相传在神州大地上有着神话时代便流传下来的十样上古神器[钟、剑、斧、壶、塔、琴、鼎、印、镜、石],他们各自拥有不同的绝世力量，但关于它们的下落都已湮灭于神州漫长之历史中，俨然成迷。公元七世纪，北朝隋帝国消灭了南朝陈国，结束了中原南北朝长期分裂的局面。陈国遗民悲痛祖国灭亡，在江南集结大军，意图一举复国。隋朝出兵平乱，为首一位年仅十二岁之少年，以十神器之一的轩辕剑，在一击之间便将陈国的反抗大军消灭殆尽。
十六年后，随着一颗划过天际、象征乱世之兆的神秘妖星“赤贯”的出现。尚未弱冠的陈靖仇踏上了他寻找上古神器、对抗隋朝的孤独旅程。我们的故事就从这里开始了，时间是《轩辕剑3》的一百三十三年前。。。
一日，陈国后裔陈靖仇及其师父一同来到伏魔山上为寻找上古神器之一的昆仑镜，在山洞找到古镜之后，靖仇向师父问起父亲之事，于是师父向靖仇缓缓道来。原来十六年前，靖仇的师父和父亲在江南召集陈国的旧臣，意图复兴陈国。当时的隋文帝便派遣了曾经灭陈国的杨素前来迎战，而令人惊讶的是杨素却只带了区区的二十骑前来，那一仗由于一个拥有“阴阳妖瞳”的杨拓，而使得陈国大军一败涂地。也正是靖仇的师父为何要苦练鬼谷道术的原因了。师父还告诉靖仇，现在杨素已死，可杨拓还活着，并让靖仇好好的修习鬼谷之术，将来复兴陈国的重担就靠靖仇了。说完便让靖仇去拿昆仑古镜，靖仇刚想拿，忽然出现一头魔兽，可怜师父为救靖仇吐出冰丝将自己和魔兽封在洞中。一个时辰后，靖仇醒来后，师父便交待让他去雷夏泽找自己的师兄公山先生前来救自己。回到伏魔山脚下，靖仇决心一定要找到公山先生前来救师父，并唤出师父给的符鬼。前途茫茫，靖仇一人就这样上路了。
往东北走来到月河村。从张老伯口中得知雷夏泽应该往北走，谁知守桥的人告诉靖仇这几天在举行“河神祭”而不让通过，无奈之下，靖仇只能先找家客栈落脚再说。（东面的那幢房子就是客栈）在客栈的门口还有个乞丐。好心的靖仇帮他从井里打了15碗水，乞丐也给了靖仇一点金疮药。在客栈问过贺老板后，靖仇觉得只能在这里住两天了，在上楼时还遇见了天生白发的贺小雪。睡过一晚后，早上起来就听见房客说村里的人在讨论抽签的事，于是靖仇出客栈到了村里。来到大夫的家中一打听，原来月河村每年会选一个女子来献给河神，而这次真好抽中了大夫的女儿，于是靖仇暗暗打算搭救这个女子。回到客栈中，从贺老板口中得知那个白发的贺小雪自愿以自己一命来救大夫的女儿，靖仇听到后非常气愤，打算到祭神那天去阻止。又睡了一晚后，一大早靖仇就出门了，在村南面找到了贺小雪的弟弟小朔，小朔告诉他小雪被关在月河河洞中，于是靖仇向河洞出发了。往南穿过树林通过洞中的迷宫后，在洞的尽头看见村人将小雪推下了河神洞中，靖仇阻止不及，也一同跳了下去。这时一条闪光打来，靖仇仔细一看，原来河神是条蛟精。费尽九牛二虎之力将它打跑之后，和小雪的对话中得知她也有可怜的身世。接着就是找出洞的路了，一直往左走就出洞了。回到月河村时却看到村民都已经死了，原来那个蛟精并没有死，逃出来后在村里进行报复，小朔和贺老伯都已被他害死了。靖仇怒不可竭，冲上去经过一番搏斗，终于将蛟精消灭了。但是愤怒的村民却竭力将靖仇贺小雪赶出了村外，看到小雪孤苦无依，靖仇就决定带小雪一起去找师伯，将来让她也有一个安身之处。于是两人向西北方的雷夏泽走去。
来到雷夏泽后，发现师伯已经伤病在床多时，一时也无能力解救师父。为让师伯的病好起来，靖仇听从了师伯夫人的意见，打算找到神农鼎。但师伯夫人说神鼎可能在法术高强的宇文太师手中，只能先到北方的鲜卑拓拨部落看看。 往北方先到黑山镇，却听得路人说北面有人的抓人办什么会。靖仇他们也走累了，于走到酒楼里想吃点什么，刚坐下，就听得门外有人在大声的嚷嚷。走出去一看，原来是一伙军人为宫中的郡主强抢男童，说什么要将男童血喝后从此养颜不老。路见不平，靖仇刚想出手，却见一个胡人女孩先一步感到。打跑一些小兵后，那个军官忽然变成了邪尸骷髅，打晕了胡人女孩。这时靖仇出手相救，一番打斗之后，终于将骷髅打死。靖仇接着去扶那个女孩，但那女孩却不领情，幸好她的姐夫即时赶来。一阵感谢后，女孩的姐夫在酒店设下酒席款待靖仇。原来此人名叫张烈，是拓拨族人拓拨月儿的丈夫，他还告诉靖仇神农鼎可能已经被朝廷得到。正在吃饭之际，忽然张烈的族人匆匆走来，告诉张烈又发现有隋朝的妖魔军队跟踪他们，靖仇自告奋勇要求帮助张烈他们，于是三人向东面的树林走去。走到树林的深处，便看见一群小孩被绑在那里。经过两次激烈的战斗后，靖仇他们终于救出了孩子。
之后，靖仇跟随张烈来到他们族人的集聚地大雁岭，顺便也探听一下神农鼎下落的蛛丝马迹。但却没有什么收获，此时张烈也派出探子帮助打听神农鼎的下落。六天之后，张烈已经打听到神鼎的下落，原来确实在宇文太师手中，并且他把神鼎藏在北方涿郡的一个碉堡里。由于他偷藏神鼎被皇帝知道了，于是只能将神鼎运往东都，而此行的路线已经被张烈的探子所探到。正说道这里，拓拨月儿突然跑了进来，说玉儿不辞而别去找神鼎了，张烈又气又急，与靖仇一起往运鼎路线赶去。
在卢家渡，靖仇发现所有的船都被韩公公包走运美女了，再和张烈、小雪商量过后，大家都认为玉儿会在船上，于是几人想办法混上船。此时韩公公正好带着征来的美女上船，靖仇灵机一动，打算让自己扮女人让张烈扮军官，正大光明的混上船去。先向小雪问问应该怎么扮女人，小雪告诉他首先要找到胭脂、衣裳和簪子。在左边岸上找到胭脂，在右边的房间里，只要给那个小女孩一双靴子就能得到簪子（皮靴可向左面的卖杂货的人买），在上面左边的房间里，给那个婆婆手镯和铁戒指就能得到衣裳了。好了，东西齐了，靖仇来到客栈和张烈会合。瞒过守船的士兵，到达第二仓内，却没有玉儿的踪影。三人打算再到船底层看看。到达底层后，不料被韩公公发现了，既然发现了，靖仇他们就打算劫船，直接开走。一路往甲板走去，打败守卫后，善良的靖仇又回去把那些女子放了。谁知回到甲板上后，韩公公已带着官兵来了，一场战斗后，从韩公公口中得知神鼎已运往龙舟了。
几天航行后，靖仇他们来到了大梁。从城南的徐老头那里得知神鼎已经被皇上运到龙舟上去了。经过商议后，他们打算先想办法溜到龙舟上再说。于是一行人先来到了码头。可是码头上有官兵守卫，怎么过去呢？靖仇仔细想过后，打算利用官兵转身的瞬间溜过去。骗过守卫后，三人来到龙舟队伍中，可是有好多龙舟啊，靖仇只能慢慢的找。在龙舟上可也是不能被官兵看到的喔。好不容易骗过了守卫，在一间屋子里找到了神农鼎，谁知仔细一看原来是假的。这时正好走来一个太监，经过一番拷问，原来真的神鼎已经被一个手拿宣花大斧，身骑黄骠马的响马抢走了。而太监生怕皇帝责怪，假造了一个鼎。善良的靖仇将太监放了后，他却在门外大喊大叫引来了官兵。靖仇只能另找出路，从房间地下通过后，一路往上走。走到与前一条船相同的地方，地下会有一个迷宫，出口大致在西北方。再从梁柱爬上去，经过七绕八绕的最后到了一块田字形的梁柱边，在右边最中间那根，靖仇发现了一个奇怪的地方，原来这里可以看见龙舟大厅。过了一会儿，又看见月儿装扮的宫女前来刺杀无道昏君杨广。正要成功时，宇文太师赶来阻止了拓拨玉儿，幸好靖仇及时用鬼谷之术施放烟雾而得以逃脱，在众多的追兵下，靖仇几人只能跳水而逃。在另一边，杨广让宇文太师去捉拿靖仇他们，并要他保护好要求同去的宁珂郡主。
在河边的破草屋中，昏迷的靖仇和玉儿相继醒来。靖仇打算继续寻找神鼎，而张烈要回拓拨部落主持大局。而玉儿硬要留下来和靖仇一起去寻找神鼎的下落（好象对靖仇有意思哦！）。
三人向北来到豆子坑，村里左边的村民告诉靖仇确实是魔王岩的混世魔王把神鼎抢到山上去了。在上山前，靖仇他们来到酒店打算先填饱肚子再说。正吃着的时候，外面传来一阵呵斥声。出门一看，原来是一群士兵把运货商人当作土匪，正要抓他们。路见不平，玉儿怎么会答应。一出手便将那个军官打败，而随靖仇一起出来的两个巨汉也将另外的士兵摆平了。彼此寒暄一阵后，原来这两人竟是程咬金和秦叔宝（隋唐演义啊？！我倒！），说完两人就走了。三人怕隋朝大军马上会来，所以向魔王岩赶去。来到魔王岩后，这里有喽罗守着，为了不打草惊蛇，靖仇来到水塘边打算潜水进去，可是玉儿不会游泳，还是小雪聪明，想出了用竹管子的方法，三人正要回村子找竹管子，忽然看见村里的农夫在往寨中送粮，于是决定下山去扮作送粮的混进寨中。回到村中后，正好遇见一群小孩，而且他们手上正好有竹管，但小孩提出玩捉猫猫的游戏，只要靖仇赢了，就把竹管给他。（这还不容易？大多数的小孩都躲在山岩底下）在找他们的时候还找到了宝物灵界指标和蟾涿香袋。再和最左边的村人说话，原来香袋是他掉的，他还答应送靖仇偷偷进魔王岩。
这下进魔王岩有两种办法了。虽然方法不同，但进去之后靖仇都会遇见一个很大的迷宫，里面可以得到青钢剑和暗杀宝录。在迷宫的尽头，靖仇他们遇见了程咬金。原来程咬金就是魔王岩的大王，于是玉儿向程咬金索要神鼎，傻头傻脑的程咬金却不给，快要打起来的时候，喽罗忽然来报官兵来抢神鼎了，傻老程还以为这是靖仇他们的声东击西之计呢。来抢神鼎的就是宇文太师，无奈他法力高强，靖仇只能眼睁睁的看着神鼎被拿走。误会的程咬金竟然还与靖仇他们打了一架，幸好秦叔宝看破这是宇文太师的诡计。靖仇答应程咬金在十五天之内一定找到神鼎回来还一个清白。往下就出了寨子，回到村中。出村向东走到了东莱，已经过了六天了，可是一点消息也没有。再出东莱走到树林那里（泰山上面一点）遇见了受伤的齐二郎，送他回东莱后，从他的娘子打听到有一群士兵驻扎在了泰山，还在泰山上设立了奇怪的祭坛。于是靖仇他们马上赶往泰山。打败山脚下的士兵，三人冲到山顶，但山顶上空无一人。正好这时听到有说话声，三人就偷偷躲了起来。原来是宇文太师手下的杨硕和韩腾，他们竟然杀死了东莱城六万条人命去炼血丹。打败他后，他说出了事情的经过后便咬舌自尽了。靖仇在他的身上找到了一张地图和一封信。从信里得知，宇文太师好象确实没有得到神鼎，无奈之下，靖仇他们只能按照信上所说的再到大梁走一趟。
首先来到渡口，却发现一条船停在那里，十分可疑。靖仇看看时间无多了，也不管了，径直向船上杀去。往里走遇见一个隋军队长，原来他是一条鲤鱼精，打败他后（它会有三个化身，只有真身会受伤，打的时候要注意一点），忽然宁珂郡主走了出来，告诉靖仇她实在不满皇帝生灵涂炭，还说神鼎就在船上最底层，让靖仇他们跟她下去拿。走到楼梯口，玉儿觉得这是一个陷阱，最后决定让靖仇一个人先下去看看再说。靖仇下去后，宁珂见他一人前来，硬是又上去将小雪和玉儿拉了下来。在第二个房间里果然找到了神鼎，靖仇在用炼妖壶收鼎的时候，正好给宁珂看见。回到码头上以后，宁珂另外找了只船走了，临走的时候还送给小雪一根铃铛发簪。在还神鼎以前，靖仇想先把为师伯治病的药炼好，可是一看药方靖仇的头又大了，上面写着各种怪药，也不知道是什么。和玉儿商量以后，打算先到大梁的药铺先看看。
大梁的药店果然有这些药，只是独缺一种鵁肉的药，需要到西北的山洞打这种鸟。在西北的山洞打好鸟后回到船上，炼好治师伯的药后，靖仇就赶去魔王岩。见到程咬金才知道他已经归顺张须陀帐下，为拿神鼎三人与程咬金、秦叔宝再次战斗（当然是友谊赛啦，不过照样会死喔）。打败他们后（真难打）三人带着神鼎准备下山。靖仇打算先回雷夏泽为师伯治病，可玉儿硬要报答上次的救命之恩，要跟靖仇一起去，靖仇答应后，三人向雷夏泽赶去。
回到雷夏泽后，却只看见垂钓老人，打听之下知道师伯已经病故，想了一下后，靖仇决定回到大梁去找师伯母。乘船来到大梁后，在街上遇见师伯母的孙女，在她的带领下来到师伯母家中。从师伯的遗书上得知要对付魔兽还有一人，就是传说中的东海仙人。但是现有的船并不能出海，经师伯母介绍知道大梁城中有一赵姓工匠会造海船。去到隔壁的房间让赵工匠造船。三日后，大船造好，三人向东海进发了。谁知在海上遇见了一条大鱼，将船装翻，三人也被水吹到了一个岛上。在岛上兜了几圈后，遇到了氐人族的两个人，经过一番遭遇战后，出来一位氐人族女王。原来这里竟是那条大鱼的肚子里，那条大鱼也是上古神兽，名为巨海。说完后女王邀请三人去皇宫说话。（里面的一间房间里有遁形浮沙，别忘了拿）与女王交谈后，靖仇答应帮她一起对付黑龙王。坐着鲸鱼向黑龙王处游去。（那个水底迷宫蛮厉害的，记得出口在西北方向）走到龙宫的尽头就看见黑龙王了。靖仇三人全力向黑龙王杀去。打败他后，他却用计让玉儿拿下了崆峒印，使得氐人族的人都一下子变老了。虽然错误已经不能弥补，但玉儿还是和靖仇一起回到氐人族的王宫向女王道歉。玉儿为了表达对大家的歉意，毁了自己的容貌。几天后，女王为此也非常后悔，表示要送靖仇他们去仙人岛以缓和一下自己内疚的心情。