神秘岛系列围绕着一段已经被遗忘的文明——德尼文明而展开。早年的德尼文明曾经拥有最辉煌的时代，但最终由于德尼人的傲慢与狂妄消湮在历史中。剩余的德尼人都留在各个独立的空间里，他们称之为时代。通过传送书，人可以在这些割裂的时代中自由移动。
神秘岛的的主要剧情主角是亚崔斯（ATRUS），他是半德尼人，一生致力于发掘德尼文化。他的三个子女西路斯（sirrus）阿克纳（achenar）依莎（yeesha）都曾经在以往各代中登场。本代的剧情主角不再是亚崔斯，而是在四里失踪的小女儿依莎。这次依莎被困在神秘岛中，她请求游戏主角（也就是你），一个偶然进入神秘岛的游客，帮助她找到黄金石板，并把她从时代中释放出来。
游戏中一些常用关键字
K'Veer - 洞窟，本游戏开始的地方
The Great Shaft - 大楼
Direbo - 平静时代
Taghira - 冰雪时代
Todelmer - 星空时代
Noloben - 夕阳时代
Laki'ahn - 石岛时代
Slate – 石板，游戏里主要的解密手段
Bahro - 巴洛。神秘的生物，也是游戏的线索之一。
神秘岛系列一直以一个局外人（偶然误入神秘岛的玩家）视角，旁观亚崔斯和他周围的故事。玩家通过寻找传送之书，解开迷题，了解围绕德尼文明和亚崔斯周围一切。本作主要的目的是在大楼中（游戏开始的地方）找到通往其他时代的传送书。每个时代都有一个解开黄金石板的机关。不断在每个时代中寻找可以传送的印记，解开各种迷题不断前进，最终找到气泡传送装备，解开黄金石板的封印。
玩家可以控制的只有石板，当你在游戏里找到适当的印记时。把它们画在石板上，然后放下，后退几步。巴洛会出现，并按印记来引发一些特殊的内容。假如只是空白石板，巴洛就直接将石板带回气泡传送台。假如是一个传送印记，那么巴洛会把石板放到相应的传送台上，那么你就能通过传送台进入新区域。假如是一个动作印记，同样巴洛也会做出相应的动作，比如召唤风，雨，蒸汽等等。印记你可以在游戏中各个迷题中得到，也可能画在一些书，墙壁，旗杆等等位置。就看玩家是否有足够明锐观察和推理能力了。
（另外，游戏有一个严重BUG……假如把石板放在地方时间太长，巴洛会把石板放回传送台。但是有时候石板就此不见了，造成游戏彻底被卡死。所以建议勤记录，并尽量把石板揣在手里）
流程攻略
神秘大楼
无名的访客我，在无意中再次进入神秘岛的世界。一切都是未知的。在我面前是一栋神秘的建筑。传送弯弯的走廊，顺手捡起蓝色水晶球（记录用，注意就在路边，一定要拿到）。走到尽头，对面是彩色气泡包围的神秘装置。边上还站着一个女人，她自称为依莎。当然我并不陌生于这个名字。但是她的样子实在吓了我一跳。要知道，上次看到她还是一个小萝莉……现在已经是个苍老的妇人了。
依莎唠叨了很长的一段，关键词离不开三个，黄金石板，力量，解放她。好了，不管她，走进气泡，把手放在台上。传送门把我送到小岛上，另一位剧情人物埃史大叔也出现了。他也唠叨了不少时间，其中内容跟依莎的大同小异。他以后还会常常出现发些感慨，大部分都是废话，偶尔也会提供一些线索。
绕过石头，进入背后的洞穴。面前是一栋神秘的建筑。所有时代的大门隐藏在建筑中。我先右转，进入房间，在这里找到第一本传送书。另外路上有依莎的日记，1，2，3册。统统收起来吧。日记一共有12册，主要都是透露一些黄金石板和依莎的背景故事。把手放在传送书上，真正的冒险开始了。
平静时代
传送书的目的地是平静时代。然而这里只是一个中转站。在这个时代中有气泡传送台，把我送往真正的目的地。而四个传送台之间有栅栏隔开，完成一个时代就能打开栅栏回到大楼中去。假如需要在前几个时代中中转也可以回到这里来。好了，进入第一个气泡……
冰原时代
 荡涤放情志，何为自结束！燕赵多佳人，美者颜如玉。 |
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冰原 石板标记
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第一个时代是冰天雪地的时代。在临走前，我带上了传送台前的石板。我所能利用的也只有这块石板，随身抱着是个好习惯。埃史大叔也没忘记出来唠叨几句，无视他。面前是一条死路。冰窟的缺口望出去也没什么特殊的。看看周围也没有其他通道。不过地上倒是有条裂缝，还有石板的标记。放下石板试试……倒退两步，巴洛出现。石板被抱走了（会回到传送台前），不过地面的裂缝也由此被踩碎。
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冰原 传送标记
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跳下石窟面前又是一番新的风光。爬上楼梯后，面前是简易传送台。刚才爬楼梯时石板没法带上来。于是记下传送台上的传送标记，先用传送台回去。石板已经被巴洛搬回来了，接着……在石板上画出传送标记，扔在地上。巴洛又来了……这次他看懂了我的意思，石板被送到标记的地方（也就是前面的简易传送台）。与此同时传送台也被激活，我可以直接传送到那里了。（这种方式将是以后主要的手段，每个玩家都应该熟记过程）
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蒸汽标记
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地图
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简易传送台边上的墙壁上画着神秘的标记，像是一个太阳。虽然不知道什么用处，先记下吧。再往前走到一堆神奇的装置面前。中间是个小房子，墙壁上画着不明内容的地图。房子后面是一片冰原，覆盖的厚冰看来暂时没法通过。而房子的左右各有三个阀门，一共六个。要让冰原融化才能通过这里。首先自然是先打开六个阀门，全部拧到右边就行。仔细检查了一下冰原，冰原上的线路图就是刚才房子墙壁上的地图。
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蓝色开关
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红色开关
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回到地图前研究一下，地图上是个简单的通路示意图。要形成通路，就必须让3红3蓝六个开关全部接通。蓝色的应该是右左左，红色的应该是左右左。开关就在冰原边上，左右两台装置上。但是摸不到。想想埃史大叔的废话，大叔说要有光有热……墙壁上不是还有一个没用的标记么。画出来试试。巴洛为我召唤了蒸汽。趁热赶快把开关开到我需要的位置，然后通过了冰原（开关只能在蒸汽存在的时候操作，假如过了时间可以用石板再次召唤，开关的位置如图）
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冰原最后的传送印记
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在路的尽头就是气泡传送台，但是正当我要通过之时，整个地面裂开了。我只能遥望传送台，嗯，遥望也足够了。抄下标记，巴洛我召唤你。通过传送台，冰原时代的封印就解开了。黄金石板上一共有四个卡口，每个卡口代表一个时代。每解开一个卡口就代表一个时代的终结。冰原时代就此终结。
星空时代
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大楼开关
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回到大楼里，这次走左边的房间。在房间中找到两个可以扭动的开关，不过其中的一个已经损坏。拧开另外一个，暗门应声而开。从升降梯下到下层。下层房间中有传送书，通往星空时代。路上还有依莎的日记四，五，不要忘了。
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星空控制台电源
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右二控制器
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右一德尼印记
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走出控制室继续向前，似乎路被一些杂物堵住了。回到控制室，找到四台里唯一被损坏的那台控制器（右边最里面），把拉杆拉到最右和最上，再回去一看，路已经打通了。最上层有观察室，还有天文望远镜。坐上望远镜，看看对面，发现墙壁上有奇怪的印记。这是一个缺口和德尼数字组成的印记。抄下来吧。缺口代表了位置，这个印记是右上缺口，也就是代表刚才控制器右一，德尼数字就是代表了控制器的位置。再用望远镜看看周围，对面悬空的小平台上还有望远镜，也有传送台，可惜看不清上面的印记。
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星空传送印记
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走进观察室转转，墙上是星空时代的平面地图，但看起来不怎么有用。没有什么新的发现，但是出门的时候好像看到门背后有东西。把门关上再看，果然是个按钮。随便一按，暗门出现。走下去是一个可以拉动的拉杆。左边拉下来，右边随便拉了几下，没发现有什么。回去再看看望远镜，对面的传送台位置居然能看到了。（看不到继续拉拉杆）抄下传送印记，巴洛我召唤你。
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左1德尼印记
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星空传送印记
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通过传送印记来到对面的小平台上。用新的望远镜到处偷窥了一下，发现新的德尼数字印记。这次的印记是左下缺口，自然代表左一位置。传送回控制台，依次在左一和右一输入德尼数字（用拉杆找到相应的图形）。按绿色按钮设定好，听到一阵机器响动。再回到第二台望远镜前面，我在看看还有什么。对面机器中间的小圆形缺口好像里面有什么……再调近了一看，啊，新的传送印记。
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斗转星移印记
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左2德尼数字印记
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这次传送到对面的观察室了。不过观察室2的大门紧锁，看了看周围，还有一台望远镜不过什么都看不到了。在观察室背后找到了缆车室，可是下不去，缆车去哪里了。还记得观察室1下面的拉杆么。那就是缆车的绞盘。回去试试吧。把绞盘左拉杆拉下，右边一直拉，拉到拉不动为止，这样缆车就能停留在观察室2的门口。回到观察室2，顺着缆车进入观察室。在观察室里看到新的印记，不过试了试发现也没用。乘缆车回观察室1算了……缆车经过的地方，有最后一个德尼数字印记。
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星空最后传送印记
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回到控制室，现在三个控制器的德尼印记都清楚了，全部输入。……然后什么也没有发生。巴洛说，我们要有耐心。试试刚才墙上抄过来的印记。巴洛大吼一声，星空时代开始斗转星移。整个控制室也开始运作起来。当一切都结束的时候，我在控制台上看到了最后的传送印记。从传送印记出去就是解开封印的卡口，星空的时代也结束了。
夕阳时代
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电梯
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大厅
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发条机
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回到大楼中。顺着升降梯继续降到最下层。（电梯边上有日记，顺手带走）面前是高大空旷的大厅，四周什么都没有。大厅的中间有个小平台，可是中间的按钮却摸不到。回想来的路上好像有个装置，再回去看看。回到奇怪的装置前，看上去像是一个发条驱动的东西。一按上去，发条启动然后慢慢复位。等等，从这里到大厅有两条回旋走廊。在另外一侧也有这个发条机，难道是……趁着发条还没有复位，赶紧穿过大厅，看到蓝色的发条机。两个发条同时激活之时，大厅中央的操作台可以被操作了。整个大厅发出震耳欲聋的声音，脚下的平台缓缓升起。新的房间就在面前，这次通往的是夕阳时代。（记得带走路上的日记）
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夕阳时代1
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夕阳时代2
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召雨印记
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召雨
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召雨后符号
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图腾
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窗口背面记号
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顺着祭坛继续往前的话，穿过石洞是小岛另外一侧。海对面有个门，可以从海面走过去但是无法进入。回头吧，回到气泡传送器前，这次走左侧，在石头背后也有一个石洞，但是也被堵住了。退出来，抬头找到绳梯。顺手拉下梯子，爬上小岛上层。空旷的平台上只有一栋孤零零的房子。房子上布满窗口，可是却没有门。房子四周围着四个图腾，图腾可以旋转，上面也画满了标记。难道是刚才召雨的结果么……看了一下，也没有一个对的上的。观察以后发现，每个窗口上都有记号。而对着窗口看进去，窗口的背面墙壁上也画着不同的记号。也就是每个窗口都有2个记号，一个正面，一个背面，而且是对应的。校对一下刚才召雨以后的结果，原来这个结果就是窗口背面墙壁上的记号。而窗口正面的记号和四周图腾记号是对应的。这个迷题很简单了，先打开所有窗口，找到四个我手里有的召雨后的结果。然后记下这四个窗口背面的符号。（要从对面看过去，记号在背面）把对着窗口的图腾，旋转到窗口上的记号就可以了。图腾一共四个，依样画葫芦。
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夕阳传送标记1
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蛇型印记
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从楼梯下来，门口的石头不见了，石洞已经打通。顺着石洞我进入了小房子里面。正对面是传送台，画下传送标记。可是奇怪的是，无论我怎么放置石板，巴洛都不肯出现。就算我把石板拿回小岛上，巴洛也不肯把石板送过来。只能自己动手，把石板画好直接放到传送台上。继续前行，埃史大叔又出现了。这里就是埃史大叔的研究室。埃史大叔说巴洛这种生物生来就惧怕蛇，这个房子周围有蛇，所以巴洛是绝对不会进来的。另外我还可以看看他的其他研究结果，都在架子上。架子上凌乱贴着不少图样，不过其中的一个印记让我产生的了兴趣，看上去……像是一条蛇。继续爬上去再看，虽然头顶有梯子但是够不到。回想埃史大叔的话，大叔说隧道封闭的话梯子才能放下来。
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水晶球
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夕阳传送标记2
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这个埃史大叔还真是麻烦，只能再回出去，把图腾全部打乱，封闭石洞出路。用传送标记直接进入小房子。果然梯子下来了，房子顶上又是一个传送台。另外一侧是个可以踩的机关，踩上去能隐约看到小岛另一侧的路被打开了。可是一离开机关，路随即封死。看来要拿东西来压一下，嗯，石板，石板呢……刚才爬楼梯，石板肯定留在了前面的传送台上，怎么带上来呢。自然还是巴洛。回到气泡传送台，拿回石板。房子上没有蛇，自然巴洛很顺从的把石板送上去了。最后一个问题，假如石板压住机关，但是很快就会被巴洛再次带走。这个该怎么办呢，巴洛不是很怕蛇么，那么它会不会也害怕蛇型的印记呢。画上埃史大叔研究出的印记，一试果然。只要画上蛇型印记，巴洛就不敢再碰。押上机关，去小岛那一侧吧。
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夕阳水晶球门
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小岛的另一侧，走过浅海。水晶球控制的门已经打开了。最后的大门背后就是石板的第三个封印，夕阳时代也结束了。
我又回到了大楼中。
石岛时代
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大厅下
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又回到了大楼里升起的平台上，看看这个机关还可以按。按下去平台又复位了。不过这个大平台升起的话，那么下面会不会还有什么其他的东西。可是平台一升起，所有的路都被封死了。把平台放下去再试试，依然是快速打开两个发条，然后跑回大厅升起平台。不过在升起前的一瞬间要跑出平台。果然平台下别有洞天。黑洞洞的走廊后，就是通往石岛时代的传送书。（最后几册日记都要拿到）
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图形顺序
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石岛小道
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沙尘暴
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金字塔
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从另一侧走到几块石头前，仔细看一下发现石头中间还有路可以穿过。路上有条像鱼又像鸟的怪物在跳动，背后墙壁上画着新的印记，抄下来吧，暂时用不到。继续前行，面前是用钢铁搭成的四棱金字塔。金字塔正南口是开放的，可以进入。但是塔中间被铁闸封闭无法通过。左侧缺口走出金子塔再转转。金字塔除了南面是入口，西面和北面都是完全封死。东面有出口，是通往水渠，不过东面的出口也是封闭的。
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升降机1
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在金字塔周围放置着升降装置，可是按了一会发现不能操作。看来没有动力，动力从哪里呢。升降机上面有巨大的风车形状，原来是风力发动。还记得前面墙壁上的标记么，那不就是一个风力的印记么。石板画好放下，巴洛召唤来巨大的沙尘暴。这时升降机也可以操作了。
升降机上一共三个拉杆，二个按钮。最左侧的拉杆是动力拉杆，操作前先要拉下来。第二个拉杆是升降拉杆，操作金字塔中间的小铁笼的高低位置。当然让铁笼和地面一致就行。最右侧的拉杆是旋转铁笼，铁笼的小门只能对一侧开放。我先让小门正对南面入口，我要进去看看。两个按钮操纵金字塔东面和铁笼门的开放，全部按下就行。
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石岛时代传送符文1
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回到金字塔，铁笼门已经正对着我，高度也正好能让我进入。铁笼里是个传送机。自然画下印记，先打通传送路线。接着我要从东面出口出去，但是门只能一侧开放。再次召唤沙尘，把铁笼转向正东面。我自己则从传送机进入铁笼，路已经开通了。（记得按下升降机上右边按钮，打开东面的出口）顺着水渠出去，进入大圆形广场。
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秤重机关1
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秤重机关2
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广场正中是个石柱，背后有四个按钮，下面依次画着四圈，三圈，二圈和一圈。中间有个按钮，按了没什么反应。左侧黑色小平台，站上去会显示亮了二个三圈。其实这里是个秤重装置。首先把所有圈的上的开关关闭，这就代表零重量。按下中间按钮，果然石柱掉下来了。每个装置下面的圈代表每打开相应的装置能增加的重量。经过一番调试，我发现假如是重量为九，那么石柱升起高度正好能达到上面的平台。加起来等于九的话，这个算术大家都会了。打开2个四圈，1个一圈，或者2个三圈，1个2圈，1个1圈都行。那么升起石柱，通过传送上去吧……不幸的是石柱马上又跌下来了。我自己也是有重量的。刚才秤重器显示我的重量是6（假如你带了石板，那么应该是7，石板重量为1），石柱需要9，那么应该开到15，我上去以后15减6正好是9。组合15的话，打开2个四圈，2个三圈，1个一圈，关掉所有二圈就是。（假如你带着石板，那么就是打开2个四圈，2个三圈，一圈二圈全关）
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密码锁1
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小屋里的纸
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再次传送，这次正好踩到第二层。把两侧开关先打开，然后转身进门。门里就是先前进入石岛时候看到的小房子。门口挂着密码锁，锁上有不少图形。这不就是我刚才窗口看到的密码顺序么，什么来着……圆，四方，三角，六边，菱形。依次按过去，锁应声而开。可是房子里可以说什么都没有，转了几圈，才在右边的桌子上找到一张纸条，上面依次画着红色，红色，绿色，蓝色。（小屋里的纸）先记下顺序了。