《刺客信条3》与前几作的差异相比，系统以及界面的变化很大，特别是在分支任务、琐碎事件方面，内容大幅度增加、数量很多。单纯主线通关根本不足以完全领会《刺客信条3》的精髓，比如Willam Kidd的宝藏、 船舰的改造、HomeStead的扩建、武器道具的合成等等，这些要素在主线中不会接触到，本文主要是全面说明下游戏的系统要素，理清整个游戏的条理。
任务系统
按“Select”按键，进入的系统菜单中，选择Logs，可以查看当前任务的进展情况，目前主角接触的全部任务说明都能在这里查看到
按“Start”按键，进入系统菜单，选择“DNA Tracker”选项，可查看包括主线任务在内的进展情况。 这个选项内，显示了本作全部的任务。从左到右，依次是：
1） 主线任务 12章 （12个纵条）
2）工会类任务
县官急索租，租税从何出？信知生男恶，反是生女好。猎人工会任务(hunter)
拓荒者任务（frontiersmen）
图标空缺的是波士顿格斗工会任务（Bowler）与 盗贼工会任务（Thief）。
Boston解放类任务 从上到下依次是：
Boston 北部解放任务
刺客工会新人任务
Boston中部任务
刺客工会新人任务
Boston南部任务
刺客新人任务
New York解放任务，从上到下依次是：
New York北部解放任务、
刺客工会新人任务
New York 西部任务、
刺客工会新人任务、
New York东部任务、
刺客新人任务
收集类任务
Almanacs书页收集
Chest宝箱收集
Feather羽毛收集
Peg leg任务Trinket收集
* Kidd宝藏相关的信件任务 ，一共有4封信，这个任务与前面"Peg leg任务Trinket收集相关，具体我们会在后文详细说明。每活的一封信，海域地图上就会出现新的宝藏图地点，收集
全部4张宝藏图与Kidd宝藏任务有关。
这一纵列，最后1个任务就是Kidd宝藏的最终任务，获得宝藏图后前往Oak岛，寻找宝藏。
堡垒解放类任务，前作中都存在的任务，每个城镇区域都有红色警戒区，其中的城堡内会有需要暗杀的首领，杀掉首领解放城堡就是该系列的任务内容。3代中需要解放城堡的任务共7个
Fast Traverl 入口：发现城镇区域内全部的地下通道，需要找到全部Fast Traverl 入口
从上到下，依次是：Boston北、中、南、Newyork 北、西、东 6个区域
刺客契约任务
信使任务Courier
快递任务Delivery
The Chase，海域地图任务类，从Homestead码头可以出海，进入海域地图，可看到开启本类任务得提示点
The Aquila ，船舰改造任务，需要在码头购买各种船舰强化部件，部件的价格可不便宜……
Homestead类任务，这个纵列的任务与师傅Achilles有关 ，从上到下依次是：
1） Trainning Begin 这个任务在主线中就会完成，学习经营手段章节 。
2） Manor Mysteries ，找到Achilles丢失的包裹
3）其余序列
HomeStead拯救Big Dive任务， 在地图上可以看到Homestead标记，过去就能触发任务。这类任务通常都是拯救NPC任务
HomeStead 当地居民GodFrey任务，同NPC居民相关的任务
HomeStead 当地居民Lance任务，同NPC居民相关的任务
HomeStead 当地居民Warren的任务，同NPC居民相关的任务
HomeStead 当地居民Norris的任务，同NPC居民相关的任务
HomeStead 当地居民Lyle White的任务，同NPC居民相关的任务
HomeStead 当地居民Ellen的任务，同NPC居民相关的任务
HomeStead 当地居民Myriam的任务，同NPC居民相关的任务
HomeStead 日常生活任务，同NPC居民相关的任务
HomeStead 投资经营， 主要是合成道具类任务，不过合成之前首先需要从书页任务中获得合成的菜单