首先，本文充满剧透，且严重剧透，若对此在意的还没通关的玩家不要继续阅读，若已通关，且对剧情很感兴趣，推荐仔细阅读。
网友walkinsky6分析：
第一次通关后确实有迷茫之感，料想中的好莱坞式大胜利结局没有出现，取而代之的是三个“莫名其妙”的选择。没有一个是完美的，Mass Relay都要被摧毁，主角都要死掉，Anderson都救不了，Citadel上芸芸众生都无法保存。也难怪很多网友喷剧情狗血了我们希望的结局是怎么样的？
经过所有人们的努力，Crucible（擎天炉）制造接近完成，主角攻入Cerberus（塞伯鲁斯）总部消灭Illusive Man（幻影人）并获取Catalyst（催化剂），在包括剩余的Cerberus醒悟人员们的帮助下，Crucible完成。然后经过激战，人们夺回了Citadel，无数舰队通过牺牲自己保护Crucible，将其安装在Citadel上，Crucible开火，将所有Reaper消灭殆尽。废墟中的人们起身欢呼，虽然损失巨大，但是却争来了希望。本来以为死掉的主角一行从Citadel的废墟中走出，故事划上了一个完美的句号。
如果有这么一个结局，玩家在通关之后会非常振奋。各种指责不会再有，如同观看完一个类似阿凡达的好莱坞大片一样。好评如潮，ME系列也算是获得了一个巨大的成功。
但是这是我们的看法，而制作人员们却看到了更好的结局，虽然一开始不会讨人们喜欢，但是却比使用一个俗套的好莱坞结局更适合一个史诗般的科幻巨作。
静下心来，体验完所有的结局后在慢慢思考，你也会发现：ME3的结尾三个结局，确实是让本作成为系列顶峰的神来之笔。
首先，我们从Reaper说起
从ME1到2，甚至包括3的绝大部分，主题就是：Reaper是不折不扣的大坏蛋，五万年收割一次有机文明的行为使得他们同我们形同水火，所以我们所有的努力都是要为了摧毁Reaper。
有机生命一定会造出比他们自己强大的机械生命
机械生命一定会背叛且摧毁他们的创造者
结论：有机生命一定会被自己创造的机械生命毁灭
解决这个问题的答案，就是Catalyst发现的Solution，就是Reaper们的真正目的：每五万年消灭一次发达的有机生命，将他们制成Reaper得以保存，留下较落后的有机文明并给他们腾出生存空间。从而有机文明才不会被自己制造的机械生命毁灭，才能繁衍后代生生不息，所以，Reaper们的努力，其目的却是和ME 1+2+3大多数游戏所灌输的相反的。也怪不得很多玩家一下接受不了，从而认为剧情狗血了。
总结，Reaper的目的是保证全银河中生命的延续。