《明日方舟》的故事发生在一个架空世界中，有着与地球相似而又截然不同的环境，历史和文明。这里的主要居民是带有各种动物特征的亚人类，而是否存在纯粹的“人类”，目前还不得而知。天灾——表现为各种自然灾害的巨大灾难，是文明的大敌。在它面前，所有的事物都不堪一击。但在带来毁灭的同时，天灾也带来了源石：自然界能量结晶形成的神秘矿石。源石的开发让文明进入了现代，建立起了以源石为基础的科技体系。
乳燕飞华屋。
然而，源石开发中泄露的物质也催生了不详的矿石病患者：“感染者”。他们无法被治愈，矿石会在他们身上逐渐扩散结晶，在杀死患者后进行二次扩散。为此，感染者成为了被社会排斥的对象。没有人能告诉矿石病患者要如何生存下去，于是其中具有天赋的他们，赌上各自的未来，誓要为世界带来震颤。
1096年12月，世界上最大的感染者组织——整合运动，在乌萨斯帝国城市切尔诺伯格掀起了暴乱。他们借助一场天灾占领了该城市，并准备以此为跳板，进攻临近的城市龙门。而同时，另一个神秘的感染者组织：罗德岛出现在了这里，即将与整合运动展开正面冲突。明日方舟的故事，也就从这里拉开了序幕……
【罗德岛】
“那个将我和其他人一起救出，衣服上带有“塔”标志的少女，我尝试和她交谈——“每个人都有不愿回想的记忆……我能感知到这些。”她只是很平淡的说道。罗德岛是专门处理天灾影响过后的高危地区，处理争端反抗势力——亦或是其他一些什么东西的制药公司，也是目前阿米娅和主角(即将)所属的势力，他们雇佣感染者(当然也有未感染者)为其工作，就目前的情报来看……并不是个值得小看的势力。
【整合运动】
感染者被世人驱逐，歧视，他们患上的矿石病等同于会传染的癌症，无力的他们互相依偎在一起抱团取暖，于是 诞生了这么一个组织——整合运动。就目前的情报来看，整合运动原本是个毫无作为的组织，知道某一天，一位首领为他们带来了新的思想。从逃避转变为了妄图与源石合一，我们现在并不知道原本可怕的矿石症是如何在他们眼里成为追求的对象的，但是这个新的“思想”，可能就是钥匙。整合运动的獠牙刚刚亮出的时候，一座名为切尔诺贝格的城市已经淹没在了他们暴动的潮流中，一同降临的天灾彻底摧毁了这个城市的秩序，文明的堡垒在试验之后人们才明白他薄如砂纸。现在，切尔诺贝格已经失去了联系，尽管有不少人散播出了警告，但是将来又会如何呢。
【企鹅物流】
时针和分针恰巧将表盘一分为二的时刻，我见到了德克萨斯和自称能天使的少女。令人意外的是海报上的企鹅并没有来。“欢迎下次惠顾。”德克萨斯收走包裹和报酬的同时递给我一份传单……这是一家安全有效快速并且有着十分的服务的物流公司，甚至还拥有自己的私人武装——从目前的表现来看，他们甚至可以从当地的某些有关部门中取回包裹，这种骇人听闻的事情也证明了他们物流必达的承诺，绝非只是广告词而已。
【龙门近卫局】
陈拿着包裹中的照片，审视着我的表情中看不出任何情感。那个执掌龙门的男人站在她的身后，语气谦恭而不失威严：“既然你知道这个人的重要性，那请务必告诉我们她的位置。”这里必须先强调一件事：龙门近卫局，是龙门地区的近卫局，而龙门是他们负责管辖的这块地区的名字，就像那些XX市一样的名字。他们有着绝对无情的力量来保证龙门的安全，以及对付感染者和天灾。有着古老森严的制度以及会定时接纳新鲜血液，希望他们的新鲜血液都没问题。至少我们现在还不知道那位“有着黑发长耳与小麦色的肌肤。头顶上的那枚蛇形金饰”为什么也在近卫局并给主角意义不明的数字，仅仅是个玩笑性质的彩蛋吗?
【黑钢】
偶尔会有砂砾击中飞驰的挡风玻璃，除此之外一路上只有引擎的悲鸣声回荡在车厢内。正在我想着如何搭话的时候，车辆停在了一个貌似岗哨的地方。从远处走过来的少女手执对讲机：“RI106——芙兰卡，RI107——雷蛇，已控制跟踪罗德岛的嫌疑人员。”黑钢，一家私人安全顾问以及承包商公司，如果你想起了格里芬的话，我必须提醒一下，他们规模可能还要大得多——至少套上了国际二字，管的事情也不仅仅限于S09。由于其原型黑水国际的原因，其面目想必各位也猜的七七八八，你给钱，他们提供一些可用的“私人安全服务”，这是很正常的事情。
【莱茵实验室】
我们必须知道，莱茵实验室和两个东西的关系可不浅，一个是罗德岛，而另一个——则是源石。现在大多数猜测的指向矛头都有着不少“这俩势力肯定狼狈为奸”的猜测，也许是的，也许游戏上线后，你会天天把你的老婆送去他们那里强化哦?【骑士团国】谁也搞不懂封建和宗教，我也是其中一员，这些圣洁而又高贵的骑士出现的时候我也被吓到了——就像是你的披萨饼里面居然放了个豆腐脑，而且还是咸的。但是这个看起来像梵蒂冈亦或其他什么骑士团的小姐，她的铠甲并不老旧，装备也并不落后，或许我们应该好好相信她还有她背后势力的，力量。
【雪地联盟】
雪是好东西，它总会让人感到安静，这位妹控小哥为我们带来了一个别有风味的势力——雪地联盟。由许多家族组成的联盟总是脆弱并且表面的，可是由于银灰的出现，这股家族联合的势力也不容轻视，妹控总是强如鬼神的。