本作的迷宫本分外，中，内三层，越深入迷宫内部，遇到的敌人越强。同时有上锁的区域，需要从迷宫的宝藏中获取钥匙才能打开；此外还有一些水位较高的区域无法通过。
迷宫中需要注意的几个要点：在迷宫中获得的开锁钥匙，在其他的迷宫也能使用；同一个迷宫内未必能取得所有钥匙；在其他国家的迷宫中也能取得钥匙；在有鬼神的入口处，柱子会与其他区域不同。
国家中生成的迷宫是随机抽选的，所以初期可能每个玩家遇到的迷宫都不相同，所以下面各楼层的迷宫没有固定顺序。
迷宫中存在两种宝箱，红色和蓝色。每次进入迷宫，红色的宝箱会刷新，其中物品每次都会变化。蓝色宝箱内有贵重品和机关，只能打开一次。
迷宫中的时间：时间用右下角围绕小地图的火焰来计算，全部消失则表示1个月时间的流逝。这时你可以选择离开迷宫或者延长探索，不过队伍中大限将至的队友的健康度会不断减少。
鬼神之祠：在迷宫深处存在鬼神之祠，必须解决鬼神才能突破结界。同时以一定条件解决鬼神，能让鬼神净化升天，回城后即可选择她进行交神。解决条件可以参考另外一篇攻略：《跨越我的尸体2》全部神明解放条件
游戏初期的大致流程：下面这段为主线・序章开始有一段很长的片头动画，途中会要求按键操作。
・回到宅邸后，开始探索迷宫。迷宫的一些设置参看上面的说明。在探索迷宫期间会出现百鬼祭事件，任务要求是击杀“根の子参り”最深处的晴明。（初期一直左侧贴边走，进入最深处的洞穴）
・解决晴明得到
第一个祭具。触发剧情。田鹤姬会带着船只登门拜访。此时出击即可进行
远征。
・远征到达其他国家，先探索迷宫提升一族的能力。
・第二次进入百鬼祭り时，与最深处的潮丸战斗。必输之战，结束后剧情，交神间开放了夜鳥子转生。
・带上夜鳥子，等到下一年的百鬼祭再次与晴明战斗。胜利后回城。
・田鹤姬再次到来，远征增加新区域。
富士見ヶ原注：本关的特殊路障为水门，在龍吐橋。找到钥匙打开水门后，河川的水位会下降，玩家才能通过。
天门开，詄荡荡，穆并骋，以临飨。 外层（不帰の森入口、不帰の森、不帰の森出口、龍脈洞）
・刚进入迷宫就能看到面前有条河川，需要去【龍吐橋】打开水门河水才会退去。这条路是通向【不帰の森出口】。
・一直往北面走，干掉雷电五郎就能抵达龍吐橋。（上图）
中部区域：（龍吐橋、富士の洞窟、富士の滝、鬼神の森）・解决北面的雷电五郎到达中部区域。龍吐橋前方就是【富士の洞窟】，通过洞窟可以抵达两个区域【鬼神の森】和【龍穴渓谷】（需要钥匙）。
最深处：（龍穴渓谷、常盤の社）・龍穴渓谷很简单的地形，直达常盤の社。