军团舰队是游戏专门为参与人数大于10人的情境设计的辅助指挥系统，可以帮助最多不超过50名玩家在一个指挥系统下整齐地飞行和开火，避免因为网络延迟、手机操控和玩家配合度等问题造成的指挥系统的混乱，放低大规模玩家对战的门槛。
舰队管理
军团舰队功能位于军团功能的舰队管理中，每个军团内部最多可同时创建10支舰队，每个舰队内部最多可容纳50名军团成员。
拥有相关权限的军团管理可以在舰队管理功能中预设军团舰队、对舰队进行命名、及指定舰队长。预设的军团舰队如非管理员手动解散不会自行消失，舰队内的成员在离线后也不会自行离开舰队：
驰情整巾带，沉吟聊踯躅。
舰队指挥
在目前的舰队指挥系统中共可设立3名指挥官，这3名指挥官的职责和权限各不相同：
舰队长，是由军团管理任命的舰队人事官，其负责任命舰队中的航行指挥和火力指挥，及踢除不应身处舰队中的人员。虽然看上去无法在实际的战斗中指挥舰队作战，但实际上舰队长是舰队中统领全局的人，其负责关注的是战场大局而非细节，同时舰队长对人事权限操控的熟练程度也会直接影响到舰队当前航行指挥和火力指挥阵亡时舰队指挥系统的恢复能力：
航行指挥负责的是指定舰队的阵型，作为阵型中枢控制全舰队的飞行，让舰队处于最佳的开火位置，并根据情况切换密集或松散阵型。看上去航行指挥驾驶的是一艘船，但实际上他驾驶的是一个由最多50艘战舰组成的舰阵，除此之外，舰队航行指挥还会在屏幕右侧界面上看到“舰队跃迁”和“舰队过门”两种集体航行命令，分别用来控制如字面所述的功能：
火力指挥负责的是点名和集火，对于敌方舰队来说他就是死神。被任命为火力指挥的舰队成员会在自己的界面上看到一个“集火”按钮，只需在总览中选中1个目标并这个集火按钮，设置为接受舰队指挥的舰队成员的舰载武器就会自动向其射击，直至将目标击毁。相反，当火力指挥不标注任何人时，他的沉默也就等于全舰队的沉默，直到下个广播目标出现：
舰队成员
在使用军团舰队系统作战时，只要舰队成员设置为接受舰队指挥同时打开“自动战斗”，屏幕下方的航行方案栏中就会显示“与舰队阵型保持同步”，此时舰船的航行和火力系统会分别被航行指挥和火力指挥接管：
但是，舰队指挥系统并不会接管飞船的装置，所以舰队成员依旧需要自行把握装置使用的时机，比如：相互对被集火的舰队成员使用护盾投射、能量投射，或是对我方正在集火的目标使用跃迁干扰和航行干扰。
最后，舰队成员可以在舰队面板中看到与舰队有关的设置：每个舰队成员都可以主动设置“拒绝响应集体跃迁和集体过星门命令”和“拒绝响应舰队阵型”以达到在开启自动的同时继续由自己控制舰船的航行和开火：
总结：
舰队是游戏专门为大规模玩家对战设计的辅助指挥系统，它能帮助最多不超过50名玩家在舰队长、航行指挥和火力指挥这3名指挥官的带领下如一个整体般进行战斗。
为了能获取更好的战果，在舰队中扮演4种角色的玩家需要通力合作：舰队长需要把握战场的大局，将航行和火力指挥权限及时分配给合适的人选；航行指挥需要控制全舰队的阵型，保持舰队处于最佳的交战位置；火力指挥需要控制全舰队的武器，以高效的集火快速消灭敌人；而舰队成员则要合理使用自己的中槽以及在需要的时候学会设置拒绝来自舰队的指令。