明日方舟的故事发生在一个架空世界中，有着与地球相似而又截然不同的环境，历史和文明。这里的主要居民是带有各种动物特征的亚人类，而是否存在纯粹的“人类”，目前还不得而知。
瞻望弗及，实劳我心。
天灾——表现为各种自然灾害的巨大灾难，是文明的大敌。在它面前，所有的事物都不堪一击。但在带来毁灭的同时，天灾也带来了源石：自然界能量结晶形成的神秘矿石。源石的开发让文明进入了现代，建立起了以源石为基础的科技体系。
然而，源石开发中泄露的物质也催生了不详的矿石病患者：“感染者”。他们无法被治愈，矿石会在他们身上逐渐扩散结晶，在杀死患者后进行二次扩散。为此，感染者成为了被社会排斥的对象。没有人能告诉矿石病患者要如何生存下去，于是其中具有天赋的他们，赌上各自的未来，誓要为世界带来震颤。
1096年12月，世界上最大的感染者组织——整合运动，在乌萨斯帝国城市切尔诺伯格掀起了暴乱。他们借助一场天灾占领了该城市，并准备以此为跳板，进攻临近的城市龙门。而同时，另一个神秘的感染者组织：罗德岛出现在了这里，即将与整合运动展开正面冲突。明日方舟的故事，也就从这里拉开了序幕……
天灾与移动城市
大地被起因不明的天灾四处肆虐，为了躲避频繁发生且破坏力巨大的天灾，迫使几乎所有的国家，都需要采用了定期迁移家园与聚落的方式。而移动城市，即建造在可移动设备上的城市，正是在这种需求下慢慢诞生的。人们在迁徙的过程中，尝试将建筑和种种装置安设在移动设备之上，并不断地扩大载具的规模。在文明与技术的演变之下，人们最终创造出了十分庞大的移动城市。故事开始所在的乌萨斯帝国城市切尔诺伯格便是无数移动城市之一。
源石
经由天灾席卷过的土地上出现了大量的神秘矿物——“源石”。依赖于技术的进步，源石蕴含的能量投入工业后使得文明顺利迈入现代，与此同时，源石本身也催生出“感染者”的存在。
源石技艺
源石被发现之后，人们发掘出一种通过它来施放一系列令物质改变原有性状的技术，这种技术被称为源石技艺，常被俗称为“法术”。源石技艺所运用的能源，一般被认为来自于源石本身。而人是否能施放法术，以及所能施放法术的形式、强度、效果等，通常受到先天具备的素质、后天对源石技艺的学习能力这两方面因素的制约。
感染者
被源石所感染的人，会患上矿石病，身体会发生变异，同时对源石拥有极强的适应性。理论致死率100% ，死亡时存在扩散传染性以及潜在危险能力，是各国隔离驱逐的目标。长久以来，没人告诉他们该如何渡过余生，如今伴随着一位颠覆者的出现，越来越多的感染者被纳入一场名为“整合运动”的反抗浪潮。
整合运动
曾经只是一个无所作为的感染者地下组织。在几年前迎来了一位新的首领，以及一种新的思想，随后开始悄无声息地聚集全世界的感染者。现已成为史上最大的感染者组织。
其成员即为仇视普通人以及他们构成的社会，对其抱有强烈的复仇心理，并渴望推翻现有的普通人主导的社会结构。他们宣称“感染者应对自己的身份感到骄傲，积极去获取并使用属于自己的力量”。试图用最原始的手段去争夺世界的公正。
在切尔诺伯格城市庆典前夕发起了暴乱，破坏了城市的动力系统并切断了与外界的联系，使得切尔诺伯格未能从一场陨石雨天灾中逃脱，城市近一半人口被消灭，幸存者也大多数转化为感染者。目前切尔诺伯格为据点，筹划着向龙门发起进攻。
罗德岛
并不是所有的感染者都加入了“整合运动”。
罗德岛全称为罗德岛制药公司，注册时间离现在并不远。他们聘用了大量感染者，拥有完整独立武装力量与矿石感染研究与检疫手段的组织，成为了近期活跃在处理感染者暴乱问题最前线的小型组织。
罗德岛的公开领导人为阿米娅。而玩家的角色“博士”作为罗德岛的智囊，以找到治愈感染者的方法，寻找让感染者与普通人和平共处之路为组织核心目标。
他们雇佣感染者频繁进入天灾经过或影响后的高危地区，救助受难人群，处理矿石争端，抵抗反乱势力，或别的什么隐秘事物。似乎拥有完整的天灾应急对策，熟练的难民急救操作流程，与行之有效的感染者打击手段。
而我们的故事就从切尔诺伯格大逃亡开始……