1.圣殿骑士团妄图通过控制人类来拯救世界，十字军东征也是为了这个目的。他们和老对手阿萨辛（刺客组织）争斗了上千年。
2.刺客兄弟会则为了人类的自由而持续抗争。其中的著名人物包括里昂那多·达·芬奇，马克·波罗，乔治·华盛顿等等。但是相比圣殿骑士，他们势力和人手都相对不足。
3.在一切发生之前，第一文明（史前外星人社会）曾经奴役过人类，依靠的是神器“伊甸园碎片”。
4.一丝不挂的亚当和夏娃取得了“伊甸园碎片（也就是果实）”，从第一文明中解救了人类，当时人类技术落后，打败外星人全靠人数优势。
5.阿萨辛和圣殿骑士都为了争夺伊甸园果实展开斗争，人类的历史就是这样形成的。
6.在现代，圣殿骑士建立了Abstergo公司来实现他们的目标。该公司表面上是世界最大的跨国公司，并且发明了探索人类祖先记忆的机器Animus。他们通过Animus在全球搜寻伊甸园果实，并且准备在2012年12月21日发射“Abstergo之眼”卫星，那个日子是预言中的灾难之日
7.与此同时，刺客兄弟会也在暗中行动。他们也拥有自己的Animus，甚至发明了能从祖先学习技能的Animus2.0
8.2000年，刺客组织的首领被Abstergo的人刺杀，整个组织开始陷入困境。
9.丹尼尔·克洛斯是圣殿骑士现任的首领，他训练了很多刺客，还在抓住了主角Desmond Miles。
10.刺客组织的最后希望都落在了主角Desmond·Miles身上。他的基因和“第一文明”有关系，被圣殿骑士抓住以实现自己的目的。
11.不过在Abstergo抓住Desmond的时候，他还没有发现自己的潜力。
12.Abstergo利用Animus来搜寻Desmond祖先的记忆，第一个祖先便是Altair。
13.结果Lucy，Shaun和Rebecca协助Desmond逃了出来。来到了新的隐藏地点，并且使用Animus2.0来阻止圣殿骑士。
14.同时，Desmond还在Animus里帮助了上一个Abstergo的受害者：实验对象16号。他是亚当的后代，在机器中注入了自己的记忆。
15.到目前为止，Desmond已经经历了两位祖先了，Altair和Ezio。
16.他因此找到了伊甸园的果实，还和“第一文明”中的外星人Juno对话。
Juno警告他即将来临的灾难，并指出他们的队伍里有叛徒。
17.在接触到伊甸园的果实后，Desmond杀死了最好的朋友Lucy，并陷入了昏迷。
18.不过一切OK，因为Lucy是双重间谍，她其实是圣殿骑士的人。
19.在Animus中，昏迷的Demond在16号对象的帮助下找回了记忆，已经准备好拯救世界了。
20.圣殿骑士准备在2012年12月21日把伊甸园果实发射向太空，以此控制全球人类的思维。
21.但是Desmond已经和“第一文明”对话，知道了阻止圣殿骑士阴谋的办法。接下来的故事，让我们一起期待吧。