本作的世界观背景是由Z1的世界UCW和Z2的世界ADW之间由新时空震动合为一体后产生的，两者虽然刚融合时出了一些问题，但经过4个月的协调，基本达到了不错的成绩。
顺便一说，Z3中的公式设定是Z2原作路线，皇帝鲁鲁修名字的出现就证明了这一事......为夏莉，罗罗默哀一下。
这样的世界，剧中迎来的耗费时间最长（60话的前57话都围绕着这个问题），也是最大的问题就是被称为Eternity Flat（永恒的静止？如此翻译？）的地球圈生理时间减速。
根据游戏记载，当其完成的时候，地球圈所有生物内的绝对时间就会停止，老化会停止，人不会自然衰老的同时，新生儿的生产与孩童的成长也会停止。
其后果，在游戏中一些博士预见了因为动植物不生长生殖导致的粮食荒，不过既然绝对时间静止了饥饿感也可能消失了。
另外，对于游戏中的人类世界来说，永远的停滞意味着可能性的完全死灭，由于死亡本身不会自然来到，孩子也不会出生，人类将会步入缓慢衰退轨道的事已经确定了。
造成这一事件的现象是由于Z系列共通的大问题，一直以来不安定，而且产生时空震与时空震动的次元境界线缓缓的开始固定，在完全固定的瞬间，Eternity Flat便宣告完成，Z3的地球圈与外世完全隔绝的世界就这样诞生了。
虽然听起来好像很玄乎，但是在机战Z的参战作品里，有许多与此现象有关系的版权作品
完全封闭的世界，与BIG ONE中的城市，EVA的补完计划，反螺旋族的螺旋族封印手段，螺旋王的寿命，鲁鲁修作中的阿卡夏之剑以及创圣Evol中的阿鲁迪亚界都有着说不清理还乱的关系，某种意义上这些都有Eternity Flat的影子
特别是创圣Evol中的阿鲁迪亚界就是因为女性死绝，无法出产孩子而想到去别的世界抢妹子这样的奇怪方法......不过在全世界都迎来衰退的死亡方面是完全一样的。
同时，无法成长就意味着人类失去可能性，这与高达UC系世界中的中心轴，为了进出宇宙的人类进化，以及其可能性的完全对立。
以独角兽中的说法，Eternity Flat的完成就意味着人类心中名为可能性的神明完全消失，这自然是包括巴纳吉，阿姆罗在内的人所完全不想看见的。
但是，就算解决了Eternity Flat，也会带来新的问题，游戏中，Z2所提及的”一切智慧生命体的敌人”巴阿鲁已经靠近了。
在包含了Invader（盖塔最后之日的敌人），宇宙怪兽（飞跃巅峰），以及具有同样或以上力量，目标是歼灭人类的反螺旋族（天元突破的大boss）面前，区区一个地球的力量实在太渺小。
作为参考，Invader在盖塔最后之日的最后一集使木星太阳化，吞噬冥王星，保有大量的3L级单位。宇宙怪兽则是小则百米，大则12000公里，具有超空间航法与亚光速战斗能力，捕食恒星，以十亿个体为一个部队单位的怪物群。反螺旋族则是拥有空间支配能力，其怪物般的能力看过天元就能了解。
Eternity Flat带来缓慢的衰退的同时，由于次元境界线的完全固定，这些人类的敌人所保有的超空间航法将会无法以地球为目标，也就是说，地球圈将不用担心这些怪物的袭来，虽然缓慢衰退，但是不用被立刻毁灭。
于是，游戏中产生了一个重大的矛盾：是迎来缓慢的衰退死，还是打破时间的牢狱，与巴阿鲁等敌人正面对抗呢？
正面对抗的胜率近乎绝望，而时间的牢狱则代表缓慢的死亡。
这是游戏的中心主题思想，二律背反的前进方向，顺便主角的宝玉“重合的双子”的催动感情也是需要两种相反的感情。
在游戏的最后，以阿克西斯为大特异点与中心，夏亚为小特异点，举行了全人类的总意投票——内容很简单，到底是要打破时狱，还是维持时狱，由生活在地球圈的人们的总意所决定。
人类的总意与选择，将透过GN粒子的波动，歌之力以及次元力的增幅，集中到阿克西斯这一中心点，重造次元，修复时空，成为决定世界走向的道标。
在缓慢落下的阿克西斯下方，我方所有的机体彼此合力支撑住阿克西斯的下落，为世界上全人类的选择争取时间，精神感应框架的全开，歌能量，GN粒子的全域散布，无限拳包容与支撑住其他机体，世界各地的ZONE同时增幅思念，超级系们全力的推动阿克西斯，在这其中，也有新吉翁军的影子。
最后，心之光笼罩了阿克西斯，使得阿克西斯完全粉碎，同时，全民投票的结果便是——打破时狱，打倒袭来的外敌。
最后两话，与其等待敌人的袭来，我方部队则总力出击，以超银河大红莲为旗舰，势头犹如当年的银河中心突入舰队，前往反螺旋族的大本营，展开史上最大的干架。
其结果，于最终关战胜了反螺旋势力的主角们，听到了更为惊人的事情，所有人们以为拥有使地球灰飞烟灭的巴阿鲁，在即将到来的根源灾厄面前只不过是琐碎的事情，而打破时狱的人类，真正将要面对的敌人就是这些。
回到地球，正当所有人为战争的结束，以及即将到来的敌人担心的时候，他们已经自己找上门来了。
自称隶属于サイデリアル（sidereal，与黄道，占星术有关的名字，名字直接透露了宝玉的关系)之中，名为鬼宿的一派的原创系敌人，尸空出现了，驾驶着名为尸逝天，持有着“沉默的巨蟹”宝玉的机动兵器，向着刚结束战斗的我方部队袭来。
根据尸空的描述， 双子座宝玉的前持有者，杰米尼亚势力也是サイデリアル中的一个派系，而这个组织，根据其名字推理的话，应该就是以与宝玉的12星座对应的黄道十二宫，每个位置，或者说派系便有一个高位觉醒阶段的宝玉的持有者的位置。
这里顺便一说，在Z2里，虚伪的黑羊艾姆曾说过“伴随着毁灭的使者，他们将会来迎接我！”，这个他们，应该指的就是サイデリアル了，也就是Z2战乱的幕后黑手，算起来也只是个连被サイデリアル挖角的资格也还在探寻中的菜鸟宝玉使。
以补给不足的状态战胜了尸空之后，对方却像什么都没发生一般离去了，明显留有余力。
同时，正在我方部队以为这一次终于暂且告一段落的瞬间，地球的次元境界线突然发生了巨大的异变。
次元的龟裂不断扩大，慢慢的，当扩大到有地球一般大小时，次元像是玻璃一般碎裂开来，整个空间被撕裂了，在裂口处所显现出来的，是一个与故乡如此相似的星体——第二的地球。
预告中，太极的猎手黑正树，带着虚伪的黑羊，无尽的水瓶，求知的山羊与另一个不知名的宝玉醒来了，目前登场的宝玉数也达到了确认8个，登场9个的程度。
在惊异与超展开的连续中，Z3前篇的故事就这样完结了，本作不少的地方都强调了矛盾与双重这两个关键字。
现在由主角持有的双子座宝玉“重合的双子”，双人驾驶，矛盾的感情，两种形态，两个地球，两种前进方向，前后篇的游戏，所有的谜团，希望能在后篇解决了。