剧情开场后玩家正式进入操作阶段，序章为教学章节，主要对玩家进行游戏操作的教学，攻略在此进行一定说明，具体说明玩家可在游戏菜单中随时进行查看，故不多赘述。
转换模式本作依然采用半即时式战斗系统，玩家可以在战斗中进行模式转换。“模式”即玩家所装备套装，不同套装具有不同偏向性和特点，简单来说分别有偏向[攻击]、[防御]、[魔法]三种特性，玩家在选择装备时可依靠套装固有技能（即套装自带锁定技能）进行判断。
玩家使用行动会消耗ATB槽，ATB槽不足便无法行动，切换模式后，原模式ATB槽会迅速恢复。不同模式间切换是即时进行的，即玩家可以通过切换模式来达成连续攻击的效果，使自己的攻击不会停止。不同模式间的切换也是带连携效果的，比如使用[神圣解放者]模式使出4下攻击后立即切换[黑暗缪斯]模式继续进行攻击，最后一下攻击便会具有攻击力提升加成。
防御战斗中按□玩家可进行防御操作，在敌人攻击的一瞬间按下□会出发[精准防御]，大部分怪物和BOSS会在[精准防御]后进入[击倒]状态，玩家可以善加利用。
完成教学战斗后玩家可以开始在地图中前进，按R1攻击地图上的怪物会有“预伤害”效果，根据怪物头顶的警戒标志颜色，“预伤害”效果会有所不同，如红色削减敌人血量10%，黄色削减敌人血量25%。序章地图中没有任何可探索宝箱和道具，所以沿着指示路线前进即可，中途遇到黑市商人可以将治疗剂补充满，这里购买治疗剂是不需要花费GIL的。
BOSS：萨勒蒂斯作为游戏的第一个BOSS实力并不算强，也是给玩家进行[击倒]操作的练习，不断切换模式使用魔法攻击即可击倒BOSS，在击倒后继续使用普通攻击可以将BOSS二次击倒，这时BOSS会进入两项负面效果，使玩家战斗更加顺利，战斗中按R2键即可观察怪物特性，[击倒]后怪物的弱点会自动进行记录。进行[击倒]后在不受到伤害的情况下玩家可以轻松拿到5星评价。
结束后玩家返回方舟，调查方舟内水晶方块得到武器[恶魔之女]，防具[磐石之盾]，技能[暴雪]、[弱防御]和套装[巫师内衣]，之后会进行自订模式的教学，玩家可以自行进行模式的配置。调查书架可以与击败过的BOSS战斗，可以刷BOSS战的评价，但是是没有报酬的。
自订样式自订样式即玩家对装备和切换模式进行自定义，包括各项装备和该模式所能使用技能，这就是本作一直宣传的换装系统了，各位根据自己的喜好自由的打扮雷霆姐姐吧。本作是没有等级设定的，所以自订的样式关乎玩家的各项能力值，这一点在玩家自订样式时也需要注意。
与霍普对话后开启传送阵，可以进入序章探索地图。