金甲尊神，没想到这家伙银样蜡枪头，几招过后便大声告饶，这时老气横秋的志空道长现身，趾高气扬地向金夫人索要某种重要的东西，花木兰看不过便要动手打起来，师父铁冠真人现身喝止，并斥责志空的蛮横行径，劝他释放金犁，志空仍然咄咄逼人地索要东西，铁冠便传授木兰“碧风回雪舞”，让她和芝华去对付志空老道。凭借新学的技能终于打败了志空，志空自知缘空道浅，当下万念俱灰打算随铁冠一起修行。铁冠和志空离开后，木兰受金夫人之托前往威虎山解救受困的金犁，在前往威虎山前建议先回花家村采买一些材料合成火药。
来到志空洞府外遇到要为主人复仇的金甲尊神，这里零散的喽罗可用芝华的“回首惊鸿”远程射杀，木兰四处拾取钱财和药物，敌人密集的地方跑过去扔两颗炸药轰杀。杀到洞府里面打败金甲尊神，这家伙终于服输，说金犁已中了蛮疆的七色莲之毒。上阶梯找到金犁后，两人接下来要想办法解除他身上的奇毒。
回到花家村找到那名江湖郎中，从他手里得到七色莲的解药(须完成药铲事件)，再回到志空洞府将解药给金犁服下，金犁终于慢慢地苏醒过来。金夫人赶来道谢，将一副翡翠手镯送给木兰。
[没有完成之前的药铲事件的话，两人对金犁的毒伤束手无策，最后金犁毒发身亡。金夫人见儿子惨死也悲恸万分，当下气绝身亡。两人将金氏母子安葬之后，看天色不早便继续上路投军。]
在志空洞府里找到两个宝箱，分别拿到地雷和10000钱。回到花家村外往南走往阴山军营，在吊桥前将军牌交给卫兵，稍后便往城里的元帅大帐报道。见到刘孙仪元帅道明父亲重病缠身的事情，将军得知木兰代父从军很是感动，安排她到将军府做伙头军。
第三章 阴山营众志御侮 黑水渡双女擒贼
两人在帐篷里安顿下来，木兰觉得管家马元奎有些诡异。离开帐篷到伙房报道，一名卫兵让朱芝华去后院搬柴禾，而花木兰则前往花园后的菜园摘菜。来到后花园的凉亭处遇到刘承仪的女儿刘芊芊，她将木兰当成柔然国派来的奸细，挥动皮鞭打了过来，木兰见她刁蛮任性便出手将她打倒在地，恰逢刘将军路过这里说明木兰的身份，让两人好生相处。
回到伙房看到刘芊芊被人捆住，解开她的束缚才知是马元奎干的，他是柔然国的奸细，已将北魏军的作战计划书送给柔然的权臣葛达勒塔。两人立即来到后花园的元帅书房，将马元奎通敌的事告知刘承仪，两人奉命前去黑水渡阻击马元奎。在离开军营前先找黄老板给芊芊买一身装备，并补充一下药剂和材料。
出城由西南赶往黑水渡，在山道上遇到落草为寇的焦文、焦武兄弟，木兰和芊芊见前后道路被堵，只好背水一战。将两兄弟打败后，白胡子老头焦周现身，他察觉木兰的招式有些眼熟，相问之下才知是铁冠的弟子，原来焦家是刘承仪的旧部，焦周也正是铁冠的同门师弟。焦周得知正是刘元帅招兵买马用人之际，便决定让焦氏兄弟从军捐躯。
两人继续前行杀掉一群强盗，来到修来茶社打听消息，得知茶社正是马元奎之母所开，如今马元奎已往山上采药去了。与马母攀谈之后，马母道出亡夫曾留下一本《紫书丹经》，吩咐交给叫木兰的有缘人。当她得知木兰正是丈夫要找的人，便将《紫书丹经》交给了她，书中写着“木兰西去东来”几个字，从书经学会招式“碧落疾风扫叶”。就在这时马元奎返回，两人见状奋身缉拿。来到屋外杀掉一群黑衣强盗，打败马元奎后刘芊芊将他的所做所为告知马母，马母得知儿子是叛国之贼，伤心中决定大义灭亲，将儿子交给两人带回军营发落。
元帅将战绩上报朝廷，皇上颁旨将木兰擢升为昭武将军，世袭爵位。木兰在帅帐见过刘元帅后，前往后花园见刘夫人，夫人打算将掌上明珠芊芊许配给木兰，木兰闻言面显难色，托辞离开。回到帅帐找元帅谈话，这时皇上驾到慰问三军将士，在帅帐中商量如何平定柔然之乱，花木兰献上三策：与北夷部落结为盟邦，互为唇齿；招贤纳士，招兵买马；安抚般悦、乌孙等部落，待机进攻柔然。皇上闻之大悦，命木兰和芝华前往般悦诸邦缔结盟约。
第四章 寻神医冷箭夺魄 解奇症般悦缔约
回到帐篷找芝华谈话，两人出城南行来到般悦国界，进入般悦城在街道上再次遇到马可波罗，得知他要寻找《印刷术》。来到王宫门前受到守卫的拦阻，这时有两种选择。
选择1：“不管了，杀进去。”消灭门口的卫兵后见到般悦可汗，花木兰将要结盟的来意禀告，可汗三思后仍不肯结盟，北魏与般悦两国的关系破裂，两人只好往其它部落继续游说。
选择二：“再想想别的办法。”劝降结盟不好用武力冲突，两人只好另寻它法。在城里分别找老翁和小孩谈话，得知公主得了一种失心疯的怪病，群医束手无策，令大汗心情不畅，看来这是接近大汗的一个契机，两人于是在城中寻访神医。来到酒楼听食客说城里的神医是一位小姑娘，日前已往城外采药去了。来到城外看到两名身着北魏军服的官兵正要捉拿神医，两人上前将官兵打败查问情由，谁知官兵守口如瓶，两人看其情状可怜放其逃生。上前与女神医谈话，神医说明治疗失心疯的秘方药剂存放在家中，这时一名神秘军人在树丛中放冷箭将神医射杀。回到城外找商贩谈话，这时茶楼的门可进去了，在里面找到一名逃难的落魄书生，从他手上拿到一本《印刷术》，回到城中将它交给马可波罗，可选择奖品：10000钱或高级炸药合成秘方。
在城西南找到神医的家，从宝箱里拿到一颗清心丹，回到王宫前找守卫通报。进入王宫大厅见到可汗，花木兰一番滔滔雄辩使可汗回心转意顺降北魏，花木兰再将药奉上将公主的病情控制好转，可汗更是大悦，发誓终生臣服北魏。在离开前到装备店买一套新防具，然后到道具店采买材料合成炸药，由北方城门出去前往兰密格儿沙漠。
第五章 游鲜卑倩影香踪 救公主迷情乱意
在沙漠中遇到拦路抢劫的上官黎，木兰见他骁勇善战是个人才，劝他投靠朝廷抵御外侮，上官黎心中不服指挥手下攻了过来。木兰将上官黎打败后看他仍不服气，便将之放掉。往沙漠深处继续走，在途中再次遇到埋伏的上官黎，再次打败他并劝其为国家建功立业，上官黎终于愿意归顺朝廷，前往阴山兵营投奔刘元帅。
穿过沙漠在北方来到鲜卑国界，鲜卑原是北魏的皇族，由于厌恶皇室间的勾心斗角而避居塞外。在路上遇到鲜卑公主拓跋珍妮，花木兰道明来意，在珍妮公主的带领下去见鲜卑可汗。两人暂时被安排在帐篷中休息，这时木兰流露出思乡思亲之情，芝华在一旁温言劝慰，希盼早日结束边疆战事，荣归故里。
离开帐篷前往可汗的房间，拓跋智见北魏使者来访很是高兴，一番阔论之后木兰劝他屏弃前嫌，一起捍卫北魏江山。拓跋智未置予否，只表达出对木兰的欣赏之意。两人回到帐篷商量对策，然后再次来到可汗房间打探情况，不想拓跋智说出要将珍妮许配给木兰的意愿，拓跋珍妮也情意殷切地表露情怀，令木兰心慌意乱不知所措，只好佯称考虑几日。回到帐篷得知珍妮被人使用迷香掳走的消息，从拓跋智口中获悉鲜卑与相邻的车师国曾有宿怨，车师的酋长康利赫不但是骁勇善战，而且是海内知名的武学宗师，他种植了大量的奇花异草炼制灵丹妙药，用以挟持部落或邻国德高望重的名人，想必这次他是为了报仇而来。
木兰和芝华前往车师国营救公主，由山寨的西北角来到登山崖，在山道上杀掉一群喽罗，打败康利赫后劝其归降北魏，康利赫念在不杀之恩愿意归顺。救出公主后回到鲜卑国，木兰换上女装参见可汗和公主，可汗听了木兰替父从军的故事很是感动，答应与北魏缔结盟约。拓跋珍妮见事已至此，打算出家为尼，青灯古佛终了一生。
第六章 闯奇阵舍身罹难 赴冰山冒死求医
由鲜卑国山寨往东北走来到百草岭，这里湿气瘴雾浓重，山路崎岖蜿蜒。两人在山道上看到一条大虫在袭击旅人，将百虫母精杀掉后与库木勒格谈话，答应稍后拜见他的师父空空大师。与旁边的拓跋族人莫耶朗吉对话，得知他是被道人收留的孤儿，因避战乱而孤居山中，木兰见他对附近地形很是熟悉，便请他作为此地的向导。莫耶朗吉慨然应允，但要处理一下私事才能追随左右。两人沿山路继续前行，不远处便是一处寺庙，在大殿见到空空大师，论师承辈份来讲他是木兰的师祖，空空在讲了一番玄理后，将一本《火术秘笈》送给了木兰。
离开寺庙由百草岭往东来到一片沼泽地，在这片迷宫中不时会有恐怖的邪灵花冒出来，一步一步地将它们清理掉，绕到迷宫的出口找到商人，在老板那里采买一些药草补给吧。往前进入柔然国大将牙里郎设下的八卦阵，两人正在踌躇之际看到莫耶朗吉从后面追来，自称曾跟花山老祖学法多年，对此阵的玄机洞察深切，劝两人不要贸然行动，朱芝华未加听信，只身离队去闯阵，不料踏入阵中顷刻之间便血溅身亡。
八卦阵比较复杂，每处阵点都有四根柱子，利用柱子可传送到迷宫各处，这里最简捷的走法是：下、右、下、左。破阵后与牙里郎展开决斗，打败他后得知西方的一天山住有冰童老人，若能求得起死回生药，则朱芝华的性命或可一救。求药须有一件重要的道具，它就是当初从金夫人手中得到的翡翠玉镯。从牙里郎口中还得知刘元帅被叛徒出卖一事，如今元帅被关押在柔然的地牢之内。
花木兰让莫耶朗吉看守朱芝华的尸身，自己一人前往天山求药。回到沼泽地往西北方走找到往天山的路。在天山杀掉沿途的怪物，在地图的中央找到一座天心洞，杀到洞穴尽头找冰童老人谈话，将身上的翡翠玉镯交给他，老人用三成功力来考验木兰，打败他后拿到起死回生丹，再次交谈拿到一本《冰术密笈》。
拿到灵药后火速返回八卦阵前，将灵药给芝华服下后，他的身体果然缓缓转暖，不久身体奇迹般地恢复如初，莫耶朗吉见两人已躲过大劫，不远处便是柔然国境，当下拱手拜别，木兰和芝华两人继续前往柔然国。
如果之前在花家村没有完成郎中的药铲事件，也没有救活金犁，此时的灵药并不能救活芝华，木兰见灵药失效无力回天，心中悲恸不已，便和莫耶朗吉将芝华的尸体好生安葬。莫耶朗吉见她如此伤心，便决定陪她一起前往柔然国(后面的任务都是由木兰与莫耶朗吉一起完成)。
第七章 冰火重天救主帅 辉煌华宫伏枭雄
来到柔然城里与书生交谈，得知城外有密道通往柔然国的地牢，密道里的烈火要用冰童老人所著《冰术秘笈》炼制的冰才能熄灭。到城外找到一名药贩，将身上的《冰火秘笈》送给他，然后从他身上可买到一些冰块，在城外还有一名丫鬟自称将少爷的清风玉佩弄丢了。在城外往东南走进入地牢外的迷宫，清除上层环形通道上的柔然枪兵和弓兵，绕到地图的中部找到地牢的入口。进入第一层地牢(火)遇到阻路的烈火用冰块灭掉，在迷宫的上方找到出口到二层地牢(水)，走到迷宫的中央平台遇到守将天詹脊，打败他拾到清风玉佩，然后到上层找到受困的刘元帅。花木兰和元帅商讨退敌之策，木兰认为擒贼要先擒王，打算趁柔然大举出兵之际，趁城内空虚杀入王宫擒拿葛达勒塔，刘元帅连声称好，他连忙赶回军营安排部署兵力防御，木兰和芝华留在城中行动。在地牢(火)找到一座坏掉的桥梁，回到城中找樵夫谈话，给他100钱后再回到地牢通过那道桥梁，在末端的宝箱拿到一套加强装备——加强力之甲、加强禹之盔、加强法嗣靴等，它们对之后的王宫战斗很重要。回到柔然城找马可波罗谈话，他这回要找的是《指南术》。回到城外将清风玉佩交给丫鬟得到《指南术》，将书送给马可波罗获得10000钱，还会得到有关地牢里终极装备的消息。
进入皇宫，只见玉阶曲廊富丽堂皇，前两层迷宫的出口都在西北方，在第三层入口向道具商人买点补给，沿逆时针绕到西北角的大殿找到葛达勒塔，谈话后这家伙又逃走了。按原路返回到东北角房间可找到他，杀掉四名红衣护卫头目后再次打败他，这家伙再次溜走。这时从迷宫的西南方向绕过去，在房间第三次找到葛达勒塔，打败他后再往第一次遇到他的大殿走，在大殿第四次打败他，葛达勒塔终于下跪求饶，并献上降书顺表，甘愿对北魏俯首为臣永不相犯。
大结局：戎马倥偬归故里 鬓容妩媚还红妆
西征12载，柔然之乱终于平定，班师回朝之后皇上论功行赏，刘承仪被封三军元帅，花木兰官封兵部尚书郎。木兰不愿为官，恳请皇上恩准回乡探亲，刘承仪将军也和木兰一起回到花家村看望花弧夫妇。
结局一：木兰回到家中换上女儿装，刘元帅见了大为吃惊，12载征战沙场，竟不知这位少年将军是女儿之身，心中感佩之极。又念芝华追随木兰东征西讨，便替芝华向花家提亲，于是两人在刘元帅的主持下完婚，有情人终成眷属，木兰从军的故事被传为千古佳话。
结局二：如没有完成郎中药铲事件，没有救活金犁，后期在八卦阵中朱芝华会阵亡。在荣归故里之后，花木兰和莫耶朗吉在刘元帅的撮合下成亲，两人在田园过着富足美满的生活。