序幕
实验室呢，一位博士邀请了不少的名人来参观他的新试验。他正是着一篇章的反派角色章鱼博士。钢铁触角在他的背后舞动着，并在机器上开始了试验。显然，试验并不成功，实验室发生了大爆炸，当蜘蛛侠冲入实验室时，为时已晚……
Chapter 1：Tutorial
蜘蛛侠在大街上开始了他惩恶锄奸的义举。不过要行侠仗义得先有足够的本事。第一次接触此游戏的玩家现在开始进入训练阶段。
训练分三部分，第一部分是学习如何利用天空中的蜘蛛网在城市上空跳跃，这个动作和电影里的一模一样，不过别看电影里人家用起来得心应手，但是在游戏里你可得握好你的鼠标，看准了下一个蜘蛛网的位置就可以跳了，不过由于是在空中不停地晃动，所以要联系跳的话难度比较大，有一个圈可以作为示范。
第二部分是爬点。就是学会在墙壁上的爬行，这里只需要你爬到指定的点就行了。一般跑过去爬上墙壁就行，不过建议这里学会如果使用蛛丝来快速爬墙，因为蛛丝是可以粘在墙壁上让蜘蛛侠直接飞上墙壁而节省大量的时间，不过蛛丝的喷射距离是有限的，是必须有一定的角度和距离才能成功，而蛛丝还有另一个妙用，就是在对敌时可以将蛛丝喷到敌人脸上而封住敌人的动作，当然，此招仅在对普通人类时有效。
第三部分是综合能力考察，不仅需要考察蛛丝的使用能力，还需要考察对突然发生的掉落物的躲避能力。根据游戏的按键提示做就行，而此后的各类剧情中将会频繁地出现这类情况，考的是你的反应能力，稍微慢了的话就会被击中。
Chapter 2：Prison Escape
训练结束之后开始正式的剧情。蜘蛛侠站在大街上，一群劫匪从一辆货车上跳了下来，冲上去解决两个劫匪后，其它的劫匪就会跳上车逃走。沿着箭头指的方向追过去，中途有一个地方被撞在一起的货车把路堵住了，这个位置需要从旁边的墙壁爬上去，然后从屋顶上跑过去跳下才能通过。
劫匪们进了一所研究大楼，他们在外围启动了一层电网。冲进去爬上外墙干掉上层的敌人。过一阵还户有一批敌人出现，并且分散在四周，要善于利用蛛丝在两个墙壁之间跳跃攻击。干掉全部的普通人类后，一面墙壁传来了动静，一个怪物从中冲了出来，根据电脑的提示先左闪然后跳起才能躲开他的进攻。
这是游戏的第一个BOSS，游戏里的BOSS每一个攻击时都会出现画面提示如何攻击。这个去全身铁甲的BOSS第一次攻击他会使用震荡波，连续跳起就能躲开，而使用一次震荡波他自己也会被震晕，就趁这几秒时间上去攻击。打下他1/4的血后他就会逃走。
这时警察已经在外围布下了天罗地网，并且制造了一个电磁场将铁甲关在了里面。蜘蛛侠冲上去，从墙壁上跳入圈内，这次的攻击是让铁甲先跳起，撞在电磁场上晕厥，然后再攻击。反复几次，当他只剩最后一点血时，铁甲就会冲破电磁场，结果自己去撞在电杆上，被倒下的电杆引起的爆炸炸晕过去。这时，章鱼博士出现，将它救走了。
电杆的倒塌引起了火灾，火场的旁边有几个地下水喷头，用蛛丝将其拉开就能让水喷出解决掉把火扑灭，这时几个参与的匪徒出现了，将他们一网打尽后，立刻现场结束任务。
Chapter 3：Bank Robbery
银行前彼得（非蜘蛛侠状态）与老太婆说完话，老太婆进银行去了，彼得进了男厕所，但是银行的大门被一辆卡车撞开了，一群劫匪跳下来开始抢劫银行，为首的正是章鱼博士。
彼得从厕所变成蜘蛛侠出现在银行，然后根据提示开始清理敌人。先解决靠近的敌人，然后到尽头将保安救下，随后上二层将那里的敌人解决掉，这时再回到一层，顺着箭头所指的方向，将房间一个个地打开，然后将各道门的开关和电梯的电接上，从电梯下到地下一层，章鱼博士正在那里抢劫金库。
先将看守室的保安救下，随后到金库解决掉小兵，就能看到正在地下抢黄金的章鱼博士。要攻击它，之前得先把它面前的密码锁解开。这个其实就是一个简单的看点重复锁，按照亮点的顺序按过就能让红色的能源棒充满，到最后两个时不再需要按下去，而是需要把所有的灯激活，然后按下中央的黄色按钮就能打开。
锁开始立刻跳，避开章鱼博士的攻击。打章鱼博士很简单，躲开他的攻击然后跳到他身边一阵猛攻，中途他会打开电闸制造强力磁场，立刻使用蛛丝把电闸关掉就能使攻击无效。快将其打死的时候，章鱼博士打开了天窗的通风口，逃离而去，但是在银行里的老婆婆却被带走了。蜘蛛侠追了上去，这里需要用蛛丝将货车的轮胎给全部粘住，这样货车就会被迫停下来。沿着街道去追，追上后那些劫匪们冲下来试图反抗，一阵爆打救下老婆婆后，返回西城区任务结束。
Chapter 4：Puma Pounces
彼得和女友走在大街上，但是女友的车却被几个强盗给偷了，是在美人面前一现身手的时候了。
这一关是一场很彻底的追击战，能够追上敌人就完全看你是否已经理解了游戏的玩法了。从大楼上跳下开始追被盗的汽车，一直追到一个仓库前，仓库门关上后，出来一个猴子一样的人，他留下了一堆打手然后自己跑掉了，解决掉这些打手，追上去时发现那猴子脸上了电梯跑掉了。从楼梯追上去，一直追到顶层猴子脸待的地方。攻击他的方法是低身躲开他的攻击，然后站起来打。
打了一阵他开始逃跑。这一关最有难度的地方就在这一次追击战中。在大楼之间穿梭找猴子脸的位置，不要搞错了方向，而且注意在各大楼上下的楼层之间的位置距离。一直追到一个有很大的电子广告牌下的位置，一阵战斗之后那家伙又跳上去将铭牌砸了下来，躲开后又追到公园里，他会拿起四周的垃圾筒来攻击。等他砸完后继续追，最后追到了一处工地。
进入工地在建筑架之间上爬，这里要小心那家伙扔出的飞砖。在顶层将他封在一个围栏里，一阵恶斗后终于将其解决了，在他要逃走的时候，蜘蛛侠用蛛丝将他掉在了半空中。而同时，被彼得留下的女友却被章鱼博士带走了，只有她的手机掉在地上，无人接听。
Chapter 5：Oscorp Assault
刚返回女友临别的地点，不远处就发生了大爆炸，过去解决掉爆炸地点门口的几个喽罗，进入大厅看到了章鱼博士，他走进去然后就不见了。
从电梯里出去，救下一个博士，才知道这座大楼被安装上了8个炸弹，需要一一地拆除才行。炸弹在不同的楼层之间，是一种圆锥型的物体，可以拉动，然后按照灯亮的顺序拆除炸弹即可。炸弹全部在二楼和三楼，前两个炸弹比较好找。
第一个炸弹在一个拐角尽头的房间里，门外有方形的蓝色光线封住，进去后拆除炸弹，随后将房间中间的控制器打开，干掉屋顶上的攻击装置，打破玻璃出去，随后转入第二个炸弹的房间，这个房间内的炸弹拆除后立刻打破玻璃冲出去以躲开盆喷出的毒气。解决掉这两枚炸弹，再将这一层的工作人员都解救后，就可以前往第三层了。
第三层一上去就有一个电磁场的难点，炸弹放在电磁场下面，跳下去只有一块平台可以站立，由于是3D环境下，不好操作，很容易会碰到电磁场，所以掉下去的时候要立刻调整位置，拆除后立刻连续空翻跳上前方的台子，然后沿着机器的边缘移动到靠近入口处下的空挡里，回身，电磁场上方有两个地方可以抓爬，跳上离平台比较近的一个，然后跳到架子上返回3层。
剩下的5个炸弹都在3层，根据提示四处找找，很容易就能够找到。当全部的炸弹都拆除后，通向4层的通道就会打开，解决掉敌人从电梯出去，章鱼博士正在带走某一样东西，追进去时章鱼博士已经离开了，而那个铁甲人又冲了进来，这次对付他要棘手一点，不能攻击他，把他冲过来的位置引到房间里几个大机器边，让他去撞上这个就能击败他。
6个柱子全部撞坏掉之后，蜘蛛侠赶到下一个房间，但是那铁甲还没死，又追了上来。这时一边躲避他的冲撞，一边将屋顶上的四个氦气管打爆，这样就能将他完全冻结起来，不过你一定要在打爆全部的氦气管5秒后跑出房间，否则……离开房间，从控制室的电梯继续追章鱼博士而去。
Mission 6：Mysterio's Calamity
电梯打开，一片奇景出现在眼前，城市上空悬浮着一块块的浮石，就好像空中楼阁一般。
三个敌人很快出现了，轻松解决掉三个机械怪，然后将面对浮空的城市，实现这一情况的看来就是浮石上的那几台机器，得冲上去将他们全部打烂才能让城市恢复原状，需要合理地利用周围的大楼和空中浮石边的蜘蛛网才能办到。这里最大的难度在于找前往放置了机器的浮石的路，使用蜘蛛网在空中荡的同时落下很容易看错落点位置而掉入深渊，这样就又得重新来过。
在空中的时候视角尽量放低，这样才能看准落点位置，而且你必须估算好荡的速度带来的惯性会将你抛出去多远才能落在正确的位置。这里有一点小诀窍，如果你解决掉一个之后觉得荡回去麻烦，就直接跳下去，这样有会让你在新的位置开始，而之前解决掉的机器也不需要你再去打了。
产生器解决之后，返回有汽车的位置，随后会看到通向中央之岛的路被打开了，不过那些路仍然是由浮石构成的，所以需要跳过去，其中一段需要做两次连续跳跃才能到达对面。随后就是第二座空中城市，这里的城市和之前的差不多，也是要破坏点产生器，按照之前的线路打，并没有什么难度。
只是最后一个产生器有两个自动防御器守护，硬闯的话很吃亏，所以最好跳上旁边的楼顶，然后将上面的石头扔下去，如果扔得准，扔在两个防御器中间的话，那么就能让两个防御装置就这么给瘫痪掉了。然后就可以大摇大摆地绕过去防御器破坏掉产生器。返回入口处，既可离开。
Mission 7： Enter Mysterio
进入了Mysterio，这里有一个BOSS正在等着你的到来。攻击他的方式只有趁他扔下的石头的时候，迅速爬上高楼，这样就会有一部分的石头扔到高楼一般的台阶上，举起石头扔过去才能砸到他。两回合后这家伙见不敌，就会逃跑，走另外一般移动的石头，到大石像对面的小岛，用蜘蛛丝钩倒石像，踩着石像走过去，然后在漂浮的小岛中间穿梭。不用太刻意走固定的路线，因为小岛都是可以利用蜘蛛丝直接射过去的。再将另外一个石像钩倒，就可以来到另外一面。
在这里的关键还是要上到高台上才能将石头扔到攻击中BOSS，这里首先要下去吸引他扔石头，然后迅速从左边上墙，然后在第二个平台上左右移动，等他扔完再下来拿起石头攻击他。两回合后他就会逃走。来到另一边，用同样的办法，但是这次要等石头扔到广告牌上，先吸引，然后用蜘蛛丝直接跳到广告牌的侧面不断移动等待，等石头落到广告牌上，拿起石头扔他即可。只要一次他就会逃跑，一直跟着他，这个时候只要躲避他的攻击就行。
当他逃到飞船时，最后一场战斗旧开始了。战斗分为三个部分。首先要打坏飞船上的导弹发射器，建议在对面的楼上攻击，而且这里有三个补血点可以恢复不少的血，利用建筑物的优势消灭掉导弹发射器，就可以跳到对面的楼上，利用后面的石头爬上宇宙飞船，打碎防护罩后就可以攻击到BOSS。打几下后赶紧跑回对面的大楼，如此重复三个回合后就可以赢得胜利。一阵晕绚后蜘蛛侠被传送回真实世界。
Mission 8：Runaway Train
这时蜘蛛侠来到了一处大厅内。解决掉这里的敌人，向前来到地铁大车，在这里又看到了正要逃走的章鱼博士。赶紧放出蛛丝跳上火车，把章鱼博士给拦了下来。这一场战斗非常考验你的操作技巧了。面对面的战斗对蜘蛛侠没啥好处，躲避章鱼博士扔出来的东西，可以直接用蛛丝将其弹开，反复多次后，章鱼博士会将列车折断逃走。这时迅速地射出蛛丝将前方高速行驶的列车抓住，赶上章鱼博士和其继续较量，连续命中它三个回合之后，章鱼博士再度逃走。
沿着箭头的指示继续追击章鱼博士，通过广场之后要小心上空的高塔会不断地攻击。跳上仓库的顶部，解决掉这里的敌人，然后将墙壁上的机关破坏掉，按动开关打开仓库的门。顺着墙壁下去，进入仓库，从铁丝网的右边过去，解决掉里面的敌人后按动电扭，就可以进入地下隧道。
沿着隧道一直向前，会看到前方的隧道还非常长，记得隧道里的水中有电，碰不得，否则会损血，隧道里还有一些攻击装置，解决掉后一直冲到隧道的尽头，将电闸拉下，让水里的电断掉就能离开隧道。
Mission 9：Inside the tunnel
蜘蛛侠一路追上去，终于追到了章鱼博士的据点大楼。但是这家伙留下了几个看上去非常强壮的敌人挡在了蜘蛛侠的前面。解决之后继续追上去，打破玻璃跳出去，外面到处都是布满了电网的房间。跳下去，爬上竹子，按空格键看对面，将蜘蛛丝射过去到对面，对面的柱子有类似楼梯的螺旋型出口，只要绕着柱子爬一圈就能看到向上的出口。
一直爬到顶端，就可以从左边的缺口过到屏障的对面，然后再爬到有管道的地方。这个时候可以回到有一个控制台的地方，拉动控制台，使那个机器掉下去然后砸坏电网发生器，然后再跳下去，将蜘蛛丝射射到管道的旁边然后爬上去。
进入管道内要打破墙壁才能前进，要走到没有铁门那侧的房间然后打破墙壁才能到对面。一直走到尽头，在一个房间内向上跳。来到第二层，棘手的敌人全部云集于此了。他们会发冲击波，所以得小心地躲避才能对付。跳到走廊的一侧，拉开五名敌人的距离，然后拿蜘蛛丝缠住前面的，上前攻击，反复来回几次后就可以获得胜利。
打倒敌人后，章鱼博士的机器突然出现不稳定的情况，整个大楼都在颤抖，剩下的敌人也都逃跑了。
来到走廊尽头的房间，向上跳，然后跃过箱子打破墙壁就能看到被抓的女友，把她救下来，现在和章鱼博士的最后一战就开始了。章鱼博士会一直扔铁桶攻击，扔铁桶的频率十分快。但是他扔一段时间后会停一下来一小会，于是在他扔的时候要躲在有升降机的柱子后面，慢慢的爬上去，然后在柱子后面上下移动，这样就不会被铁桶砸到。
等他要扔完的时候爬到柱子顶端，然后攻击章鱼博士所在平台的四个角，这个角是可以重复攻击的，也就是说玩家只要找一个合适的角度可以重复在这里攻击。当角落被打破，机器会发出巨大能量将章鱼博士打晕。这样跳上平台就可以直接攻击到他。反复如此攻击，胜利就在眼前。
击败了章鱼博士，他启动了那台不稳定的机器。瞬时间，整个大楼都被炸成平地，但是此时的蜘蛛侠已经带着女友逃离了那巨大的爆炸现场……