主线任务：取得Reaper飞船的IFF
前往Hawking Eta星云Thorne星系。
Joker发现在那个Reaper旁边还有另一艘飞船，也许就是之前到达的科学小队
君家何处住，妾住在横塘。
在飞船上的工作记录中可以了解到，也许科学小队被Reaper的Indoctrination影响了。
名词解释：
Indoctrination：Reaper的一种影响和控制有机生命体思想的能力。受害者一开始会表现出头疼，幻听等症状。当Reaper慢慢侵入受害人大脑后，会给与受害者暗示，让受害者按照Reaper的指导行动。这种Indoctrination一般需要较长的时间完成。
刚进入Reaper内部，发生了一次震动。EDI说Reaper启动了生物力场，使得Shepard被困在里面了。
往前走又遇见Husk，途中两个Husk刚爬上来就被一个狙击手杀了，也许那个狙击手是幸存下来的人。
往深处走，发现了狙击手的身份。居然是个Geth
在这里拿到ReaperIFF
前进至最深处，发现Geth被Husk击晕了。此时要消灭Reaper Core
下图Core是闭合起来的，此时攻击无用。同时，Husk会从两边攻击，这个时候专心打Husk就行了。Husk攻击停止后，Core也就会打开，此时再攻击Core。
把Core消灭掉后，Shepard把Geth带回了Normandy。
在Normandy上，Miranda要求把Geth交给Cerberus，研究。因为之前从没有人能获取一个完整的未激活的Geth。而Jacob则认为应该把Geth扔进太空。Shepard决定先去和Geth对话。Geth在AI Core。
前往AI Core与Geth对话，得知原来Geth并不全是为Reaper服务的，也不全是想要消灭有机生命的，那些Geth被不为Reaper服务的Geth称为“异教徒”，而且异教徒占Geth社会的比重只有5%。EDI说Shepard救出来的Geth叫做Legion。
EDI说，把Reaper IFF装在Normandy上会有风险，但是Shepard没有选择，只能安装。EDI要测试IFF与Normandy的兼容性，让Shepard乘坐穿梭机（Shuttle）前往下一个地点。
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