首先为了避免更多的不解和困惑,没玩过1,2的请去玩1，2没看剧情动画的去看动画没看过漫画的去看漫画。而且本帖也有很多问题无法完全解释因为剧情就没解释清楚毕竟还要出续作,但我会列出待解决问题。
这里有到3代开始之前的大致故事剧情和背景介绍。
http://www.gamersky.com/handbook/201302/226474.shtml
HOKAY !
SO....
首先,三代继承二代结局。 泰坦空间站被毁后，艾萨克返回自己的家,月球殖民地。之后统一教造反,干掉了政府军，估计也只是殖民地政府军，
地球想颠覆还是很难的，有证据，因为被干掉的都是Sovereign Colonies Armed Forces,殖民地武装力量。所以，月球政府军被干掉了,统一教
准确的说是一帮疯子，他们自己也不知道MARKER是什么玩意，他们以为MARKER是人类文明进化的催生器，其实他们，猜到了一小部分，下文给你们详细解释。于是拿过来就拜,结果一靠近MARKER的大部分（注意是大部分,不是100%）都会出现精神错乱，之后内部组织和DNA重组，然后就出现了大家游戏里 用各种武器肢解的怪物了。这个原因导致了泰坦空间站和月球空间站两个殖民地的尸变，就是因为统一教把地球政府复制封印住的MARKER解开了。他们以为,他们“以为”One SOUL ONE BODY,就是被MARKER控制后人们就统一思想了，然后就实现人类整体的升华和进化，其实他们被MARKER所欺骗，MARKER只是把人类当做食物罢了。
本代剧情他们来到了冰冻星球, Uxor,这颗雪球星球，是早于人类文明两百万年前的文明，这个种族的人长得像蚂蚱，是一个非常宏伟浩瀚的文明，这里的智慧生物用生命去建造。 不过呢，他们和人类一样倒霉，他们也在自己的星球挖出了MARKER，蕴含着无限能量的MARKER，和人类一样他们也复制的很多MARKER，利用MARKER的能力来帮助自己。所以也就和人类一样他们发生了变异我想通关的各位都在最后几关见过外星人的变异体了。并且他们也将这些MARKER运往了自己的殖民地,后来这些被外星人复制的MARKER发生了什么没交代但可以假定已经被销毁，因为外星人最终致力于解决的是在他们母星的原始MARKER还有他们运送到母星的其他MARKER和复制品.所以这个民族很强悍，他们发现这种变异后，在自己的星球制造了一台机器，让自己星球发生了寒季变化，本来充满海洋的星球突然变成一颗冰冻星球，牺牲了自己的种族，换来了冻住MARKER变异，使MARKER变异到中级阶段,没有完成完全变异。 但是这台机器其实是用来彻底消灭MARKER的，但不知道何种原因最后没有成功设置好。大家在游戏中看到的那些无人的宇宙飞船和雪球上的人类军事设施,是两百年前地球政府派来远征军队来试图探索了解MARKER的, 当然靠近MARKER后军队内部发生变异还遇到了雪球上本来就有的变异体，这帮人什么都没搞懂,那个留下录音的死了的博士搞懂了所以让游戏序章一开始那个年轻士兵去取CODE那个圆筒来启动机器彻底消灭MARKER，结局失败了大家也知道被他的上司枪毙了,政府军由于什么也没搞懂,他们以为MARKER上是有病毒什么的东西害怕传染出去或者病毒被带到地球，为了防止变异蔓延启动了终极方案,特种部队杀光所有远征军的每一个人包括雪球上的军队和雪球轨道上宇宙飞船里的所有人，然后集体自杀。两百年后的现在,主角一行人来到这个雪球，他们以为这个雪球是MARKER老家只是因为这里有很多MARKER的复制体和分身,其实他们错了是这群蚂蚱人发现THE MARKER是灾难后把他们发现的所有THE MARKER聚集到自己的母星。然后MARKER用意念操控让艾萨克一行人错以为需要关闭冻住MARKER的机器，后来艾萨克发现实际不是关掉是需要设置好彻底消灭MARKER，而设置机器就需要CODE就是那个圆筒。 期间穿插着统一教这边白痴们的捣乱。最后艾萨克为了英雄救美让统一教主关闭了机器，破坏了机器的功能，但艾萨克最后利用机器剩余的能力又从新开启的机器冻住了MARKER阻止了变异蔓延。
咱们必须详细谈谈THE MARKER这个东西。就是游戏中那个黑红的尖顶柱子，神印。 毕竟她是关键所在。
现在我所收集的材料来看,从统一教的方面可以收集到真正关于MARKER正确的观点是MARKER很有可能是更早之前宇宙中一个强大的种族埋植在地球里，MARKER促进了地球的生物第一次变异,促发了人类文明,就像是促发3代中外星人文明出现和变异的MARKER一样。所以也就是说很有可能这个最早的强大的种族在很多可发展的行星中植入THE MARKER促使 这些行星育发文明,让这些文明发展到足够广阔，巨大，臃肿，遍布宇宙,使自己都无法控制自己的体系,然后很可能THE MARKER通过精神控,或者诱导（THE MARKER中含有极强的能量来源,会让这些文明所吸引,就像核能），制使这个文明自己对其进行复制,分发到文明的各个角落,然后MARKER爆发病毒感染,使文明的自我保卫体系崩溃,最后一步就是将这些文明当做食物来进行收割。非常像现在咱们人类养鸡的过程,只不过这回人类成了笼子里的肉鸡。
当然收割过程似乎并不是一贯的顺利，例如这个外星种族,这群蚂蚱人制造了这个小机器造成了一定量的麻烦,当进程到第二部变异的时候他们把整个过程冻住了,他们的机器可以彻底阻止THE MARK运作不过没有设置完成，原因不明。我想也就是吸取了经验后这个宇宙中古老的种族才让THE MARKER协助创造了统一教这个东西,先让人类从内部瓦解之后更容易进行收割。
到目前为止未解决问题
1---- 人类或者雪球上的蚂蚱人们为何复制MARKER,并把MARKER分散到自己的各个殖民地。现在的推测原因一个是MARKER释放出足够强的力量来吸引人类想去利用MARKER这股力量，因为之后人类政府又以研究的名义把复制的MARKER分发到各个殖民地。还有原因可能是被MARKER操纵思维后复制的，就像操纵统一教，这就为了MARKER到后期收割人类文明做了帮助。
2-----既然如雪球上的外星文明所说他们制造的机器可以彻底消除THE MARKER的威胁为什么几百万年前他们没有成功?
3-----到底是什么种族在背后控制着THE MARKER