这是一部自由度较高的角色动作游戏，自始至终玩家面对着复杂多样的选择，每一种选择都会影响到故事的情节甚至结局。玩家有男女两个角色选择，在某些细节上两个角色的对话和任务会有所差别。
角色的成长具有多样性，用生物药剂来改善人体的机能，在攻击、防御、隐秘行动等方面有所提高，如黑客技能可以利用电脑来解除机甲的行动、消除监视器的工作状态、有时还能从ATM上盗取金钱。玩家总共可以学习近20种技能，每种技能可提升3级。在场景中还会收集到 一些武器配件，将它们装备到武器上可带来各种不同的攻击效果，如增加射程和攻击力、消音或解除警报等。生物药剂和武器配件大致有3种获取方式：从场景中搜寻、玩成任务获得、从黑市商人处购买，它们在游戏中的数量都很有限，希望在使用前仔细思量。
复杂的技能和武器系统，使得任务的完成途径是多样的，比如在进入一间屋子时，可以有以下选择：①使用电弧刀破坏门锁。②或以使用数据卡的密码开锁。③利用黑客技能操作电脑终端解锁。④利用带有静音功能配件的武器打碎玻璃跳进去。⑤由走廊的排风通道爬进去。因此攻略中的过关方式并非唯一的解决之道，只做为一种可行的参考，更多的方法还须玩家自已来摸索。
另外，这部游戏对硬件的配置较高，建议在Options – Video选项里将VSynch关上，然后打上1.1版补丁速度才会顺畅一些。
操作键位：
WSAD：前后左右的移动。
空格：跳跃，按住不动并使用方向键可以攀爬梯子或较高的平台。
鼠标左键：攻击，根据手中所使用武器不同，具有不同的攻击方式。
鼠标右键：选取、使用或抓取。菜单的选择，使用场景中的开关或道具，抓取尸体等。
C键：下蹲，可利用钻入窄仄的管道。
TAB键：武器的切换。
SHIFT：慢步行走，用来避开监视器和巡逻的警卫。
N键：提示菜单，观看到任务目标、提示信息和相关地图照片等。
V键：道具菜单，装备武器、储物栏或在武器上装配零件。
B键：技能菜单，利用生物药剂学习或提升主角的技能。
F10和F12：快速存档、快速读档，只有在打上1.1版补丁后才能使用。
第一关：西雅图，华盛顿
(Seattle, Washington)
走到桌前利用全息成像通讯仪(Holocomm Unit)与学院的Nassif说话，然后从架子上拿望远镜、桌上拿到口香糖，游戏中还会找到其它的食物，诸如面包、豆子等等要注意收集。Nassif让你找一幅地图，巡视房间找到一只箱子里面用张数据卡，要找的地图就存储在里面，在以后有些地图、重要密码文的钥匙或文件都在这种数据卡中存储着。
拿到地图后到厨房里找一点食物，然后根据提示前往454号房找Billie。来到走廊看到一名警卫被炸死，尸体可以抓起来抛开，从地上拿到弹夹。到T字路口左转找到454号房，使用门左的对讲机通话然后进去与Billie说话，得到电梯的通行密码。回到走廊的T字路口往右转与前面的警卫说话，乘电梯来到休闲区。沿走廊前行这时与左侧窗户里的Leila发生对话，接下来要到健身房找Klara和Leo两个人，往前走右侧是楼梯，往左走是健身房。在健身房外的饮水机房找到Klara，然后再到健身房里找Leo交谈，这时大楼发生剧烈的震动，在警报大作中收到Leila的提示讯息，要到楼下去拿武器装备应付入侵的敌人。
离开健身房由楼梯下去，穿过蓝球场地往左边的门到走廊，找到更衣室从柜子里拿到自已的武器装备，旁边的柜子还有机械蜘蛛和一些食物。注意在场景中收集电弧刀这种道具，它可以切割开锁住的箱子、密码门或激光线等，更衣室里锁住的柜子就可用它来打开。
拿到装备后沿走廊前行与一名警卫对话，这时得到消灭Seeker(游戏里的一个种族)人的任务，沿原路回到蓝球场就可以找到他，杀掉后拿到弹夹，然后由楼梯返回到楼上向Billie作了汇报并得到前往实验室的任务。
根据Billie的提示要找一条隐蔽的通道前往实验室，于是乘电梯回到宿舍区域，在走廊里遇到一名战斗的警卫，受托往前消灭Seeker人，从尸体上收集手枪和弹夹，附近的房间也可收集到一些补给和装备。回到451号房到浴室找到墙洞钻出户外，往右走由梯子爬下去，然后攀越平台找到实验室。进入实验室使用通讯仪与Nassif通话，柜子里可找到Biomods，它是一种有催化和改造作用的生物药剂，主角可用来学习或提升技能，按B键可切换到技能菜单，选择要学习的技能。
搜索完实验室后阅读桌上的数据卡，到里间找一名科学家谈话，由右边的门出去会遇到监视器和枪塔，小心地避开监视器的视线范围贴墙蹑足过去，沿楼梯上去与两名科学家谈话，杀掉身后跑上来的两名杀手，科学家没有被杀的话可得到枪支用的消音器，搜索一下楼上的房间，在冷藏柜里有生物药剂和药包可拿，将装有炸药的箱子推过去引爆可打开冷藏柜的门。由屋子里的风道爬出去，在走廊左转杀掉实验室里的两名敌人，学会黑客技能的话到左边电脑解除监视器。由楼梯上二楼找到通讯仪与Lin交谈，她是教会方面的联系人，接下来要赶往教会汇报情况。
乘电梯到市区上层，市区分为上下两层，上层分布有Pequod咖啡馆、Vox夜总会、翡翠住宅区，经由地铁还能通往WTO(市区管理行政部门)总部，下层经由工厂是一片住宅区，那里分布有QueeQueg咖啡馆、教会及私人机场。
与WTO警卫谈话后往前收到Billie的来电，她不让主角理会WTO方面的联系。先到Pequod咖啡馆找老板谈话，在这里接到咖啡战争的任务，他要你去销毁竞争对手QueeQueg咖啡馆的咖啡豆。以后到各地的咖啡屋都会接到类似的任务，涉及到两家咖啡馆的排挤和竞争，主角可选任一方面的任务来做，会得到不同的奖励。
离开咖啡馆找到楼梯，两侧有地铁站和夜总会的标识，上去后搜索一下补给然后前往地铁站，与售票员对话得知票价涨得厉害，返回来找到风道钻进去，出来后是售票室的后面走廊，杀掉警卫后到售票室按下开关解除楼梯的激光，从柜子里找到密码，打开走廊尽头的门回到地铁大厅。
来到WTO总部在大厅与一名官员对话，到右侧走廊与屋子里的Klar交谈，进入市长办公室往左边的房间与Morgan通话，她让你前往翡翠住宅区调查文化部长(minister of culture)居所的秘密。回到办公室听市长在里间与人通话，等他出来后得知他在调查一桩经济案件，答应替他前往夜总会搜寻证物。
回到市区前往Vox夜总会，交100块票钱就即可进去。在一层的舞厅找到文化部长，与帝边的Lionel谈话得知他有文化部长房间的密码，这时可选择花300块购买，拮据的话可以不买，潜入房间的方法有好几种。上楼梯到看台找老板对话，他让你去杀翡翠住宅区2226号房的Lawyer，然后到看台尽头与NG谈话，接到前往贵宾室调查的任务。
来到翡翠住宅区，与前厅的看守人谈话可选择购买各个房间的大门密码，如果你身上电弧刀够的话也可以不用破费，由他身后的门进去打开里面的门进入文化部长的房间。在前厅的右边是一个坏掉的电梯，由里面爬上去也可到达部长的房间。搜索一下补给往前进入部长的秘密车间，学会黑客技能的话用左侧的电脑将激光防护解除，在台球室的数据卡得到储藏间的密码。经过方才有激光的地方上楼梯，避开监视器的视野范围闪入房间，利用衣柜里的隐藏电脑打开密室的门，进去后在书桌找到数据卡，然后向Morgan汇报所发现的情报，受命前往WTO总部详谈。回到前厅到楼梯间沿风道爬到Nassif的房间，箱子里有珍贵的生物药剂，赶快学习或升级黑客技能吧，在以后的行动中很有用处。由风道的另一出口找到武器商人的房间，杀掉商人后在枕头下面找到特别武器—毒刀。
回到走廊到2226号房门前，与里面的人谈话后进去，在与Lawyer的谈话中假冒武器商人的代表，并要求购买人有良好的信誉，选择正确的话可以诈骗200块，接下来选择告诉他真相，或者直接杀掉他回夜总会拿赏金。如果将夜总会老板出卖的话，他会雇你去杀夜总会贵宾室的Omar(游戏里的一个种族)人，他是一名黑市武器商人。在这里推荐杀掉Lawyer，因为Omar的黑市商人在各地都会出现，曾经帮助过他们的话购买东西会有折扣优惠。
由于打手众多，想杀Lawyer并不太容易，被围攻的话很快就会挂掉。先退出房间由楼顶到顶部平台，杀掉警卫机器人按开关除掉天窗的防护，开枪射杀下面的Lawyer，接下来回到夜总会找老板拿赏金并得到VIP会员资格。
贵宾室有两种进法，拥有VIP会员资格可以直接进去，没有的话可以由舞池二层平台攀到屋顶跳到阳台进入。在贵宾室找到一名Omar商人，选择不杀他可接到收集变种生物资料的任务，目标地点在夜总会的地下室，如果完成这桩任务在以后的冒险途中可获得黑市商人的半价优惠。这时先不忙去地下室，建议先完成市长的调查任务，同时可找到地下室的通行密码。
来到舞池二层平台往右找到一道密码门，这里有两种办法潜入，一是使用电弧刀破坏门锁直接冲进去，另一种是爬到屋顶利用通风道潜入储藏间。到办公室找到地下室的密码，阅读桌上的数据卡，用电弧刀打开保险箱拿到市长要找的证物。由楼梯到地下室的走廊，使用黑客技能解除掉前面的激光防护，在房间的箱子里找到数据卡，然后回到贵宾室找Omar覆命完成任务，之后可从他那里购买道具，身上有钱的话一定要买生物药剂，这东西在游戏中的数量是很在限的。
返回到WTO总部向市长汇报夜总会的资金状况得到500块赏金，然后到Morgan的办公室谈话，得知要离开这里要聘请飞行员，可以到城市下层的酒吧碰碰运气。回到市区找楼梯下去，往咖啡馆的左边走会遇到三名匪徒，可选择交保护费或直接杀掉他们，箱子里找到一些补给，然后往左边找到工厂区的大门。进入工厂看到负责人在与两名工人谈话，得知车间里发生了毒气泄漏，于是答应帮他们修复泄漏点，这里是前往市区下层的必经之路。
前面的房间有机器人把守会受到攻击，在右侧推开木板钻入通风道，出来后由箱子跳到一侧的办公室前，进去找到装备和金钱，由另一条风道钻出去是车间上方的屋梁，往左走由风道落下去找到一名维修技师，从他手里得到机器人仓库的密码，往前跑入车间右闪到仓库打开大门，里面的机器人自动出去修复泄漏点，回去找厂长拿到100块报酬，在车间里找到电梯来到城市的下层。
在电梯附近搜索一些补给，用电弧刀打开尽头的门到城市下层的街道，这里昏暗脏乱，街道对面是有标识“The Greasel Pit”字样的阶梯和大门，那里是酒吧的所在先不要进去。街道可找到井盖，由此进入下水道杀怪物，在里面可找到一些装备和金钱。回到街道往前走遇到两名Omar商人，可购买生物药剂来学习技能。沿街道继续前行找到教会和咖啡馆，跳上街道尽头的一只垃圾箱，往右沿风道爬到咖啡馆的内部，屋角的一堆箱子破坏掉可完成Pequod咖啡馆老板的任务并得到300块报酬。搜索完屋里的补给开门回到街上，街道的对面就是教会的所在地，进去后与信徒交谈，然后到右边的房间里用通讯仪找Lin谈话，她让你去找Lamar接任务，然后可到教堂的地下室搜索一下。
接下来去找飞行员，回到街道进入标识有“The Greasel Pit”字样的大门，在里面找Sid Black谈话，得知他由于欠Sophia Sak的钱而被她占用一部私人飞机，这时答应帮他解决经济上的问题，取回他所拥有的飞机。在前面的房间里使用通讯仪与Ava Johnson交谈，她要你去WTO总部解救被没收的私人飞机。这两个都是雇佣飞行员的任务，选择完成其中一个即可，只是要知道Sid是收费的，每次都要付给他一定的金钱，但降落地点离目标比较接近，而Ava是免费的，降落地点离目标会远一点。
如果你现在资金拮据，赚钱的机会马上来到了。在酒馆的走廊找楼梯到地下室，在这里会有小怪物Gob-Zilla的竞赛，与里面的Bookie打赌押注可以有四次赢的机会，因此在进入地下室前要存档，选择压注时取最大数—500块，取胜后退出酒馆等一会再进来，后面的所赢的奖金会大大增加。在地下室一侧找Eddie谈话可接到暗杀一只小怪物的任务，它在Heron's Loft的22号居室内。
回到街道往前找到Heron's Loft的大门，这里是城市下层的住宅区域，往前发现电梯坏掉了，由竖梯攀上平台隔着玻璃窗可看到里面的那只小怪物，这时可打碎玻璃将之射杀，也可由电梯间爬到一层走廊，由风道爬进去射杀。由楼梯间爬到一层到21号房间找QueeQueg咖啡馆的老板谈话，他要你操作市长的电脑接受关于咖啡馆分区经营制的提议。回到电梯间往上爬到二层，这一层是Sophia Sak的住所，走廊和房间都有大批的警卫，可躲到楼梯间隐蔽射杀，跳到走廊避开监视器潜入房间杀掉Sophia Sak。由走廊尽头的门出去是停机坪，杀掉下面大门口的看守，由左边的门进入机库，在这里会遭遇很多的警卫，利用附近的障碍物与之打游戏，将炸药箱子扔到地下通道将里面的机器人解除掉，然后攀到二层平台操作电脑解除监视器和枪塔，将警卫清理干净后完成刺杀Sak的任务，最后上楼梯到储藏室拿装备。回到酒吧找Sid通知他Sak已死的消息，这样他不用还债并拿回了自已的飞机，他和你约定在Sak的停机坪见面。 要完成Ava Johnson的任务须前往WTO总部，路上可顺道解决Lin所委托教会方面的任务，她要你寻找Lamar叛变教会的证据。由城市下层的街道回到工厂车间的电梯，在这里会遇到一批杀手，解决后由电梯返回到车间区域，赶到厂长的办公室看到Lamar正与WTO方面的人员接头，上前交谈后开战杀掉两人，从桌上的数据卡读取一些信息。
在完成咖啡战争支线任务后，可到上层的咖啡找老板拿300报酬。来到WTO的市长办公室操作电脑，接受QueeQueg咖啡馆老板的提议。这时可选择雇佣那名飞行员离开这里，如果选Sid可返回到城市下层找教会汇报叛徒的情报，并找QueeQueg咖啡馆的老板拿300块报酬，然后到Sak的停机坪与Sid碰面。如果选择Ava做飞行员则要完成WTO总部解救飞机的任务，
由WTO总部的电梯升到停机坪，这时会收到Ava的情报，接下来要做的是解除地对空导弹发射器的电力并点亮机场的灯塔。导弹装置共有南北两个，先由通道往左跳下去，找门进入控制室搜索一下装备，然后由风道潜入补给室使用电脑解除南部导弹架的电力，在地上的数据卡里有储藏室的密码。回到停机坪到北边的储藏室找到电脑，用它解除北部导弹架的电力，最后回到控制室用面板开启灯塔的力能，这时会收到Ava的提示信息，选择她当飞行员的话可直接到停机坪与她会合。 完成两名飞行员的任务后，可任选一名做为驾驶员飞往Mako工厂区域调查。Sid会降落到目标地的屋顶，接下来要寻找通路潜入到工厂建筑内部。在屋顶先往旁边跳到绿色的屋顶，沿着边沿走到另一处平台，避开左边的监视器往右钻入风道，潜入建筑物后是一间会议室，由桌上的数据卡找到生物实验室的密码，这时会收到来自两方面的通读，教会方面要你杀掉开发武器程序的科学家，WTO方面要你寻找新研制的武器Mag Rail，然后他们可进行扫描测绘。
离开会议室往左边的走廊走，右侧的楼梯下去有一道维修通道的门，在里面的房间找到武器实验室的密码。通道里有激光防护，可由附近的风道绕过去，杀掉里面的警卫由屋子里的梯子爬入储藏室，使用电脑将机器人解除行动，出来在对面可找到生物实验室，沿走廊往前上楼梯回到会议室，继续往前走是警卫室，往左进入武器实验室找到Patton博士，从他身上拿到武器启动程序的密码，这时可选择杀不杀他。杀他可完成教会方面的任务，启动开关拿到武器可完成WTO方面的任务。接下来前往生物实验室寻找Nassif博士，由实验室的电梯上去，与女研究员交谈后利用电脑放出一只研究的生物人，它会出来将楼梯上的警卫杀掉，然后到警卫室找办公室密码。进入办公室使用通讯仪得到前往开罗调查的行动指示，这时由会议室的通道返回到屋顶与飞行员会合前往开罗。
第二关：开罗，埃及(第一部分)
(Cairo, Egypt 1)
开罗有座标志性的生态建筑(Arcology)，它有110层之高，机场和候机大厅就位于生态建筑的顶部。由电梯可通达107-108层，这里有学校、社团等单位，由此还可前往麦地那区域，那里分为温房、清真寺和住宅区几个地方。
降落后由机库到走廊收到WTO方面Morgan的来电，她要你摧毁Leila Nassif叔叔的温房。接着又收到教会方面Lin的来电，她要你到清真寺找Billie Adams接头。经由候机大厅上一条斜坡的走廊找到电梯，往下来到107层找到QueeQueg咖啡馆，之后到麦地那还可找到Pequod咖啡馆，两个老板会委托你完成同一桩任务，为他咖啡馆寻找NG做代言人，完成任一方都可得到生物药剂的报酬。在咖啡馆的大厅角落找到舞动身肢的NG，谈话接到搜集经纪人腐败证据的任务。由108层的电梯往机场，找到NG经纪人后贿赂他为咖啡馆安排NG做代言人，然后找咖啡馆老板拿报酬，并把经纪人贪污的证据告诉给那名NG。
接下来前往麦地那区域，电梯在一条维护通道里，它就在咖啡店的右侧。来到麦地那的南部，这里有两条通道，右方前往温房，左方前往清真寺和住宅区。沿左边的街道前行找到咖啡馆，找老板接到找NG的任务。往前到麦地那的北部，在清真寺前与Sheriff交谈得到清真寺地图，进到清真寺会被解除武装，在大厅里找Billie和Saman交谈，得知这里的人民遭受瘟疫的侵害，她要你去找Omar商人寻求解决之道。在Saman离开后跟着他到楼上办公室，从柜子里拿到一些补给，接着由寺庙另一边的通道往地下室探看被瘟疫感染的病人，在一个房间里遇到医师和妇女Ameer以及她的女儿Mina，与Ameer谈话得知Mina被感染，她希望能进到塔尔苏斯学校以得到良好的治疗，主角要进到学校的电脑接受Mina的入学申请。
离开清真寺往住宅区，在上层的走廊里找到Leo，交谈后得到前往生态建筑调查教会内部间谍的事件。与尽头的两位Omar商人打听瘟疫的治疗方法，他要主角前往24号机库去寻找有关的线索，并且得知在110层有人会帮助你打开24号机库的大门。在住宅区还可找到一间牢房，与里面的Harvester谈话得到前往上层的住宅区刺杀警卫队长的任务。在住宅区可找到Nassif博士叔叔的住处，进去与老人谈话得到两个任务，一个是调查塔尔苏斯，另一个前往学校寻找他失踪的小女儿。在住宅区的顶部是武士的秘密据点，由风道潜进去从卧室可找到一间密室的通行密码。
接下来去完成破坏温房的任务，回到麦地那的南部，在前往温房的路上会遇到阻路的匪徒，这时可选择乖乖交钱过去，或者直接杀掉他们。来到温房会有多种选择来完成任务，一是破坏过滤器，二是破坏控制电脑程序，三是利用火焰喷射器直接烧毁种植的作物。在完成温房任务后杀出胡同，由电梯返回到生态建筑。
在107层有个教会的征兵处，往右边找到学校入口，在左侧有风道可以钻进去，在尽头可偷听到征兵处的两人谈话，得知他们将对住宅区的Omar商人执行抓捕计划。来到学校与接待员对话，然后往左边到学校走廊，绕到招待前台的里面使用电脑接纳Mina的入学申请。
到实验室门外找警卫接任务，进入实验室杀小怪物，然后由风道钻进去在一间储藏室找到失踪的学生，其中包括Nassif叔叔的女儿Eev。这时要到校长的密室里调查校长与教会勾结的证据，密室有两种进入的方法，一种是到校长室找Silas谈话，地上的数据卡可得到密码，观察竖旗的后面有一道密码锁可开启密室的通道。另一种方法是由储藏室的风道潜入。进入密室后操作电脑解除监视器和枪塔行动状态，阅读桌上的数据卡拿到密码，然后按Donna的提示前往108层的社团区域寻找受困的Leila Nassif教授。
到108层进入社团区域(Corporate Suites)，进去遇到美女枪手Klara Sparks，帮她解决掉房间里的警卫，往左边转入走廊在柱子后找到电脑，用它来解除激光防护和枪塔的运作，在左边的会议室可找到警卫队长Chief，他就是麦地那的Harvester委托要杀的人，如果在这里不杀他，Chief还会在最后的关卡出现，是敌是友还要看你以后的选择。杀掉他的话可以找Harvester拿到生物药剂，不杀的话可得到机库的通行密码。
在办公室遇到大批的敌人，杀掉后穿出去到实验室，这时会收到教会Lin的指令，她要你阻止Nassif博士的研究成果付诸实践，在实验室的柜子里可找到生物药剂，然后到里面找Leila Nassif，可以按教会方面的要救杀掉她，也可以留她一命套问到很多的讯息，完成WTO方面的任务。Leila Nassif提议前往德国找宗教领袖Tracer Tong，他是唯一与JC Denton联系密切的人。
返回到麦地那的北部找Leo和Omar商人，通知Leo教会方面的人会展开抓捕行动，然后前往清真寺找难民Ameer汇报她的小女儿Mina被接纳入学的消息。稍后再返回去找Omar商人和Leo谈话，他们为提供有用的情报付给400块钱报酬。再前往Nassif的住所通知他女儿Eeva消息得到300块报酬。
回到候机室找税务稽查官透露教会人员从事军火走私的消息，拿到200块报酬。由电梯到107层找NG谈话完成搜查任务得到300块报酬。如果当初放警卫队长一条生路的话，在进入维护通道时会收到一个通行密码，到前面走廊操作电脑使里面的数据共享，完成教会方面的任务。
在完成开罗所有的支线之后，到107层的咖啡馆找飞行员Sid或Ava前往德国。
第三关：特里尔，德国
(Trier, Germany)
降落到特里尔后收到Sid的通讯，他让你到九世界旅馆去找宗教领袖Tracer Tong。调查广场的椅子有一张数据卡，阅读后拿到市区地图。广场旁边是警局总部(SSC)，由右边的胡同穿过去找到QueeQueg咖啡馆，与里面的老板交谈，他让你前往警局调查为何他与Pequod咖啡馆的诉讼案子会被拖延。在咖啡馆里还有一名黑市商人，与之交谈得知九世界旅店上面有家古董店，在里面可找到神秘的黑市商人，从他手里拿到古董店的通行密码。
离开咖啡馆在一侧的胡同找到一台ATM机，利用黑客技术可盗取600块，地上还有个井盖，里面的下水道通往黑门废墟先不用进去。沿胡同前行找到九世界旅馆，右边的墙上有一道梯子通往屋顶的停机坪。进入旅馆上楼梯用密码开门进去找到Omar商人，从他们手上可买到生物药剂。到楼下的旅店往左边的圆桌听取两个客人的谈话，得到调查武器店(Nur Gewehre)的任务。
由旅馆的大厅往右边走有间会议室，与Tracer Tong对话得到前往黑门实验室(Black Gate Lab)救援教皇的任务，在要离开时收到Dumier发来的讯息，要你前往警局会面。出旅馆往右走是一间武器配件商店，有玻璃静音器的配件可装到武器上，悄悄打碎玻璃进去拿装备。由广场进入警局，前往证物室(Evidence)门前先用电脑解除掉里面的监视器，然后用电弧刀开锁进去，移动箱子跳上去从架子上拿到生物药剂，读取数据卡完成咖啡店老板所委托的调查任务。上楼梯到看望室与里面的Dumier谈话得到黑门实验室的密码，然后离开警局往咖啡馆覆命拿报酬。
由咖啡馆旁边胡同的水道前往黑门废墟，由梯子爬上去可看到一些巡逻的警卫，杀掉他们再利用障碍避开那只巨大机器人的炮火，往废墟建筑的左侧小巷找到一名帮手，然后一起由左侧的门进去，上楼梯沿着走廊前行找到一道石门，进去乘电梯到达实验室的走廊，往左边的门进去用电脑解除掉枪塔，或者控制枪塔干掉走廊上的守卫，由房间的风道爬到走廊的另一端找到一间办公室，在里面的柜子里有三个生物药剂，由桌上的数据卡找到控制室和实验室的密码。
沿走廊找到三道黄色激光线，用电弧刀解除掉往前面的屋子找Nicolette谈话，不但打听到教皇的消息还确认了Saman叛变的事。这时由水道返回到特里尔的警局找Dumier谈话，得到教会领地的地图，到咖啡馆找飞行员前往教会领地。
来到教会的领地与NPC谈话，得知有密道潜往领地内部。沿胡同前行找到一名叫Billy的小孩，可花钱买到一份武士分布的地图。到小巷尽头跳到垃圾箱上，往左边的平台跃上去，往前发现下面的庭院有守卫和机器人，将他们解决掉跳落庭院找水道下去。
由地下通道杀过去，往右边有激光防护，解除掉往前杀掉警卫找升降梯上去，离开房间杀掉沿途的警卫，往前炸毁火箭炮塔，接下来寻找Saman的电脑终端搜寻黑门实验室里的传送装置的数据模块。由大厅往前走有黄色的激光防护，由右侧的门上楼梯到阳台，从箱子上拿到办公室的密码，返回大厅进办公室从桌上的数据卡得到电脑的开机密码，然后使用电脑数据模块。完成后返回到降落点与Klara Sparks交谈，乘坐飞机返回到特里尔。
回到城区到旅馆找Tracer Tong询问有关JC Denton的信息，然后由地下水道前往黑门废墟实验室，在途中会发现SSC警察正与教会的武士对战，在实验室里收到Dumier的提示，得知要恢复传送站的功能，要找到并启动备用的发电机组。这时前往控制室将找到的数据模块安装到控制电脑里，再沿走廊找到前往维护室的梯子，爬进去将坏掉的发电机切断电源并启动另一台备用的，然后跑到控制室操作控制电脑启动传送站，从窗户可看到外面显现的奇观，退回走廊进入传送站前往JC Denton在南极州的基地。
第四关：南极州
(Antarctica)
大雪飘飞的南极州，不仅有企鹅栖居在这里，还有灰色人种(Gray)在这里活动。由传送点出来是一座山洞，与旁边的灰色人首领对话得知他们的伙伴被人类的教会武士捕捉去了。离开山洞往前到一座山坳，正中央是一间简易房，附近有机器人和武士在巡逻看守，利用石头的障碍潜行过去，在旁边的笼子解救出被囚禁的灰色人，然后按照Billie Adams的提示潜入到简易房里，操作里面的电脑将外面巡逻的机器人解除，从桌子上的数据卡拿到密码，利用通讯仪与Billie Adam谈话。
离开简易房进入写有“Site X”字样的洞穴，穿过去一路杀下斜坡，沿途有大量的重甲武士和枪塔阻击，前方就是JC Denton的避难所，阅读入口处的数据卡，操作前面的控制电脑的数据模块进入建筑的内部。
要启动JC Denton超级电脑的太阳神智能系统(Helios AI)，需要启动五个数据模块才行，每开启一个会发生空间转移。在打大厅找到通讯仪与Ava谈话，然后启动大厅中央控制电脑的数据模块来到一个房间，与面前的灰色人对话，书架上有龙牙剑可拿，然后上楼梯找到第二个数据模块传送到一间办公室，在里面启动第三个数据模块传送到会议室，穿过卫生间找到第四个模块传送到工厂内部，这时会遇到Billie Adams，这时可选择杀不杀她，如果不杀的话在最后的关卡她还会出现，处理完她到前面找到第五个数据模块返回到先前的大厅之中。
与全息成像通讯仪里的JC Denton通话，然后离开这里回到外面的山谷，这里的敌人会重新布署，激战之后退回到最初的雪谷，收到Saman的通讯约定在4号简易房通话，结果进入简易房后受到了大批敌人的包围，才知道是被他算计了，杀出重围进入标志着“Abandoned Base”的废弃基地，接下来要做的是利用这里的机场返回到埃及开罗。
根据Tracer Tong的提示点亮灯塔须启动基地下层的发电机，在一排厂房前面的平台上是控制灯塔的控帽台，没有接能电源现在还不能操作，进入旁边的屋子找到电脑，用它可解除掉外面的炮塔。左右两边的厂房分别标有A、B字样，在A区的厂房里可找到火焰喷射器，数据卡里存有两张基地的地图，上层的办公室和寝室可以找到很多的补给装备。绕到厂房的后面在墙上找到一条风道，由此可潜入B区厂房，找到楼梯下去到基地的底层，在楼梯根部的右侧有风道可潜入牢房区域，在里面有名囚犯不用理会，如果放他出来会受到攻击。沿牢房通道找到电力供配室，启动发电机的开关恢复电力供应，这时按原路回到外面的平台，操作平台上的控制开关点亮灯塔，然后由B区厂房的二楼台球室出去到停机坪，乘飞机返回到埃及开罗。
第五关：开罗，埃及(第二部分)
(Cairo, Egypt 2)
在本关中将面对几种势力的倾向选择，会影响到游戏故事的结局。比如Illuminati方面会交给你刺杀Paul Denton的任务，而教会方面则希望你救援Paul Denton。后面教会方面要求你加入他们的行列，但需要检测你的血清，是否将血清交给Todd博士也会影响到你与三个派系之间的关系，为了能打全三种结局，建议玩家在选择前存档。
回到开罗的麦地那，在街道与QueeQueg咖啡馆的老板谈话得到Pequod咖啡馆保险箱的密码，与旁边的Sid Black对话，雇他担任飞往纽约的驾驶员。与门前的Illuminati战士对话得到刺杀Paul Denton的任务，穿过铁栅到麦地那北部转转，陆续会收到Nicolette和JC Denton的来电。在清真寺遇到求助的Leo，给他500块钱资助他离开德国。在街道上还会遇到教会的Lin，和她谈起驻扎在这里的Illuminati部队。
在住宅区与那两名Omar商人谈话采买一些补给，再到Nassif叔叔的家里，老人怀疑有人悬赏取他家人的性命，于是到住宅区的最上层调查真相，潜入寝室看到Silas Archer正和教会武士谈话，将他们杀死后再回去找Nassif叔叔获取报酬。
在清真寺里发现被重兵把守，受Nicolette之托要替这里受困的难民解围。先清理走廊和地下室里散布的警卫，注意门口的一人身上有火箭筒要拿到它，在搜集足够的弹药和补给之后到大厅，使用火箭筒将那只巨大的机器人轰倒，任务完成。到地下室与难民妇女Ameer对话得到警卫室保险箱的密码，然后找医师和医疗机器人补血，在清真寺里有电梯直接通往生态建筑内部。
出电梯会遇到敌兵的阻击，这时收到Dumier的来电，要你前去解救被俘的Klara。前往108层清除大厅的警卫，在警卫室摧毁枪塔和监视器，用Ameer给的密码打开柜子拿到武器配件和补给。杀到107层与角落的NG谈话，得知她被困在110层。在咖啡馆墙上的箱子可拿到一些装备，越过咖啡馆找到维护通道的入口沿斜坡下去，走廊尽头的门被WTO警卫把守着，要救Klara则要杀掉这里的警卫，在里面找到Klara和一些装备。
乘电梯到候机大厅，与一名士兵会话后沿斜坡走下去找到一台全息通讯仪与教会的Saman通话，他邀请你加入教会，但要将血清样本交给24号机库里的Todd博士，在通话之后附近的教会武士不再对你攻击，这时到23号机库与Leila Nassif谈话，然后前往储藏室与里面的NG谈话。接下来面临立场的选择，前往24号机库与Todd谈话，如果将血样交给他会加入教会，这时收到Saman发来的讯息要你前往纽约城，如果拒绝则马上会触发战斗，然后接到刺杀保罗的任务。最后到23号机库走廊到贵宾室使用控制台启动灯塔，与飞行员Ava离开埃及前往纽约的自由岛。
第六关：自由岛，纽约
(Liberty Island, New York)
这是最后的关卡，根据玩家之前的选择会遭遇不同的人物、接受不同的任务并产生不同的结局。在前面的一些暗杀行动中，如果没有杀死目标人物，在本关中他们都将出现，并且因为你立场的不同而帮助或攻击你。
虽然本关充满了人物和剧情的变化，但行动的路线是相同的。在到达自由岛后会收到Ava发来的地图，接下来寻找JC Denton研制的阿奎奈电脑程序，并将它上载到博士的超级电脑数据库中。在开始的广场收集补给并杀掉附近的敌兵，陆续会收到Saman、JC或Tracer Tong的来电。往前在自由女神像的基座找到一道门进入一个破坏的大厅，大厅的正中央就是存储程序的电脑，先不要摧毁它，清除掉附近的敌人再说。
在找到阿奎奈程序之后会收到刺杀其它派系首脑的任务，可根据你的立场选择杀掉另外派系的首领，他们会在自由岛的不同地点出现：ApostleCorp方面Tracer Tong在自由岛东部的北码头一间小屋里；教会的Saman也在自由岛的东部，码头外面的一座仓库建筑里；Illuminati方面的Chad Dumier和Nicolette DuClare则在自由岛西部南码头的简易房里。
最后在自由岛的西部找到UNATCO废墟，这里就是超级电脑的所在地，要注意游戏的隐藏场景也在这里面。在废墟的第一个房间找到一面插在地上的小旗，拨起来前往地下的居住区，在走廊尽头的一个房间找到只有一只马桶的卫生间，将手里的小旗插到那只马桶上即可来到隐藏场景。这里就是夜总会的场景，在本游戏中出场的主要人物都会在这盛大聚会中出现，或唱歌，或劲舞，或闲聊。巡游各处还会收集到一些日志，了解游戏开发和角色人物的背景情况。
在废墟的住宅区附近还会遇到Billie Adams，如果当初没有杀掉她，并且你选择教会的立场，这时她会帮助你消灭敌人，否则就会对你举起枪管。赶到控制室找到超级电脑，这时要按照任务要求分别选择将程序上载给Illuminati、Templars 或JC Denton一方。如选择帮助ApostleCorp，他们希望你上载阿奎奈程序，将它与太阳神系统合并，使他们的文化和人性得到提升和进化。如选择帮助Illuminati，他们希望将阿奎奈程序上载到Illuminati的系统里，杀掉JC Denton并摧毁他的系统，这样他们将进入超前繁荣的光明时代。如果选择背叛并加入教会，Leo会要你摧毁JC的电脑系统。根据三个不同的立场和路线，游戏会有三个结局。完成程序的上载后离开废墟，回到自由女神像基座的大厅，根据任务要求保留或摧毁JC Denton的电脑系统，游戏至此结束。