长话短说，细节之后补充。
个人支持接近beam被激光扫到之后都是indoctrination的过程, 证据如下：
1.除了SHEPARD 之外，没有人见过小男孩。第一次出现时ANDERSON完全无视小男孩让SHEPARD继续前进，注意听这时REAPER发出了哀嚎，在ME的小说的第三本里提到过，这种哀嚎是INDOCTRINATION中断的标志之一。而当小男孩上运兵船时，没人甚至拉他一下。大家都没有看到他。
2.结局选项里有一项就是synthesis（融合），游戏对Saren的描述有一句：“It made Saren believe synthesis would save the galaxy。” 耳熟么？
3.当你选择control或者synthesis的时候，注意SHEPARD的眼睛会变成蓝色，这和SAREN以及ILLUSIVE MAN一样。这时INDOCTRINATION完成的标志之一。
以下是幻觉的证据：
4.SHEPARD被激光击中后，昏迷中听到了联邦要求大家撤退的声音，但是他醒来之后，前方基本已没敌人，发射红色激光的母舰HARBINGER已经不在了。为什么在这种安全的情况联邦不前进反而撤退，这里只能解释为所谓的“醒来”是SHEPARD自己的幻觉。
5.SHERPARD醒来之后周围出现了一些灌木和树木，注意这些植物在冲锋的时候是没有的。但你觉得眼熟？没错，因为他们都出现过在SHEPARD的梦境中。
6.在SHERPARD被白光吸上去后，所有的场景都是由收割者飞船，DARK BROKER飞船以及一代最终场景排列组合而成的。这时HARBINGER利用SHERPARD的记忆创建的空间。（参见电影《生死停留》），而电影《盗梦空间》里也提出过类似的理论。
以下是进入操控台之后的分析：
1.ANDERSON代表的是SHEPARD的自我意识，ILUSSIVE MAN代表的是SHEPARD已经被INDOCTRINATE的那部分意识。这两人此时不存在，只是意识的形象化而已。可以说此时在INDOCTRINATION的作用下，SHEPARD是处于一种人格分裂的状态。
2.满脸是血的SHEPARD举着枪跟自己的意识对话，像极了《搏击俱乐部》的最后一幕。
3.SHEPARD朝ANDERSON开了枪，ANDERSON用左手去捂伤口。后来我们却看到，沾满鲜血的是SHEPARD自己的左手。这像极了《黑天鹅》刺腹的那一幕，以为刺死了对方，却发现受伤的是自己。
4.（可选）如果SHEPARD让ILUSSIVE MAN杀死了ANDERSON代表了被征服的意识战胜了本源意识，结局是SHEPARD死亡，人类毁灭。
5.ILUSSIVE MAN极力否认自己被控制，并且开枪自杀（可选），这两点和SAREN简直是一模一样。而不管是他自杀还是被SHEPARD杀死，接下来便是小男孩的出现，这便是计中计的开始。
6.ILUSSIVE MAN要SHEPARD去“控制”，小男孩让SHEPARD去“融合”，说法不同，本质都是让SHEPARD放弃自己的本意（即ANDERSON说的去“摧毁”），这两种说法是连环套，计中计，指望让SHEPARD（或者更应该让说玩家）中计上套，去相信不摧毁才是正确的。发现了么？这个游戏的有趣之处在于，他不是让SHAPERD面对这个问题，它把你拉入了游戏，现在是你跟机器的斗智，去思考去判断。什么叫角色扮演？！
7.我们看出INDOCTRINATION不是改变你的意志，而是骗取你的信任。你最终被控制，是因为你发自内心的相信那个骗局。在蓝色和绿色的结局里，那些结果不是真正的结果，是你被中计被欺骗后“相信”的结果。这样的结果被相信，表明了INDOCTRINATION的彻底完成。而SHEPARD本人，因此或者死亡了，或者变成了SAREN一样的傀儡，不得而知。
8 只有打破迷局选择了“摧毁”，才会在结局中看到SHEPARD在砂砾中的肩膀突然一醒，而结局在结尾字幕后出现了观星者父子的对话，而最后一段是：“Can you tell me more about Shepard?" "Its getting late, but ok, one more story." 请注意这句话，结合ME官网与玩家的对话，玩家问有没有HAPPY ENDING. 官网答：“Theres no happy ending, because its not ended!" 为什么its not ended呢？ 因为one more story。one more story在哪里呢？也说了, "its getting late" (DLC).无数线索表明，砂砾中醒来的SHEPARD只是在昏迷中战胜了INDOCTRINATION,真正的决战，亦即摧毁REAPER的过程，在醒来后开始。
关于观星者，我比较相信最终SHEPARD 不管成功与否，人类是否毁灭。诺曼底的逃脱是绝对的事实。而观星者我相信是诺曼底上的成员。所在的星球即是当时坠毁的星球。
让我们期待本来就在计划之中的EXTEND CUT吧。BIOWARE你赢了。。。。
PS:其实我最后也犹豫了，但最终选择了红色结局，不是因为我想通了，而是因为......玩了快五年了，一直被REAPER折磨，一直想杀之而后快，我特么才不管人类幸不幸福，我特么才不管下一次会不会又轮回，我特么先弄死你再说。。。。。