此版本为第三版的简易增删版。追加了《汉之云》部分，并据此调整了一些其他的细节内容。此外，将尚难真正确定时代的《轩辕伏魔录》部分移出。
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上古神话年代：盘古以盘古斧开天辟地。众神以昆仑仙境中的造物仙鼎进行造世工程。女娲造出了世间生灵，包括人以及妖魔，并以造物仙鼎为原型制造了缩略版——炼妖壶。伏羲以太一之轮决定天下万物的生克规律。不知何故众神升天，昆仑仙境也自人间消失。神农氏尝百草，并以神农鼎敖炼仙药。为了救活病亡之爱女白玉，伏羲取出伏羲琴，而女娲造出女娲石，以伏羲所研究出的“天女白玉轮”救活女儿。昆仑镜自昆仑天宫失踪。崆峒印出现。路西法（撒旦）堕天，赛特前世也随着一起叛乱，并设计反曼陀罗阵。西方魔界入侵中原，中华诸神布下九天结界。
五方天帝并立时代：饕餮被昊天帝以伏魔古镜封印于雍州伏魔山。炎黄之争，氐人族逃避战火来到东海，盘古赐予其水中生活的能力。天女青儿为助爱侣黄帝，携带天神之剑与琴、笛、笙、磬四件乐器落到凡尘。其中四件乐器交付于炎帝之女——巫山女神，而天神之剑则为黄帝所用。后蚩尤与黄帝约战涿鹿，蚩尤败，但天神之剑亦断。天女以自身纯阳之力进行修复，名之为轩辕剑。但修复神剑的同时，天女的体质改变，不仅无法回到天上，更化作“旱魃”之身。黄帝自炎帝手中夺取东皇钟，并以此创造山海界，将炎帝麾下四灵诸侯以及追随他的异种异族（含部分氐人）放逐其中。因天女的体质，人界异变，故黄帝不得已又将天女放逐于山海界。被流放于山海界的天女，又被初代青龙圣者分为灵魄身三者，并以青龙圣兽所化之青龙灵木将天女之身封印。因天女失去回天界的能力，天帝震怒，遂决定不再帮助人类。
人魔大战年代：炎黄之争结束后，人类和妖魔之间的战争愈演愈烈。轩辕剑侠使用轩辕剑，大败妖魔，妖魔分为两派，一类主和，领导者称为“善神”，一类主战，领导者称为“恶神”。轩辕剑壹故事开始十七年前，善神决意联手恶神，和妖魔消灭人类。在一场战役中，大部分人类和妖魔同归于尽，善神、恶神以及轩辕剑侠下落不明。此后，人间处于暂时性的和平，人类与妖魔和平共处。好景不长，几年之后人类组织了轩辕剑帮，对于妖魔咄咄相逼，妖魔的生存受到了极大的威胁。其后，一名自称“恶神”的妖魔巴蛇出现，并给大地带来了许多强大的妖魔，形式逆转。至此，巴蛇所盘踞的火焰山与轩辕剑帮形成长期势力对峙状态，而人间又是一片生灵涂炭。为了牵制轩辕剑帮，巴蛇手下火凤凰绑架了轩辕剑帮帮主之女江如红（小倩）。轩辕剑壹故事开始。人魔最后一次大战之后十七年，轩辕剑侠之子少年何然（燕赤霞）奉师命闯荡江湖。经过一番历练，结识黑衣侠客杨坤硕（宁采臣），在凤凰塔救出江如红，打败火凤凰。轩辕剑壹故事结束。轩辕剑贰故事开始。何杨江三人结伴而行，决意去打倒恶神巴蛇。途中，他们在遇到了离开初建伊始的仙狐村中千年白狐古月圣，以及炼妖壶的管理者壶中仙。打倒了恶神巴蛇之后，按照壶中仙的意思将炼妖壶放入昆仑仙境中的造物仙鼎。但这时女娲出现，告知壶中仙的真实意图——将世界收入炼妖壶。最终何然，杨坤硕，古月圣以及江如红挫败了壶中仙的阴谋，壶中仙的头颅被轩辕剑封印于炼妖壶的鬼神之塔。轩辕剑贰故事结束。