《合金装备崛起：复仇》的剧情设定于《合金装备4》之后，主角雷电所属的民间军事警备会社（PMSCs）－Maverick Security Consulting，受雇于非洲某国在其内战后担任军事警备与训练的工作。然而就在这个国家正要开始复兴之时，却突然遭受以「亡命之徒」Desperado为名的另一间民间军事警备会社－Desperado Enforcement率领大批生化改造人袭击，身为该国和平象征的首相不仅惨遭刺杀，就连雷电也在强敌Samuel Rodrigues的高超剑术下失去了左眼与左手......。而就在攻击事件发生的三周之后，更换了全新生化躯体的雷电抵达了与Desperado Enforcement拥有军事合作关系的国家阿布哈兹，他除了要从恐怖份子首脑Dolzaev手中夺回首都之外，更将展开自己的复仇之战......。
位于从战乱中复兴的非洲某国，该国的首相是当地和平的象征
泛楼船兮济汾河，横中流兮扬素波。
担任其护卫的雷电
首相的车队却突然遭到不明人士与大量的生化机械人袭击
为了救回被掳走的首相，雷电亮出了手中的爱刀
与敌方的巨大无人机展开激烈的战斗
即使是体型巨大的无人机照样一刀两断！
但首相却依然惨遭杀害......
就连雷电本人，也在与山缪的对决中