当世界还被分为东西两方阵营的时代，被赋予了The Boss之头衔、身为特种部队之母与二战英雄的她，叛逃向了苏联。在美国政府的命令下，身为她最后一名学徒的Naked Snake亲手夺走了她的生命。
然而对于The Boss而言，她的叛变仅仅是为了掩盖事实的真相：她牺牲了自己的生命，以阻止一场全面核战争。这，就是她最后的任务。
The Boss利用了Snake——以及她自己宝贵的生命——确保了名为“哲学家的遗产”的大笔军事资金从苏联军方的手中易主至美国。而作为活下来的那一位特工，拥有如此突出的“功绩”，Snake被赋予了“Big Boss”的头衔……
在这样一个风雨交加的夜晚里，军人的工作还是不能停止。在这个名为Camp Omega的美军基地，这铁一样的守则还是无法改变。同样常发生在职业军人身上的还有很多很多的悲惨经历：在这样的恶劣天候下站岗巡逻都算不上什么，冒着生命危险冲锋陷阵也是他们养家糊口、为国而战的天职。不过他们的上司在谋划着什么、他们接受这些命令又是为了什么——并不是所有的士兵都有资格知道这样的情报。他们只是一味地执行着自己的任务，没有选择。
铁护栏后狂吠着的军犬正在以属于它们的方式欢迎着新到访的客人，不过毕竟是训练有素，在士兵的示意之下它们立刻就退散了下去。这位身着风衣、头戴西帽的人物身旁有着多名护卫的陪伴，如果军犬们真的可以逻辑地思考，它们一定会把他判定为自己主人的主人吧。
在大雨中没有使用任何的雨具，就这么在士兵的带领下前往目的地的他在沐浴着大自然的甘露的同时，还享受着一路的军礼。而他所来到的目的地，正是一个像动物园一样的监狱场。
这个基地的监狱设施非常简陋，仅仅是一排排的铁笼子摆放在露天的场地里。铁笼子上方盖上了防水布，也算是能为住在里面的住户遮阳挡雨。不过住在这里的说到底还都是囚犯，一路走来看到身着黄色囚服、头戴黑色布套、双手被拷在身后的囚犯跪在地上接受问询，也有在囚笼里一动不动、奄奄一息的不幸家伙。不过这都不是这位大人物所感兴趣的。
耀眼的探照灯划过天际，他来到了一个牢笼前。里面坐在地上的囚犯是一名年纪并不大的青年，他耳朵里塞着耳机，耳机线的另一头却插在了自己胸前的伤口处。他显得十分沮丧，头耷拉下来，一言不发。一名带路的士兵将手中的微型冲锋枪准备好以防万一，示意他的上司一切就绪。
“她什么都招了。”男人对着囚犯说到，“你放心吧，我是言而有信的人。她没有受太多的苦。”
他上前一步，手里拿出了一台录音机。“拿着吧，这是你的报酬。”他轻蔑地把它扔进了笼子。而青年也瞬间精神了起来、如视珍宝一般地捡起了它。男人继续说：“当一次叛徒的感觉怎么样呀？接下来你就不用再玩什么战争游戏了，你已经成长为一名真正的男人了，战士……”
将自己的耳机链接在了录音机上，青年抬起了自己的头。Ricardo Valenciano Libre，别称Chico，他是一名自愿参与Snake私人军队的年轻志愿者。然而现在，他已经落入敌人之手。
“回家了之后，替我向你的老大问个好呀。”男人留下了最后的一句话语，转身随着他的护卫们离开在了风雨之中。而被一个人留在牢笼中的Chico，按下了录音机的播放按钮——也许是希望借助音乐的力量治愈自己受伤的心灵吧。
男人转身离开，头上轰鸣而过的直升机并没有引起他的注意。两只军犬仍然对这名上司抱有警戒，这也辛苦了训犬师。他与一群比起守卫更加全副武装的的士兵们乘上了吉普车，直奔停机坪而去。
念去来、岁月如流，徘徊久、叹息愁思盈。
走到直升机前，男人从士兵手中接过一台手提机器，消除掉了在直升机身图印着的“XOF”字样纹章。他回身向背后的士兵们发令：“特洛伊木马已经进来了，现在就开始执行海盗镇压任务，行动！”
摘下了西帽的他展现出了他的面庞：这是与生俱来的相貌呢，还是重度灼伤的结果呢，丑陋的相貌似乎并未阻止他成为这个名为XOF的神秘特战小队的头目。如同皮包骨头一样的脸，让他得名了“Skull Face|头骨脸”的称号。
身后的士兵登上直升机后，他也重新戴上了帽子，坐上了飞机。
在通讯员的交流与引航员的手语下，多架满载士兵的直升机同时升空，一齐飞向大海的方向。Skull Face稳居中间的座位，下达了某项指令。士兵们开始将自己军服上的XOF臂章扯下，收集到了一起——随后扔下了直升机下方的茫茫大海……