第一幕：西雅图，华盛顿
动画结束后，在卧室里的桌前通过全息通讯仪与塔尔苏斯学院的主管Leila Nassif通话，接到寻找地图的任务，然后打开身后破损的箱子找到一张数据卡(datacube)，它在游戏中储存着任务目标，提示信息和地图等数据，按N键切换出信息菜单。这时收到新任务，到454号房间会见芝加哥的老同学Billie，离开房间前在架子上拿望远镜，桌子上拿口香糖。
往前离开厨房来到走廊看到一名守卫跑过来，却在轰然巨响中倒下了，从尸体旁拾到弹夹，经过路口往左往454号房，用门左对讲机朝房里通话，进入房间与Billie Adams交谈，从她手里拿到电梯密码。与她再交谈几次能了解一些背景信息，卧房的冰箱里能找到食物。退出房间到右边走廊，调查左边的新闻终端(Public News Terminal)，里面报道了方才的骚乱，往前与电梯前的守卫对话，然后乘坐电梯来到娱乐区。
与走廊左侧窗户里的Leila对话，然后去寻找Klara和Leo。往前走到楼梯口不要下去，左转在饮水机附近找到Klara，交谈后到左边的健身房找跑步的Leo谈话，结束后发生巨烈的震动，在紧急警报中收到Leila的通讯，接下来去训练室寻找装备。离开上层跑道下楼梯，在蓝球场会发生一声爆炸，沿走廊穿过去找到更衣室，打开锁住的柜子拿到自已的装备：手枪、药包、警棍，别的柜子还可拿到食物、香烟和机械蜘蛛，锁住的用找到的电弧刀割开。
离开更衣室与守卫交谈，得到消灭希克人(Seeker)的任务，他就在球场右边的柱子后面，杀掉后上楼梯返回到办公室与Billie对话，接下来前往生物实验室，她建议从寓所房间寻找隐藏的通道。乘坐电梯回到公寓区，步出电梯在地上找到一具守卫尸体，拾起弹夹、手枪、闪光弹，与另一名守卫谈话得到消灭希克人的任务，往前将敌人杀死后拿弹夹，进到Klara和Leo的房间拿食物补血，在452房间的通风道里找到电弧刀。回到451房间Billie接通了电源，使主角更清楚看到外面的情形。从冰箱里拿到食物，由浴室的墙洞钻出去(C键)找到梯子爬下去，往前攀上平台(按住空格键往上)进入生物实验室的大门。
往前到桌子上找到全息通讯仪与Leila Nassif通话，然后从打开的柜子里拿到生物制剂(Biomods)，用B键可切换到技能界面，使用生物药剂可以增加主角的技能，如光(Light)能力可以看到黑暗中的物体，腿(Leg)能力可以增加主角的潜行技能。搜索实验室找到一些补给，从数据卡中了解到一些背景信息。
来到另一房间与女科学家交谈，然后往右出门要小心应付外面的监视器和枪塔，它们高悬于左墙的头顶，蹑足(SHIFT)贴着左壁走过去，上楼梯与两名科学家谈话得知有更多的恐 怖分子潜到实验室。这时会有两名敌人从楼梯冲上来，迅速将枪支装备到手上将之击毙，然后与科学家对话可得到消音器(silencer)，使用V键切换到道具菜单，枪支切换到武器菜单将之装备到枪械上。搜索一下实验室找到能量电池、红色数据卡。在屋角的冷冻箱里有一罐生物制剂和药包，可将炸药箱子移到旁边引爆，或者用电弧刀将柜门割开。
在墙边找到一条通风管道穿出去，往右出门是一条走廊，右转有一道电栅屏障，里面是方才保护科学家的房间。往左转到实验室有名敌人，直接射杀或射漏地上的毒气桶来杀死他，二层控制室还有一名，用枪射杀。在左边有台电脑可用黑客技能解除掉监视器，并释放出屋子里的机械蜘蛛。穿出这个房间上楼梯到二层，在出口附近利用全息通讯仪与Lin-May交谈，得到提示前往西雅图教会汇报这里发生的事件。
乘坐电梯来到上层市中心，与前面的两名守卫交谈得到向WTO汇报的任务，经过检查点往前走收到来自Billie的通讯，她建议主角不用理会守卫的任务，接下来她打开了Nassif博士寓所的大门。
在城市上层区域主角可以自由活动，往前Pequod咖啡馆找老板谈话，他要求主角帮他对付竞争对手，想办法切断QueeQueg咖啡馆的咖啡豆供应。离开咖啡馆往右转下阶梯，在一堆箱子旁遇到一群匪徒，对话中他们会索要买路线，这时可选择给钱或打上一架，战斗中可以将他们引到走廊的守卫那里，守卫会拨枪替你解决掉。杀掉匪徒后由箱子补充装备，回到大厅找到标识有地铁站和夜总会的楼梯口，上去后与一名女子对话，然后找到有“Old Seattle Overlook”的路口上楼梯，避开监视器往休息大厅的右边座位上找到电弧刀，右边的玻璃窗可直接打碎(会触响警报)，也可用玻璃破坏剂来开，从里面拿到电弧刀。
来到地铁站与神色不安的售票员对话，得知这里的票价上涨了五倍，手头拮据的话不用买票，折回到休息室找到排风管道爬进去。钻出管道在一条走廊上杀死三名匪徒，打开柜子找到安全钥匙、电棍等，进入办公室用墙边柱子上的开关解除掉楼梯口的光栅，然后用钥匙打开尽头的铁门回到候车大厅。
由楼梯上去来到WTO总部，在大厅与长官交谈几次，然后往右拐入走廊，与玻璃窗里的Klara对话，然后进入对面的首长办公室，往左边是Donna Morgan的房间，使用桌上的全息通讯仪与Donna Morgan对话，接到调查文化部长在翡翠住宅区的棚屋(Emerald Suites)的任务。从桌子下拾到电弧刀离开屋子，然后到对面房间听市长的谈话，等他出屋后交谈接到一个支线任务，寻找夜总会的帐薄，听说它藏在楼上的办公室里，完成的话可得到500金的报酬。在离开前搜索一下房子，用电弧刀打开柜子拿到一些补给。
由地铁站返回到市中心，按照广告牌的指引找到Vox夜总会的入口，交给右边的看门人100块钱就可以进去了。在舞厅里找到那个文化部长(minister of culture)，接下来是如何潜入他的寓所，与旁边跳舞的Lionel谈话得知他有翡翠住宅区楼梯间的钥匙，如果主角是女性则花费300块购买，身上有电弧刀的话可以省下一笔费用。
由楼梯经过舞台一直上去，到舞台对面的看台找老板谈话，这位夜总会老板要求你去刺杀Lawyer，住在套房2226号房间，完成的报酬是300块和夜总会贵宾会员资格。到走廊尽头听Bud Puckett与领舞者Sim的全息影像(NG)对话，等他走后上前与NG对话几次，接到调查俱乐部VIP区的任务。在离开前到台球室的吧台上拾到100块，货架一角还有电弧刀。
离开夜总会前往翡翠住宅区，与更夫janitor谈话可购买前往文化部长房间或其它房间的钥匙卡，或者从夜总会的Lionel那里购买钥匙，钱不够的话直接进入他身后的门，用电弧刀将门打开，或者由坏掉的电梯间的梯子爬上去。来到文化部长的房间调查厨房，架子上有电弧刀，在里间是个棚屋有防御装置，学会黑客技能的话可利用左边的电脑将激光解除。射爆地上的机械蜘蛛，往左边到台球室的架子上找到一张数据卡，得到前往储藏室的密码。上楼梯避开监视器跑到下一房间，在衣柜里藏有一台电脑，用它可打开密室的大门，在楼下得到密码的话可以直接打开，进入密室从桌上找到一张数据卡，读完后用全息通讯仪与Donna Morgan对话，按照提示前往WTO总部会晤。
接下来完成一些支线任务，打碎房间玻璃罩拿到能量刀，按原路回到住宅区的大厅，在楼梯间找到通风管道爬进去，这里有两个出口，到达其中一个会收到Billie的通讯，下面就是她提到过的Nassif的房间，在厨房找到一些食物，进入卧室在桌上找到一张数据卡，阅读后从箱子里拿到生物制剂。沿通风管道爬回去往左转到另一出口，下面是商人的房间，跳下去迅速杀掉他，到卧室的衣柜拿到电弧刀和100块钱，在枕头下面还藏有一把毒刀。
回到走廊到2226房间门前，假称是David Kurczec的手下来购买武器的，进去与Lawyer的对话如下选择：①“I represent your new supplier. Mr. Kurczec is dead”。②“Mr. Kirkpatrick also requests a good-faith payment, to help the operation recover”。这样能从他身上诈来200块，再告诉他自已的真正目的，这时Lawyer会出价450块去刺杀夜总会贵宾区的奥马尔(Omar)商人，可以选择接受他的任务，也可以按夜总会老板的要求将之杀掉。杀Lawyer是一个较好的选择，不但可向夜总会老板领取赏金，日后在各地碰到奥马尔商人购买装备还会有折扣。只是这里打手众多不宜直攻。到外面上楼梯到楼顶，杀掉一只机器人用墙上开关解除天窗的防护，开枪由天窗将Lawyer射杀，然后到房间搜索一些补给，包括来复枪、手雷和金钱，完成后回到夜总会找老板谈话得到赏金和贵宾卡。
接下来完成市长交给的任务，在二层舞台边缘找到有密码锁的门，由左边到栏杆处攀爬到有扩音喇叭的二层平台，从地上拾到电弧刀，打开旁边的天窗跳到排风管道里拾到另一把电弧刀，往左穿出去是一间储藏室，到走廊左行右拐是老板的办公室，破门进去在架子上拿到地下室的钥匙，在桌上找到数据卡，桌下还有SMG枪，用电弧刀打开墙上保险箱拿到财政资料和一些金钱。
回到夜总会二楼攀到有喇叭的平台，往左跃到相邻阳台来到贵宾区，在休息室找到奥马尔商人，这时可选择杀掉他回去找Lawyer(他没死的话)领取报酬，或者不杀他以后买东西时会得到半价的优惠。要得到奥马尔的购物优惠资格还须替他做一件事，到夜总会的地下室搜寻有关变种生物的资料。所以建议先完成市长的调查任务，顺便找到地下室的钥匙。
离开贵宾区一直走到楼梯口前右转找到地下室入口，用电脑解除走廊的激光线，在地下室里的箱子上读取数据卡，然后在房间搜索一下补给。回到贵宾区找Omar谈话便可以半价交易装备，包括武器配件、生物制剂和枪支等。在将这里所有支线完成后离开夜总会，由地铁站来到WTO总部，将调查的情况向市长汇报得到500块赏金，然后到Donna Morgan的办公室得到往城市下层酒吧聘请飞行员的任务。
回到城区下层找到解决三名匪徒的那个路口，往左边的大门进入工厂区。在不远处有位女厂长在和工人谈话，过去偷听得知由于工厂发生毒气泄露的事，工厂如今已被封闭，得到清除泄露毒气的任务。
前面的门不用进去，里面有机器人看守着，在墙上推开木板找到排风通道钻穿过去，出来后跳上箱子跃到上层，由此往前进到办公室，从架上拿到100块和电弧刀。穿过旁边的排风道来到毒气泄漏的车间上方横梁，沿横梁过去在右墙找到第一个排风通道钻进去，落下去与门边的技师交谈得到维修机器人的密码，进入泄漏的车间马上往右转开门进去，里面的机器人自动出来修复泄漏点，这时回去找那名女厂长领到100块的赏金。返回方才毒气泄漏的房间乘电梯来到西雅图城市下层。
走下电梯到尽头的垃圾箱找到电弧刀，由梯子爬到井下找到药包等补给，返回走廊用电弧刀打开大门来到城市下层贫民区。出门听一对男女正在谈话，往门左角落找到电弧刀，远处的垃圾箱里可找到弹夹和面包。打开旁边地上的井盖由梯子爬到下水道，杀死下面两只怪物找到奥马尔商人的尸体，在附近搜索一些装备和150块钱。
回到街道由南边的楼梯上去，在胡同里遇到两名奥马尔商人，如果之前在夜总会完成商人任务的话，在这里可以买到折扣的东西，如果还没学会黑客技能可在此购买黑色生物制剂来学习。
QueeQueg咖啡馆在街道尽头，跳上垃圾箱由通风管道跳到咖啡馆里，在吧台找到钥匙和200块钱，然后用刀或枪将墙角堆放的咖啡豆箱子破坏，完成城市上层酒吧老板的任务，回去覆命可领到300块的赏金。开门离开咖啡馆，打开街道对面建筑的大门进入教堂，这时会收到Billie Adams的通讯，然后上前那一对希克人男女谈话，再到讲台上与全息影像图里的Her Holiness对话，她建议你去找Lin，这时往右边的房间里通过全息通讯仪与Lin-May Chen通话，得到寻找长官Lamar的新任务，临走时用刀割开箱子拿到一些装备。
回到教堂大厅走另一侧的门到地下室，里面有两只机械蜘蛛，可利用黑客技术启动房间的枪塔消灭它们，到前面找到医师机器人疗伤，附近还有一些装备可拿。离开教堂回到起初的街道，进入标识有“The Greasel Pit”字样的门，进去后武器会被锁住，沿走廊进去找Sandy和Sid Black谈话，得知Sid 拥有一架飞机，被维修的Sophia Sak长期霸占着，如果能找Sak偿还债务，他将答应担任主角的驾驶员，于是接到寻获Sid飞机的任务。往前继续走找到一个有全息通讯仪的房间，与里面的Ava Johnson对话，答应她解救被WTO收去的直升机。完成这两个任务有两名驾驶员供选择，Sid要付出400块的代价，他会把主角降落到比较安全的地方；Ava是免费的，但会飞行比较复杂的路线，降落地点也比较危险。
出屋往前面走廊找楼梯下去，在地下室里的Bookie会与你打赌，建议在进地下室前先存档，然后选择一种怪物并押注500块，赢一次后退出这个区域再进，最多可以赢四次。而与Eddie交谈则接到一桩刺杀任务：到Heron's Loft区域的22号杀掉驯养的小怪物Gob-Zilla，完成的话可得100块赏金。
回到城区到右边找到Heron's Loft的住宅区大门，这里的电梯坏掉了，由左边的梯子爬到一层，到21号房间与找QueeQueg咖啡馆的老板可领到支线任务：入侵WTO市长办公室的电脑，接受有关咖啡馆分区制的提议，完成的话可得到300金的奖励。在行动途中还会收到Lin的通讯，她会委托一桩刺杀Sak的任务，与走廊外的守卫交谈，得知他在上层住宅区。接下来杀小怪物，方法有多种，可爬到窗外射杀，可由电梯下面的通风口潜入杀掉，也可用电弧刀直接破门而入。
由电梯间爬到住宅区二层，在进入前先射杀走廊上的守卫，避开监视器往右跑找到电脑终端将监视器解除掉，进入守卫宿舍有四只箱子的东西可拿，在对面的屋里找到SSC守卫和Sak将之杀掉。然后由走廊的门到户外平台，杀掉平台上下的守卫，进入机库面对大量的敌兵，建议埋伏到下面的通道，里面的机器人可将炸药箱子扔下去引爆解决，然后伺机上去爬到二层平台用电脑解除掉监视器和枪塔，将守卫清除后到二层的房间弹药库拿装备。将敌人清理干净后即可完成Sak委托的刺杀任务，也可解决飞行员Sid的债务问题。回到Greasel Pit向Sid汇报解决债务的消息，他和你约定在机库见面。接下来执行Lin的寻找叛徒Lamar的任务，返回往工厂的电梯区域，杀掉里面的敌人由电梯返回工厂区，往前走收到Lin发来的讯息，要你前往办公室偷听Lamar的谈话以收集他出卖教会的证据。按原路到办公室偷听两人的谈话，与之交谈后将两人杀掉再阅读桌上的数据卡，Lin通知你到教堂将发现的情报汇报一下，在回去之前先完成几个支线。
回到西雅图上层到咖啡馆向老板领取摧毁咖啡豆的300块赏金，然后由地铁站往WTO总部的市长办公室，通过电脑终端接受QueeQueg咖啡馆的建议书。如果选用Sid做飞行员可回到下层，向教堂汇报并向咖啡馆老板领取300块赏金。如果选用Ava则要完成WTO的拯救任务。
乘坐电梯到机库，在大门前收到Ava的提示讯息，为了飞机的安全起飞要解除地对空导弹发射器的电力并点亮机场的灯塔。开门进入机库上阶梯，前方是直升机的停机坪，往左边跳下去找到控制塔的门进去，里面的箱子有增加破坏力的武器配件，由排风通道到补给室，用里面的电脑破坏南部导弹的电能，地上还可找到储藏室的钥匙。退出来到停机坪的另一侧储藏室操作电脑解除北部导弹的电能，然后返回到控制室操作控制台启动灯塔的电力，Ava提示在直升机上见面。
在完成两名飞行员任务后就可启程前往Mako了，Sid会降落到目标地的屋顶，而Ava则会降落得远一些，下面只列出Sid线的解答方法：在屋顶不要进入那道门，往一侧跳到绿色的棚顶，沿壁檐往前看到卫星接收仪，由右边的排风通道潜入建筑物内，在会议室阅读桌上的数据卡得知生物实验室的密码，这时会接到教堂和WTO两条路线的任务：行刺携有Mag Rail设计程序的科学家和寻获新研制的Mag Rail武器。
走到门边观察对面的门是生物实验室(Biolab)，等走廊的守卫离开，开门出去避开监视器往左走，沿右侧的楼梯下去找到维修通道(Service Tunnels)的门，进去沿楼梯下去在房间里找到武器实验室(Mako Weapons Lab )的密码。
往前的通道有两条激光线，用地上的排风道可以潜进去，杀掉一名巡逻的守卫，往前在左侧有紧锁的铁门，由旁边屋子的梯子爬到储藏室拿到狙击来复枪，用手雷将外面的机器人炸掉，或用右边的电脑将机器人解除掉。沿走廊过去回到原来的会议室藏身，出会议室沿左边的走廊潜行过去到警卫室(Guard Station)，用密码打开左边的铁门进入武器实验室，在里面与Patton博士谈话，得到启动武器程序的任务，照他的话做可得到Mag Rail武器完成WTO的任务，或者直接杀死他逃跑完成教会的任务。
在完成武器实验室的任务后接到新的指令，到生物实验室寻找Nassif's博士的下落。进入实验室的大门乘电梯上去，在第一个房间与两位女科学家对话，在实验室大厅左侧有守卫，往右侧潜过去利用电脑将X07号门打开释放出研究生物，守卫会被引诱过去被怪物杀掉。上楼梯到警卫室阅读数据卡得到办公室密码。进入办公室与科学家对话，然后搜索房间拿补给，包括电弧刀和生物制剂，将黑客技能升到3级。在里面的房间使用全息通讯仪了解有关Nassif的情报，这时接到下一步前往开罗的任务。
接下来要返回会议室，由排风通道到屋顶与驾驶员会合，告诉驾驶员目的地启程前往开罗。
第二幕：开罗，埃及(1)
由机库进入生态建筑(Arcology)的走廊收到Donna Morgan的通讯，要你去摧毁Leila Nassif'博士叔叔的温房，但这一点违背了WTO关于食物生产的规则，温房位于住宅区的西北角。如果在Mako没有完成教堂刺杀科学家的任务，这时会收到Lin的通讯，要你到清真寺向Billie Adams汇报情况。由机场的候机大厅沿斜坡到上层乘电梯到107层，与QueeQueg咖啡馆老板谈话接到贿赂NG经纪人的任务，使之手下的NG成为咖啡馆的形象代言人。与角落的NG交谈，得到搜寻这里官员腐败线索的任务。
离开咖啡馆往前在地上找到一条下斜通道，由此进入设计维护区(Nanoformer Programming Maintenance)，左转到尽头由电梯到南麦地那，进门往左是往清真寺，往右是前往Nassif'的温房。先往左走到清真寺外，Pequod咖啡馆老板同样要求你去找NG作形象代言人，如果完成这个任务可买到生物制剂。
往北麦地那与Sheriff交谈得到清真寺地图。进入清真寺会被解除武装，在大厅看到Billie和Saman正在交谈，与之交谈人她建议你找奥尔马询问有关11号瘟疫的治疗方法，他们在北麦地那的东部。
跟随Saman到办公室与之交谈得到更多的背景信息，柜子里可找到武器配件和金钱。然后到寺庙里的地下室房间寻访受瘟疫折磨的病人，屋里还有只医疗机器人，与医师旁边的妇女交谈，她拜托你入侵塔尔苏斯学院的电脑输入她女儿Mina的名字，好让她接受良好的治疗。
由清真寺的另一出口往北麦地那，往左边进胡同遇到一名小贩，继续走在上面的住宅区找到Leo，与之交谈会接到往生态建筑调查教会武士内部间谍的任务，他建议你到107层找通道潜入塔尔苏斯学院。与旁边的奥马尔人交谈接到两个任务，一个是接续教堂任务，前往24号机库寻找有关瘟疫的证据。另一个是提醒在110层电脑终端的女人可以帮助你打开24号机库的通道，然后可向他购买装备。返回清真寺门口往另一侧的楼梯上去，到中部庭院找到一道铁栅门，与里面的Harvester交谈得到往社团住宅区(Corporate Suites)刺杀守卫队长(Security Chief)的任务，以得到唯一的生物制剂。
在住宅区的上层尽头找到标识有“Nassif”字样的大门，在屋子里与Maskini Nassif交谈得到WTO方面的两个任务，一个是前往调查塔尔苏斯，一个是往生态建筑107层调查Eeva学校的学生失踪事件。在住宅区的顶部是一群教会武士的居住地，将拐角的木桶移开由排风通道潜进去，在寝室杀掉守卫读取数据卡得知密室的密码。
返回到麦地那南部前往温房，在路上会遇到匪徒的勒索，给他150块或杀掉他。进入温房区域收到Donna Morgan的通讯，提醒你破坏滤水系统或者改编自动化程序来破坏温房。前方有枪塔和监视器，往右另入仓库解决一只机器人，将炸药箱子扔过去射爆。前面通往过滤室的门被锁死，上楼梯阅读通讯仪里Maskini的来信，并利用黑客技能用电脑将楼上的防御解除，上楼来到走廊到寝室床上找到数据卡，得到温房控制电脑的密码，从箱子拿装备。沿走廊过去打爆头顶的监视器，然后操作电脑终端改编程序。第二个完成方法是到温房使用火焰喷射器摧毁种植物。第三个方法是用电弧刀进入过滤室，用手雷炸掉过滤装置。接下来按来路逃跑，在胡同里会遇到两名敌人的狙击，杀掉她们由电梯回到生态建筑107-108层。
在107层找到教会武士征兵处(Templar Recruiting)，注意在后面墙上有个排风通道。上楼梯往塔尔苏斯学院在左边找到另一个排风通道，钻进去破坏光栅并杀掉机械蜘蛛，爬到通道尽头偷听征兵处的两名士兵谈话，得知他们准备去麦地那北部抓捕奥马尔，得到保护奥马尔的任务。到108层找到ATM，等守卫走开用黑客技能拿到600块，往前到警卫室杀掉守卫打掉枪塔，进入里面的房间从壁柜里拿到生物制剂。
由107层前往塔尔苏斯学院寻找失踪的学生，与前台的接待员对话，读取旁边的数据卡得到学院的地图，由左边的门进入走廊，往右转到接待前台的里面，使用墙上的电脑终端接受Mina Ameer的入学申请。
来到校长办公室与Silas博士谈话，然后在房间里地上数据卡找到一个密码，注意小旗后面有个键盘是开启校长密室的。在墙上有电脑终端可以解除附近的监视器、枪塔并打开保险箱。离开办公室往前到实验室门前与守卫谈话，接到消灭实验室里怪物(Greasels)的任务，完成的话得到100块赏金，打开里面的一只箱子拿到生物制剂。由实验室的排风通道钻进去在下面的房间里找到Nassif的女儿Eeva，她要你前往校长的密室寻找校长与教会武士勾结的证据。在密室的上下各有一条通道通往校长密室，上面的有两只机械蜘蛛，下面的是暧气管道会受到一点损伤。
进入校长密室用电脑解除监视器和枪塔，阅读桌上的数据卡并拿到一把钥匙，再到另一张桌上阅读来自教会武士的来信并阅读桌上的数据卡，这时收到Donna的通讯，她让去找Leila Nassif教授打听一些对WTO有用的情报，目前Nassif被拘禁在108层的工厂里。
回到生态建筑的108层，进入标识有“Corporate Suites”的大门，与门口的Klara Sparks交谈答应帮助她，往前面的房间有很多守卫，跑到左边的房间用电脑解除光栅并控制枪塔清理掉守卫，杀入会议室到里间找到守卫队长Chief，他就是Harvester所委托要杀的人，这时可选择杀不杀，杀掉他可找Harvester领到生物制剂，不杀的话可得到前往机库的密码。
沿走廊往前走是办公室和实验室，用电弧刀解除办公室门口的绿色激光，居高临下射杀下面的敌兵，跳下去搜索一些补给。往前到实验室收到教堂方面Lin的通讯，她要你阻止Nassif博士发布他的研究报告。进入实验室杀掉两只机器人，从柜子里拿到生物制剂，绕过黄色光栅找到Leila Nassif博士，在这里可选择替教堂杀掉她，或者替WTO向她询问更多的情报。Leila Nassif建议你前去德国寻找教会的首脑Tracer Tong，可去寻找JC Denton帮助你完成任务。
回到生态建筑108层乘电梯前往机场(Arcology Air)，与NG经纪人交谈可选择替Pequod's 或 QueeQueg's任一咖啡馆贿赂。来到110层与WTO的指控官(WTO Tax Auditor)对话，得知她正要前往24号机库搜寻证物，如果完成任务可得200块赏金。如果之前接到奥马尔任务的话，与接待员交谈可得到24号机库的通行密码。
搜索23号机库拿到一些补给，在走廊一侧有一道被光栅封住的楼梯，上去后可找到一些补给，生态建筑的主席也在办公室里。进入24号机库收到奥马尔的通讯，然后用手雷或炸药箱子将里面的巨大机器人解决掉，到角落爬梯子找到通讯仪阅读来信，完成NG交给的调查任务。这时教堂方面也深表兴趣并让你去接触一下会长，他位于23号机库上面的贵宾室里，并且到储藏室寻找瘟疫的治疗剂。返回到机库打开墙边的箱子找到一张数据卡，它是奥马尔人所要寻找的目标，也是WTO指控官所要找的证物。
由机库进入警戒区(Secure Area)要迅速移动，里面的毒气和放射性物质会造成伤害，打开墙上的保险箱拿到药包疗伤，阅读数据卡得到瘟疫治疗剂的信息。这时收到Lin的通讯要你去107层的外部改编机器人的程序以合成治疗药。回到23号机库的办公室与主席交谈询问有关瘟疫的事，他会出750块的封口费，这时可以拿到钱后再杀掉他，也可以放他一条生路。
回到大厅向指控官汇报教会方面大量运送杀伤武器的信息，拿到200块赏金。乘电梯返回到107层向NG汇报所收集的情报得到300块赏金，然后再向她提供经纪人收取贿赂的事情得到200块赏金。如果完成形象代言人的任务，可到咖啡馆找老板谈话得到生物制剂。由107层进入设计维护区，在走廊收到警卫队长发来的密码(如果当初没有杀他的话)，到前面的走廊使用电脑设置数据共享，收到Lin发来了感谢讯息。
返回到北麦地那与Leo谈话，通知他教会武士随时可能来抓捕他，然后再和奥马尔商人谈话告诉他们有关能量装甲的情报，得知装甲的缺陷之处。前往清真寺的途中会收到奥马尔商人发来的感谢讯息，向寺里的妇女Ameer通知完成Mina任务后得到5块钱赏金(果真是难民)。
回到北麦地那与Leo谈话，他为提供有用的情报付给你400块钱的赏金。前往Maskini Nassif的住所通知他女儿Eeva安全的消息得到300块赏金。在完成开罗所有的支线之后，前往生态建筑的咖啡馆找Sid或Ava前往德国的特里尔。
第三幕：特里尔，德国
雇佣不同的驾驶员会到达特里尔不同的地方，如Sid会降落到客栈的附近，开始行动会收到Sid的讯息建议你到九世界客栈(Nine Worlds Tavern)寻找Tracer Tong，据Nassif博士所称，Tracer Tong是富于才华的科学家。
在SSC司令部前的广场椅子上找到数据卡拿到地图，往SSC右侧的胡同走偷听两个人(Panzerwerks Techs)的谈话，搜索右边的箱子下面拿到弹夹，左边胡同尽头有台ATM，避开监视器使用黑客技术可盗取600块。往前进到QueeQueg’s咖啡馆与老板谈话，受托前去处理他与Pequod's咖啡馆的诉讼案件，到SSC调查为何他的诉讼被拖延期，完成的话会得到200块的赏金。在咖啡馆里与黑市商人David Kurczec对话，得知在Der Blutende Rabe古董店可找到奥马尔商人，并得到古董店大门密码。由左边的门进去是一间储藏室，杀掉里面的小怪物从桌上拿到100块，打开墙上的密码箱拿到200块、电池、机械蜘蛛和武器配件。
返回街道继续前行看到墙上有竖梯，往前找到九世界客栈，进去后被锁住武器。上楼梯到古董店与奥马尔商人谈话买到生物制剂和一些装备道具(如果破门进去不会遇到)。出古董店沿楼梯进入客栈，走到圆桌前听取两人的谈话，得到调Nur Gewehre商店所藏有武器配件的任务。由吧台右边的门到走廊，在第一个房间(会议室)找到Tracer Tong，与之交谈得到调查教会黑门实验室(Black Gate Lab)并救援教皇的任务。回到走廊打开办公室的门，在桌上找到400块。回到街道收到Dumier的通讯，他要你前往SSC会晤。
由客栈往右边的街道走有一间武器店，打碎玻璃进橱窗偷取装备。沿街道前行返回到SSC司令部前的广场，进入司令部与右边门前的Vera Maxwell对话，跟着她进入办公室从桌上拿到电弧刀和弹夹。来到证物室(Evidence)发现门上有三道锁，先用右边的电脑终端解除里面的监视器，使用电弧刀开锁进去。将箱子推到架子前拿到生物制剂，阅读数据卡完成咖啡店的调查任务。
搜索楼梯下面拿到100块和电弧刀，上楼梯在审问室看到Dumier正和Saman谈话，然后到探望室与Dumier谈话得到前往黑门废墟的密码。回到街道前往QueeQueg's向老板索取调查任务的200块报酬。
由咖啡馆左边胡同的水道下去前往黑门废墟，在通道里杀掉几只小怪物，附近可找到电弧刀弹夹等补给，找到竖梯爬上去来到废墟正门前，那里有守卫和机器人在巡逻，往左边的门摸进去上楼梯，在回廊找到一道石门，开启后乘电梯进入黑门实验室。在走廊有守卫和枪塔，往左用电弧刀开门进去，操作电脑终端控制枪塔射杀走廊的守卫，由排风通道爬到另一端的储藏室拿电弧刀和弹夹，由梯子或另一条排风通道爬到走廊的另一端，沿走廊往前找到Tracer Tong的办公室，柜子里有三瓶生物制剂，桌子上有100块钱，阅读数据卡得到主控制室和实验室的密码，通讯仪里有Leila Nassif博士的通话记录。沿走廊到尽头有三道黄色光栅，解除掉前行往Containment区域，进去后屋子里的Nicolette DuClare对话，向她询问有关教皇的事情，不久WTO的Donna Morgan发来通讯让你调查下去，并印证Saman是个叛徒。回到城区往SSC的探望室找Dumier谈话得到一张教会武士领地的地图，然后到九世界客栈雇佣飞行员Sid前往教会武士基地。
来到教会武士的领地与小巷里的Crazy Wendy对话，打听到有条通道可潜入基地，接着收到Sid发来的讯息。沿小巷前行往右转与小男孩Billy谈话，花200块可买到一份教会武士分布的地图。由垃圾箱跃过护栏到上层通道，避开地上的枪塔跑过去，由箱子跳到上层杀掉两名守卫，打开箱子找到两瓶生物制剂。杀掉下面的守卫，跳下去找到教堂的门口，建议由地下通道潜进去。
往左转杀掉机器人和守卫，往右解除掉光栅杀掉沿途的守卫，在山洞的尽头找到升降梯上去。避开监视器离开房间，外面的大厅有大量的守卫，并且还有威力强大的火箭炮塔，可使用爆炸物摧毁它，不久收到Dumier发来的讯息得到寻找Saman电脑终端的任务，以找回黑门废墟传送模块的数据。由大厅往前走看到黄色光栅，由右边的门进去上楼梯到阳台，从箱子上拿到钥匙，返回大厅用钥匙潜入办公室从通讯仪读到Saman的来信，阅读桌上的数据卡得到电脑的访问密码，然后用电脑控制外面的枪塔，并数据模块，这时收到返回特里尔的指示。返回到降落点与接应的Klara Sparks交谈，然后乘坐飞机返回到特里尔。
回到特里尔的街道分别收到来自Dumier和Tracer Tong的指令，进入九世界客栈找Tracer Tong对话，得到关于JC Denton的一些信息，回到街道前往黑门废墟。在广场发现SSC士兵与教会武士正在交火，进入废墟的实验室收到Dumier的通讯，得知要恢复传送站的能源，须开启后备发电机，前往控制室上载所得到的数据模块。沿走廊往右走找到标识有“Maintenance”的梯子，爬到发电室发现电机已然短路，用电弧刀打开电源盒切断电源，越过去到另一端找到一台完好的发电机，用墙上的开关启动它。然后前往控制室使用电脑启动传送站，由窗户跳到传送点来到JC Denton的避居地—南极州(Antarctica)。
第四幕：南极州
在山洞里与灰色人(Gray)首领谈话得到寻找JC Denton住处的任务，并受托前去解救被教会武士囚禁的灰色族人。搜寻架子从数据卡上得到教会武士营地的地图。沿山洞走出去收到Tracer Tong的通讯，不久又接到Billie Adams的通知，要你前往教会武士营地的4号简易房联络。
出山洞是一处山坳，左边有巨型机器人和武士巡逻看守，杀掉两名武士潜行到中央附近打开一只牢笼解救出里面的灰肤人，再到前面的简易房杀掉里面的两名敌人，使用电脑终端将外面的机器人解除行动，从桌上数据卡得到JC住处的图片，再到里屋用通讯仪与Billie Adam交谈，从桌子上拿到一把钥匙，屋里的两只箱子要用电弧刀打开。这时返回到山洞与灰肤人首领交谈会得到感谢，多对话几次能了解更多的背景信息。
由山坳进入标识有“Site X”的洞穴，穿出去是另一个山坳，前方有一只医疗机器人和一名守卫，往左边潜下去是道斜坡，射爆路上的火箭炮塔再杀掉下面的重甲武士，受伤后随时回去找医疗机器人恢复体力。来到建筑物的门口读取地上的数据卡，然后操作前面的控制台前往JC的住所。
进入建筑筑内部收到Tracer Tong的指令，他要你启动五个太阳神智能系统(Helios AI)的数据模块。在大厅找到一部全息通讯仪，使用它与Ava Johnson交谈，她也在寻找JC Denton。在角落找到一个竖梯洞口，阅读地上的数据卡后沿竖梯爬下去，建筑的底部山谷遇到一些小怪物，杀掉它们在破损的箱子找到一些补给。返回大厅使用中间的数据模块传送到一个房间里。
在开始的房间与灰肤人对话，然后到前面的书架上拿极品装备龙牙剑(Dragon Tooth Sword)，上楼梯启动数据模块来到一间办公室。第三个数据模块传送到一间会议室里，经由洗手间找到第四个数据模块。来到一处工厂车间，正往前走时Billie Adams由背后出现，对话中可选择杀不杀她，然后开始战斗，解决掉她之后往前找到最后一个数据模块。
回到最初的大厅与光晕里的JC Denton对话，然后由出口的数据模块回到冰雪山坳。沿来路回到最初的山坳，途中会与大批的敌人展开枪战。回到4号简易房使用通讯仪与Saman对话，原来这是个圈套，在谈话过程中有大群的敌人包围了简易房，这时要快速冲出去逃走，如果你不想浪费弹药的话。离开简易房前往废弃基地(Abandoned Base)，这时收到Tracer Tong的通讯得知要点亮灯塔须启动基地下层的发电机组，得到启动发电机的任务。
到中央的平台上面有灯塔的电源控制台，进入旁边的房间有一台电脑终端可控制外面的火箭炮塔。由左边绕到建筑物的一侧进入标识有的门，消灭里的守卫搜索走廊左侧的办公室，在走廊柜子里拿到火焰喷射器，旁边的数据卡可得到基地的两张地图。由楼梯上二楼杀掉两只小怪物，从地上拾到一些补给，两个排风通道连着办公室和寝室，在里面搜寻补给。退回来绕到建筑物的后面有一只火桶，在旁边的墙上有一个排风道，由此可进入“B Wing”区域。来到实验室地上有很多有毒的绿色粘液，开门出去上楼梯到台球室，杀掉两只怪物，由楼梯下去来到基地的内部。
沿楼梯下去往右转在墙边找到排风通道，进去后往左上楼梯进到基地里的牢房，在里面找到一名被关押的教会武士，小心既使救出他也会受到攻击。沿牢房走廊前行到达发电机室，启动开关来恢复基地的电源。接下来要按原路返回到外面，途中会受到大群敌兵的阻击，到外面的平台上启动灯塔的电源，然后由“B Wing”的台球室出去到停机坪与飞行员会合返回埃及开罗。
第五幕：开罗，埃及(2)
Illuminati的部队在开罗结集，清真寺附近布署了他们大量的兵力，接下来有两种选择：Illuminati方向希望你杀掉Paul Denton，复兴ApostleCorp的势力；教会武士方法则希望你去援助他。Paul Denton目前在110层的24号机库。
由停机坪回到南麦地那的街道，与QueeQueg咖啡馆的老板对话拿到一个Pequod咖啡馆保险箱的密码，然后与旁边的Sid Black对话，雇他担任飞往纽约的驾驶员。与门前的Illuminati战士对话得到刺杀Paul Denton的任务。
往前来到北麦地那收到JC Denton的讯息，上楼梯又收到Nicolette的通讯，然后上楼发现Leo不在这里了，与旁边的奥马尔商人对话购买一些装备。然后返回到清真寺遇到好朋友Leo，资助他500块钱做为路费离开这里。沿街道往前走与Lin谈话，提起Illuminati部队的事。前往居住区找Nassif对话，他怀疑有人悬赏取他家人的性命，你受托前往上层的教会武士居住地调查真相。前往上层由排风通道潜入寝室看到Silas Archer正和教会武士接触，将他们杀死后再回去找Nassif拿到200赏金。
进入清真寺收到Nicolette的通讯介绍了寺庙里的情形，很多平民被困在里面，如果将看守的机器人消灭他们就可以逃离这里。先清理走廊的敌兵，其中一人身上带有火箭筒收起它，到地下室逐个房间清理收集武器弹药，然后到寺庙大厅对付那个机器人，用火箭筒两下就可轰倒它。将所有敌人清除后回到地下室的医疗室与Ameer谈话得到生态建筑SSC亭子的通行密码，与医师谈话得到药包，然后在清真寺找到前往生态建筑的电梯来到107层。
走出电梯遇到大量的敌兵，Dumier发来通讯得到解救战俘Klara的任务。往前杀掉敌兵，在Pequod咖啡馆的保险箱拿到金钱和手雷。然后与角落里的NG谈话得知她被困禁在110层。往前到征募处在墙上的保险箱拿到100块。由地上的斜坡通道进入设计维护区(Nanoformer Programming)，在廊尽头是WTO守卫和锁住的门，如果想救Klara的话要杀掉守卫，里面的守卫会开门冲出来(省下电弧刀了)，冲进去救出被关的Klara并得到武器配件。前往108层收集弹药和手雷，往前清除掉大厅里的守卫，在警卫室摧毁枪塔和监视器，用Ameer给的密码打开柜子拿到武器配件和道具。
乘电梯来到机场大厅，出大厅与左边的Illuminati士兵交谈，沿斜坡走下去使用桌上的通讯仪与Saman联络，他提议你加入教会武士的行列，让你将血浆样本送给Todd博士检验。这时前往候机大厅会遇到一些教会武士，这时他不再攻击。来到23号机库与Leila Nassif谈话，然后前往储藏室与里面的NG谈话。
接下来要决定的是否加入教会阶层，它会影响到你和三个派系之间的关系。这时前往24号机库与Todd谈话，如果将血样交给他会加入教会，这时收到Saman发来的讯息要你前往纽约城，如果拒绝则马上会触发战斗，然后接到刺杀保罗的任务，他就在24号机库内。然后去23号机库走廊到贵宾室使用控制台启动灯塔，与飞行员Ava离开。
第六幕：自由岛，纽约
根据在开罗的最后抉择，主角将会面对不同的敌人的和伙伴，接下来的行动会有不同的际遇。来到自由岛后Ava发来一份地图，接下来根据伙伴的不同接任务的顺序也有所不同，但总体的任务是相同的。接下来寻找阿奎奈电脑程序，JC Denton的超级电脑在最后阶段扮演着重要的角色，几个派系指派你去摧毁它的运作。如果选择帮助ApostleCorp的话，他们希望你上载阿奎奈程序，将它与太阳神系统合并，使他们的文化和人性得到提升和进化。如果选择帮助Illuminati，他们希望杀掉其他派系的首领，将阿奎奈程序上载到Illuminati的系统里，并杀掉JC Denton并摧毁他的系统，这样他们将进入超前繁荣的光明时代。如果选择背叛并加入教会，Leo会要你杀掉其它派系的首领，并摧毁JC的电脑系统。根据三个不同的立场和路线，游戏会有三个结局。
在一开始拾取地上的弹药补给，杀掉广场附近的敌人，这时Saman、JC或Tracer Tong会发来讯息。往前在自由女神像的基座找到大门进到大厅，在里面会找到JC和他的电脑系统，如果加入教会的话不要破坏里面的电脑系统，否则Saman会派出教会武士来修理你。由隧道前往自由岛的东部，在北部码头角落的一间屋子会遇到ApostleCorp方面的Tracer Tong，往东部的建筑物大厅遇到教会方面的Saman，根据任务要求可选择杀不杀他们。
回到自由岛西部找到UNATCO废墟入口，这时会收到Leo的通讯，进入废墟会遇到Billie Adams(如果当初没杀掉她的话)，如果加入教会她会帮助你应付敌人，否则就要杀掉她。下楼梯赶往控制室，沿途会遇到大队敌兵的阻击，在控制室里使用电脑(Aquinas Hub)，按照当初你的立场选择和任务要求，分别选择将程序上载给Illuminati、Templars 或JC Denton一方。完成后离开废墟，回到自由女神像下面的大厅，根据任务要求保留或摧毁JC Denton的电脑系统，游戏至此结束，观看不同结局的过关动画吧。
隐藏关：秘密集会(Deus Ex: Invisible War Wrap Party)
在游戏最后的场景：自由岛的西部找到UNATCO废墟，在第一个房间里拨起地上的旗帜，沿楼梯走下去来到下面的居住区，在右尽头的房间里找到一间只有一只马桶的卫生间，在这里即是隐藏地的所在，将手中的旗帜插到马桶上直接传送到聚会的现场，其实这里是西 雅图夜总会的场景加以简单的修饰。在这里游戏里出场的主要人物都会存在，有的跳舞有的唱歌，动作和语言很具幽默感。建议在隐藏聚会中存档，以便有空再来观光。