1986年 切尔诺贝利电站事故后不久 苏联就秘密开始在核电站内搞一些秘密试验 涉及人类精神领域的 为了制造出精神控制类的武器 最后造出个名为C-Consciousness的东西 但是试验还没取得成功 苏联就解体了 随后的动荡和混乱 也就没人再关注这个事情了 但是C-Consciousness却觉醒了 拥有自我意识 悄悄的掌控了苏联遗留的资源并继续进行着试验 其中一个试验就是试图精神控制更广泛的世界 结果几次试验失败（包括2006年发生的第二次爆炸）导致核电站周围驻扎的军队和科学家以及切尔诺贝利的生态系统受到影响发生突变
C-Consciousness为了掩盖这一切也为了阻挡那些能深入到核心区THE ZONE（也就是核电站）的潜行者 在电站里造了个巨石 名为许愿石 以此吸引并对到许愿石的潜行者进行洗脑控制 也就诞生了黑石组织 奉许愿石为尊 替C-Consciousness看守核电站不受外界打扰 为保万一 C-Consciousness还另造了一处名为焦脑器的设施 作为第一层屏障 可以毁灭接近它的人的大脑意识 使之变成行尸走肉 尽管如此 核心区里有更高级的神器以及许愿石的传说还是吸引一批又一批的潜行者们前赴后继的试图深入到核心区THE ZONE中 当然大多数人都是一去不复返了
话说一支特别小组出现了 因为成员正好四个人 我们姑且称之为F4(folly 4) 包括我们原版的主角史小强 两部都没露面的死鬼FANG 原版以一具尸体形象出现的GHOST 以及“医生” 这四人冒险深入到核心区试图接近许愿石 结果遭到看家护院的黑石组织的围攻 突围中 史小强被爆炸炸昏 其他三人冲出重围 但是不久FANG就因为伤重不治 GHOST死于辐射风暴 医生失踪
昏迷的史小强被C-Consciousness发现 但是C-Consciousness却并不知道这个潜入者的身份 在他的PDA上留下了杀害史小强及其同党的任务 然后送史小强出境 于是在原版的开篇 午夜一辆卡车急驰在公路上 结果一个大雷劈中 连人带车翻到路边沟里 昏迷的史小强被打酱油路过的路人甲救起 送到新手村地窖商人那里 苏醒的史小强得了游戏或是影视剧里常见的失忆症（嗯 这么俗套的剧情竟然再次使用在资料片晴空里 太雷了） 只看见PDA上留下的干掉史小强的任务 脑残状态下的史小强已经连自己就是史小强这个基本事实都不记得了 为了完成任务也为了弄清楚自己到底是谁 于是开始了冒险的旅程 在出龙潭入虎穴 得见老友“医生”并在他的帮助下找回了失去的记忆（并得到影响游戏结局的道具--解码器） 于是史小强再度向THE ZONE进发了 冲破层层阻力后终于来到了幕后元凶C-Consciousness面前 史小强非同小可的实力让C-Consciousness刮目相看 渐生爱才之心 想收服史小强为己所用 它提出让史小强入伙 将来统治天下（也就是给你两个选择） 正义的史小强当然拒绝了C-Consciousness的利诱 于是C-Consciousness派出了爪牙黑石组织企图杀掉史小强 小强岂是白叫的 咬咬牙 解决掉这些乌合之众 最后小强摧毁了C-Consciousness装置 挽救世界于水火之中 镜头一转 风和日丽的草地上 一切看起来那么的和谐 一个熟悉的身影 史小强站在草地上......