序幕
秘密档案3作为一款解密游戏来说，整体的游戏情节倒是不如前几作那么紧张刺激；但是整体的游戏性和画面的表现度还是有着相当大的进步的
当玩家第一次开始游戏之时，你可以选择是否进行初始菜单自定义。AI会依据玩家几个问题的回答而定制出来不同界面的初始菜单
从别后，忆相逢。
而如果玩家不进行初始菜单的定义，那么玩家的初始菜单则是如下的模式。这个自定义菜单选择不会影响玩家的整体游戏，只是一个美化的小插件而已
整体的游戏流程没有具体的章节之分，但是这里我还是以主角尼娜 卡伦科夫在不同场景的冒险流程作为分部说明。总体流程比较长，一些重点位置我会给诸位玩家进行标注说明
亚历山大城
公元前48年，恺撒命托勒密十三世与他的姐姐----克利奥佩脱拉，共享埃及权利的行为，彻底激怒了埃及人，从而引发了足以毁灭该城的亚历山大战役。而古代最大的亚历山大图书馆也在此战役之中毁于一旦，我们的故事起源正是从这里开始
在混乱的亚历山大城阴暗的一角，两个神秘人物交给一个窃贼秘密人物，40德本去烧毁城墙后面图书馆内部的一堆卷轴。而这个窃贼也颇为感到奇异，40德本的价格
这里说明一下德本（古埃及的货币单位）。古埃及大部分是以物换物的交易，但是总体还是有以重量为衡量的计量单位的，德本与凯特。一德本相当与十凯特。
这一关总体的场景都比较简单。作为解密游戏其操控仍然是通过鼠标以及物品的互动而推进剧情。首先玩家需要墙壁上的裂缝从而让窃贼爬到城墙顶端
之后来到图书馆外围平台,这里首先需要哪去附近马舍外面的麻袋，之后用麻袋套取下方地图的蛇；在返回马舍入口把装有蛇的麻袋扔到马舍里，从而门口守卫吸引其注意力
之后窃贼则是进入到下一个场景，图书馆内部
来到图书馆内部，此时玩家需要窃贼需要北部拿去亚麻布，之后于窃贼身上的钩子以及绳子组合，前往地图东部，将组合后的钩子挂上窗户之后进入到藏书室
之后则是剧情，窃贼按照委托人指示扔了一把火烧了整个密室，而无意之中，有一个卷轴掉落入下水道而没有被烧毁