小队存亡与任务成败都取决于指挥官
嗟万事难忘，惟是轻别。
最高可六个小队成员同时出击，慎选队伍组成以及携带的装备！
当然有指挥官，你也必须要有听从命令并且准确执行的士兵才行。在《幽浮：内部敌人》中虽然主角是指挥官，但没了这些在前线拼命的士兵，地球恐怕早已被外星人给占领。与传统的RPG或战略游戏不同，你的士兵永远都只有一条命，如果在前线阵亡了那就没有办法挽回了。虽然可以招募不同的新兵进指挥总部，但玩家士兵的官阶与能力都是分开提升，通常一个指挥官都会有一个最喜爱的小组，但分散投资才是聪明的选择。因为你的小队可能会在上一个任务中受伤，导致下个任务无法出勤，这时候如果没有替补的小队人选，将会替任务加上许多不确定因素。
任务完成回报，将会告知指挥官士兵的情况，KIA代表任务中阵亡，而Wounded则是受伤必须休养。
要如何让过关结算时所有评价都拿到绝佳，就是要考验指挥官的能力了！
士兵在出过任务晋升之后，将会决定他们作战的喜好与风格，分为“突击”、“支援”、“狙击”与“重型”四种。“突击”风格的士兵善长近距离作战，可以移动后开火或者二次开火，在短距离内能够快速输出大量的伤害。“支援”兵则是可以强化医疗喷雾的功能，并且在选择技能之后可以获得超高的移动能力，在战场上也能用烟雾弹来遮蔽敌人视线，能够迅速的在战场就位提供医疗或者适当的援助。“狙击”的能力很受限，移动后不能开火也不能进入警戒状态，但长距离的射程与超优秀的伤害力，让这类型的士兵成为队伍中最具威胁性的人物。“重型”士兵则是使用重机枪，善长火力压制与使用爆裂物，爆裂物威力很强又可以轰倒敌人的掩体，但爆裂物同时也会摧毁敌军身上的资源导致无法回收部份素材。真正优秀的指挥官将会依照自己小队组成的成员，来决定自己任务的执行方式。
不同类型的士兵都会有不同的技能，记得要慎选适合自己指挥方式的能力！
除了这些特色之外，每个士兵玩家也可以进行自订外观，从种族、语言及语音、护甲外观与颜色等，众多的自订要素以及各式各样风格的士兵，让每一个XCOM的指挥官都有不同的指挥风格与小队成员。
可以依照玩家喜好来自订士兵，这些自订选项并不会影响任何能力
优秀的指挥官将会内外兼顾
当然除了外在侵略的外星人之外，身为XCOM的指挥官还必须应付基地内的事宜，除了要想办法筹措研发资金、招募新兵、部属资源之外，还必须进行科技研究与建造。就如同战略模拟游戏一样，《幽浮：内部敌人》也有着独树一格的科技树，建造不同的设施就能获得不同的效果与科技。除了建设之外，身为维护地球安全的XCOM指挥官，你也得跟政客打交道。这些参与XCOM计划的国家就是我们资金最主要的来源，每个月都会进行一次会报以及拿取该月的资金。
所有计划成员国，下方就是该国国内恐慌的指数，发射更多卫星将可以增加每个月的计划资金收入。
建设不同的科技设施，才有办法稳定的营运指挥总部与应付外在威胁！
除了建造科技建筑之外，也能利用玩家在战场上收集到的物资来进行科技研究，新的能力或者装备都必须仰赖这样的研究才有办法完成。
但这并不代表这些计划成员国是免费拿钱给我们花，玩家如果想要维持该国对XCOM计划的信心，就必须要利用行动来赢得支持才行。玩家可以建造卫星连结，借以在该国家上空发射卫星监控外星人活动，这样就能获得更完整的情资。在玩家利用卫星扫描地球上的外星人行动时，有可能会同时出现三个国家内有外星人活动。三个不同的任务将会在三个国家内同时发生，玩家只能选择其中一个任务进行，受到关注的国家就会降低国内的恐慌值。当然受到玩家忽略的国家，在国内对外星人的恐慌就会提升，如果某个国家的恐慌到达极限，他们就会退出XCOM计划，而退出计划的国家就没有办法再用任何方式重新让他们加入XCOM的成员之中。
加拿大由于国内恐慌过高，已经正式宣布退出XCOM计划