传说
不被历史所承认
却又为世人熟知
故事的背面
隐藏着太多不为人知的秘密
不会知道的
不能知道的
还有不愿知道的
想知道真相
你有付出代价的决心没有？
序章、传说的序幕，女神的决心
曾有的过往，或许会被岁月的尘土所掩埋；但记忆中的美好，铅华尽洗，光彩依旧。
开场
人类憧憬美好，但美好却易于流窜，如指隙流走的细沙。稳固与动荡犹如水面的浮木，随着风浪不停地转换——一个微妙的平衡关系。
女神的白之力驾驭着黑珍珠的黑之力，建筑了曾被称为魔法王国的国度——伊苏，人类在魔法的庇护下过着平和安定的日子。然而，强大的力量一面带来繁盛，一面孕育灾难。日子已经不重要了，被破坏的历史已经让人类再也想不起究竟是哪一天，灾难降临在伊苏城民的身上。不计其数的魔物无情的屠戮着普通的民众，骑士与魔导士也抵挡不住怪物的洪流。伊苏在一夜间沦亡了。为了保全国人，女神与六神官借助黑珍珠的力量，将伊苏的中心——萨尔蒙神殿升到了天空。与此同时，地面出现了一座高塔，一座将众人命运汇集于一处的塔——
盛衰
女神失踪了。
黑珍珠也失踪了。
在伊苏的国民在魔兽的冲击下惊魂未定时，神殿的年轻祭司长希昂却发现了这个更让人震惊的事实。六神官在接到这一汇报后，立刻封锁了消息，并做出了一个果断的决定——组织一个搜索小组，去地面搜索女神。
搜索队的行动并不顺利。在自空中降落到地面途中，一股强大的魔法冲击了搜索队的转移魔法——队员们分散。
动荡
塔外。
女神蕾雅与菲娜看着魔物肆虐的大地，下定了以自身之力解决所有事端的决心。在塔外的某个角落，她们发现了一柄残破的克莱里亚银剑。剑虽然断了，但是女神们知道，剑的主人还在某一处活着。随后，手捧着银剑的女神转身，向着高耸的塔走去——
高塔
塔顶。
闇之一族的首领达雷斯正向其下所有的人下达命令，这其中包括妖艳的魔导士萨芭，战士奇修迦尔以及他的妹妹艾波娜，还有接受了魔之因子的昔日伊苏神殿骑士团副团长——托尔·法克特。虽然达雷斯用魔法将搜索队队员冲散，但是他相信这些人迟早会找到这座塔并给他们的行动带来不便。因此他命令其他人在塔中巡视，一来解决这些可能的障碍，二来是寻找已经来到这座塔中的女神，以及她们所携带的黑珍珠。
萨芭带着托尔来到一层，命令他在下层寻找女神，两人的关系似乎并不怎么融洽。就在这时，三个许久不经杀戮的魔兽蠢蠢欲动了。
初征
击败了自己召唤的魔兽这让萨芭很不高兴，在将黑水晶交给托尔之后，她便匆匆离开了。而托尔的行动，则刚要展开。