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P>REFRESHER COURES
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P>游戏开始，Desmond老爸会带着玩家回顾整个系列到目前为止的剧情。主角一行人驱车来到一个洞穴，Desmond用金苹果打开了洞穴的石门，这里就是第一文明建造的神庙。Desmond捡起地上发光的方块，启动了神庙的设施，周围的一切变得模糊，回头看到老爸也变成了一个穿着古代服装的陌生人，Desmond意识到新的穿越又要开始了。
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亦既见止，亦既觏止，我心则夷。
环境重新构筑，现在主角位于奇异空间之中。此处为教学场景，玩家在此熟悉自由奔跑、攀爬等操作，本作的自由奔跑操作经过简化，玩家只要按着RT并推动左摇杆就能攀爬和平台之间跳跃。沿途空中暗杀两个敌兵，可以注意到，在暗杀的瞬间，时间有微小的停止。
A DEADLY PERFORMANCE
到达石门，Desmond的衣服也变了，现在我们将扮演HAYTHAM KENWAY，一位刺客，此人应该就是Connor的父亲。跟着刚才拍你肩的人走，进入剧院坐下，接头人会让你用鹰眼寻找目标，目标位于剧院右侧靠近舞台的二层。刺杀行动开始，跟着绿色的标志走，从后台绕到右侧看台，路途中会遇到撬门场景，先后转动左右摇杆直到找到适合的位置，最后RT撬开。来到目标背后的位置坐下，对方也知道我们的来意但却毫无反抗的意思，根据提示将目标暗杀，并拿走了对方胸前吊坠。一切看似滴水不漏的暗杀行动却被身边小侍从看到了，然而杀(和谐)人灭口这不符合刺客的信条，只是稍作安抚便匆匆离开了现场。没过多久暗杀就被发现了，剧院乱作一团，卫兵到处抓人，然而作为一个刺客，泰山崩于前而色不变，一路快步走到剧院门口，乘着马车离开这是非之地。
JOURNEY TO THE NEW WORLD
乘上开往新大陆的帆船，在船上能与船员们对话，并能跟船员下棋（其中一种为3连棋，另一种没见过）。跟着路标来到甲板，KENWAY受到几个水手的挑衅，干架准备开始。这里将学习反击这一重要的作战方式，持续按着B进入防御姿态，抵挡敌人的3次攻击之后可以按出拳攻击敌人X，接下来敌人会换人，这次就要学习反击了，在敌人要攻击的瞬间，头顶会出现红色的光标，此时按下B就能完成瞬间防御，并进入时间减慢的特写，迅速按下X就会发动威力巨大的反击。对手眼看打不过，只能无耻的掏出短剑，然而这也不会对KENWAY造成威胁。应对方法同反击，只需要把X换成A，KENWAY轻轻松松地把对方给缴械了。
最后船长过来劝架，事情才得以收场。一路跟着船长来到船长室，船长让你帮忙调查船上的事情，到晚上调查开始，与那些头上顶着绿光标的船员对话收集线索。在跟舵手谈话的时候，KENWAY发现船尾飘着一些桶，这些桶明显是船舱里的，回到舱内，根据提示使用鹰眼后找到木桶并调查。一段时间过去，某日清晨海盗来袭，船长命令KENWAY回到船舱，而舱内MILLS正在等待他。此人正是当日挑衅水手其中一人，他知道KENWAY在剧院的暗杀行动，海盗也是他招来的，目的就是为了KENWAY手上的钥匙—那个吊坠。暴风雨来临，现在KENWAY需要协助船员们作战，根据提示系缆绳释放船帆。接下来一道闪电击中桅杆，一名船员遇险悬挂在半空之中，KENWAY必须在30秒之内将其救下。救下船员后，KENWAY向远方的敌船，敌船已倾翻在波涛汹涌的海上。航行2个月之后，终于到达了目的地，爬上船首桅杆去眺望新大陆吧。让人想起了《海上钢琴师》的那句“America！”